民主、共和、统一三党在梁启超的协调下，终于在1913年5月29日于北京西城根磨盘院共和党俱乐部召开成立大会，合并为进步党。大会推选黎元洪任理事长，梁启超、张謇、伍廷芳、孙武、那彦图、汤化龙、王庚、蒲殿俊、王印川为理事。进步党的党义有三条，一是取国家主义，建设强善政府，这是梁启超全力坚持的，换句话说，就是全力支持袁世凯政府；二是尊人民公意，拥护法赋自由，这是民国建立后各党都强调的；三是顺应世界大势，增进平和实利。这一条基本可视为空话。总而言之，袁世凯从此算是有了一件对付国民党的“利器”。
接下来在关于大借款的争论中，进步党一直维护袁世凯，让国民党推翻借款案的提议始终未能通过。更让袁世凯高兴的是，在黎元洪的带动下，十七行省都督发布通电，反对国民党推翻借款之议。通电历数借款的重要性，分析了推翻借款带来的危害，认为如果推翻借款，“政府不过土崩，国会亦将星散。国即不存，党将焉附？后人之追原祸首，谁复起诸公于九泉而剖心共白乎？夫逞一时之快论，为万世之罪人，诚不解衮衮诸公是何居心。”
全国共二十一行省，只有国民党籍都督所控制的广东、湖南、江西、安徽四省未列名，可见国民党要发动二次革命，实在大失人心。
袁世凯控制局面的信心大增，决定对国民党激进派杀鸡儆猴。他下令撤销黄兴陆军上将军衔，便对梁士诒道：“现在看透孙、黄除捣乱外实无本领。我受四万万人民托付之重，不能以四万万人之财产生命听人捣乱。自信政治经验、外交信用不下于人，若他们的能力能够取代我，我也未尝不愿意把此位相让，但现在看，实在不敢相让。他们若敢另行组织政府，我就敢举兵征伐他们。燕孙，你和国民党也算能说得上话，你给他们捎句话，把我这些意思告诉他们，就说是袁慰廷说的，我对说过的话是敢于负责的。”
这时候旅居德国的蔡元培、旅居法国的汪精卫，受孙中山、黄兴的邀请相偕返回上海。国民党说是请两人回国调和南北，但亦有传言说，是请两人回国准备组织革命政府。两人回到上海，与孙中山、黄兴见面，发现孙中山态度强硬，非以革命手段对付袁世凯不可；而黄兴则认为采取军事手段，取胜的把握很小，反而授人以口实，因此不赞同革命。蔡、汪两人也不赞同革命，希望居中调和。两人找到南通的张謇，希望共同致电袁世凯，为和平留一线希望。张謇很愿为和平效力，双方一再商讨，拟定了三个条件：一是国民党决定推举袁世凯为正式大总统；二是广东、湖南、江西、安徽四省的都督暂时不要撤换；三是宋案将来罪至洪述祖、应夔丞止，传赵到案的主张取消。
不过，袁世凯已决心撤换江西都督李烈钧。李烈钧是江西人，曾入日本士官学校留学，其间与孙中山、黄兴结识，并加入同盟会。孙中山任临时大总统后，任命他为江西都督。辛亥革命后，江西会党横行，匪患严重，李烈钧肃清匪患，整顿财政，复兴经济，在江西政声不错。袁世凯上任后，为了节省开支，也为了裁抑国民党的实力，下令各省裁军，各省只留两镇。江西拒不奉命，反而又编练两镇再加一个混成旅。后来袁世凯推行军政分治，都督只管军，不管民，民政则有民政长专负其责，李烈钧立即通电反对。袁世凯向江西派去的民政长汪瑞凯，因李烈钧的反对而不能就职。李烈钧从上海购买大批军火，被亲袁的九江镇守使扣留，并通报给袁世凯。结果李烈钧派军北上，驱逐了九江镇守使，把军火取走，新派的九江镇守使也不能履任。在刺宋案和借款风潮中，李烈钧又是挑头对袁世凯批评最为激烈的，所以袁世凯是必去之而后快。张謇等人的调停条件传到后，袁世凯依然下令免去李烈钧的职务，理由是江西商民多有呈控，告他侵商害民，“该督无术维持，确系不负众望，倘仍优容姑息，坐视闾阎疾怨，商业凋残，何以对赣省厌乱望治之渴望，何以告各省聀暴安良之贤吏？李烈钧应即免江西都督本官，即日交卸来京，听候酌用。”
同日袁世凯还任命黎元洪兼署江西都督，又将江西民政长、江西护军使、江西要塞司令官全部换成了袁系人马。
当时有人劝李烈钧干脆宣布独立算了，他回道：“我此时不能宣布独立，此时宣布，是为一人之禄位反抗中央，徒留口实。如果袁世凯有称帝的野心，那时候举兵讨伐，我肯定第一个响应。”
当然他并非没有任何准备，临行前，叮嘱省议员杨赓笙速回故乡湖口县做发难准备：“湖口地形险峻，襟外江而带内湖，为兵家必争之地，故亟宜作起义之策源地。”
李烈钧当然不会去北京等袁世凯酌用，他出湖口过九江，入长江，直航上海，去见孙中山和黄兴。一见面，孙中山就叫着他的字道：“侠如，袁慰廷是铁了心要与共和为敌，与人民为敌。我们只有起兵讨袁这一条路好走，你应该立即返回江西，召集旧部，起兵讨袁。”
李烈钧回道：“讨袁当然没有问题，但如果因为我被免职而起兵，则难免让天下人嗤笑。”
“他撤你的职不是你一个人的事，他是向国民党宣战，向共和民主宣战。”
黄兴对起兵讨袁显然不像孙中山那样兴致勃勃，他岔开话题道：“反正你到了上海，也不急于一时，你先好好休息一下，再商议大事不迟。”
李烈钧先在旅店住下，当天晚上黄兴就来拜访：“孙先生被袁世凯气蒙了眼，一直在做起兵讨袁的准备。可如果起兵讨袁，我们有几分把握？”
李烈钧回道：“有没有把握，只要孙先生和你一声令下，我唯命是从。”
黄兴则摇头道：“明明没有把握却还要发动战事，这是不智。胜败还不是最重要的，最重要的是如果我们诉诸武力，便给了袁世凯解散我党的借口，钝初的一番苦心岂不付之东流！前一阵十七省都督通电反对内战，可见民心思安，我们如果发动军事讨袁，便会失去天下民心。”
“也未必。如果我们发兵讨袁，还有一种可能，就像当初武昌起义，天下响应，最终像推翻清廷一样推翻袁世凯。”
“此一时彼一时。那时候清廷已经民心丧尽，各省有立宪派倒向革命，中央有袁世凯逼宫，这才能最终推翻帝制。如今形势不同，袁世凯毕竟是合法总统，国内外欣赏他的大有人在。我们师出无名，何况本党的同志也都高官得做，失去了从前的革命精神，军事讨袁并非善策。此前我奉孙先生之命，给云南的蔡松坡写信，希望他能到时候策应我们讨袁，但他极力反对。”
黄兴奉命派密使前往云南请蔡锷帮助讨袁，并且写了“寄字远从千里外，论交深在十年前”一联相赠，可蔡锷不为所动，坚决反对起兵。他坚持认为，宋案须待法庭审判，借款应由国会裁决，对总统用兵，不仅出师无名，而且是拿国家的命运做赌注。他发电给黄兴说：“以枭杰者之政争，陷我四万万同胞于水火，天道灭绝，人道何存？锷等岩疆孤寄，未知死所，然一息尚存，对于国家前途，唯有以保土安民，巩固统一为第一义。苟反于此意，力所能至，歼除不遗。”
黄兴寄望于张謇、汪精卫的调停，但令他失望的是，调停没起作用，6月14日，袁世凯下令调广东都督胡汉民为西藏宣抚使，以陈炯明为广东都督；30日，又调安徽都督柏文蔚为陕甘筹边使，任命袁系的孙多森为安徽民政长兼安徽都督。同时令段芝贵所部为第一军，沿京汉路南下，王占元率第二师进驻武昌，李纯率第六师进至江西九江。又令冯国璋部为第二军沿津浦路南下，张勋、雷震春部进逼扬州、浦口。
孙中山在上海召集国民党要员开会，决定发动二次革命，令李烈钧立即回江西湖口，起兵讨袁；令柏文蔚在安徽起兵。
李烈钧于7月8日悄悄回到江西湖口。此时北洋军李纯部已进驻九江，江西人十分紧张，正好给李烈钧起兵创造了条件。他于当晚召集混成旅第九、第十两团团长、水巡总监等心腹秘密开会，决定成立讨袁军总司令部，宣布江西独立。经过三四天的筹备，第九、十两团分别占据了姑塘、湖口炮台，12日李烈钧在湖口发表通电，起义讨袁：
民国肇兴以来，凡吾国民，莫不欲达共和目的，袁世凯乘时窃柄，帝制自为，灭绝人道，暗杀元勋，践踏约法，擅借巨款。金钱有灵，舆论公道可收买；禄位无限，任心腹爪牙之把持。近复盛暑兴师，躁踊赣省，以兵威劫天下，视吾民若寇仇，实属有负国民委托，我国民宜急起自卫与天下共去之。
接到李烈钧的通电，孙中山立即对黄兴道：“克强，我们应该急起响应。”
黄兴面有难色，陈其美挖苦道：“克强总是不肯兴兵讨袁，是不是真像外面所传，受了袁世凯的贿赂？”
黄兴怒道：“真是岂有此理。我不主张起兵，是因我方无实力与之一战。”
陈其美激将道：“如果你没有受袁世凯的贿赂，你应当到南京去，劝说程都督宣布独立，出兵讨袁。南京的两个师都是你的部下，只有你去，他们才肯听命。”
孙中山也劝道：“克强，开弓没有回头箭，对付袁世凯这样的独夫民贼，只有革命之一途。”
黄兴勉强答应明天就去南京。当天中午，驻南京第八师所属旅长王孝缜、黄恺元赶来见黄兴，让他设法挽救第八师。原来第八师在讨袁问题上并不积极，认为实在没有把握。昨天有一个营长密告王孝缜，有一个叫朱卓文的，自称是孙中山的老乡，携款到南京收买第八师的中下层军官，说是孙中山指示，如果不讨袁，就是附袁，策动他们准备暗杀不肯讨袁的上级。王孝缜怕第八师内讧遭殃，因此与黄恺元匆匆赶来见黄兴，让他速去南京主持，避免内讧悲剧发生。黄兴闻言道：“叔亮危矣，我们立即去南京。”
叔亮即第八师师长陈之骥。他是直隶丰润人，祖上以贩卖大米巨富，家资雄厚，因此兄弟三人有两人得以赴日本留学。他在留学日本士官学校期间经黄兴介绍加入同盟会，当时黄兴正在物色忠诚可靠的同志组成“铁血丈夫团”。加入这个组织的有李烈钧、程潜、李书城、王孝缜等，都是黄兴重点培养的军事骨干。陈之骥毕业回国后，被同为同盟会员的广西兵备帮办邀请去广西陆军干部学堂担任教官，参与组建广西新军，不久升任学堂总办。后来中央陆军部成立军谘府，便调陈之骥入军谘府任参谋，学堂总办一职由蔡锷接任。当时军谘府使是冯国璋，他对戴副眼镜颇有书生气但说话做事干脆利落的陈之骥十分赏识，把自己的大女儿嫁给他。
到辛亥革命后，陈之骥虽在北京，与南边革命军颇有联系。南北议和后，黄兴开始大规模裁军，除了江苏的军队划归地方外，云集江苏的联军大部解散，只将当时广西北上的一支部队为基础，成立了第八师，归陆军部调遣，饷械也由陆军部供应，可称之为中央军。推谁为师长？当时已经出任旅长的王孝缜认为，陈之骥是冯国璋的女婿，在北方有靠山，不会受到袁世凯的抑压，极力推荐他出任师长。黄兴也深以为然，因此陈之骥得以南下出任第八师师长。陈之骥脾气耿直，第八师如果发生内讧，他被谋杀可能性很大。黄兴十分担心，不再犹豫，立即登车赶赴南京。
黄兴赶到南京，住到第八师师部陈之骥的家中。黄兴不敢告诉他手下正有预谋行刺的计划，只把自己的难处告诉他，希望他能起兵支持：“叔亮，如今我受人猜疑，再不前来主持讨袁，实在不能做人。”
没想到陈之骥十分痛快：“我一切唯你之命是从，你让我站着死，我就不会坐着生。”
黄兴松了一口气，让他给南京驻军团以上军官打电话，召他们秘密到八师来开会。当时江苏的军队共有五个师，第一、第七、第八师驻南京，第九师驻徐州，第三师驻扬州。驻南京三个师及宁镇澄淞四路要塞司令部等团长以上军官当晚大都赶到了第八师。黄兴告诉大家孙先生已经决定起兵讨袁，他奉命前来指挥，想先听听大家对军事胜利有无把握。
第一师师长兼江苏都督府军务司长章梓，是老同盟会员，曾任过同盟会中部总会干事长，与黄兴关系极密切，他是坚决支持起兵讨袁的：“不讨袁就是附袁，附袁就是附逆，附逆则人人可得而诛之。”
语气里杀气腾腾，众人都不敢表示意见了。但宁镇澄淞四路要塞总司令吴绍林却不赞同：“黄将军，你是军事家，打仗要讲知己知彼。咱们未讨论双方的实力，就猝然起事，恐怕不是善策。起码得分析一下双方实力，采取什么战略。再说，江苏最高军事指挥是程都督，最好明天请示程都督后再做决定。而且，能够争取到程都督的支持，对我们来说十分重要。”
讲武堂总办蒲剑、要塞掩护团教练官陈风璋也附和吴绍林的意见，表示要等明天听程都督意见。
第一师师长章梓与吴绍林本是日本士官学校同学，但两人明争暗斗，关系一直不睦，看到吴绍林反对起义，就决定借刀杀人。会后他把手下几个年轻气盛的营长召集到家中密议，认为吴绍林根本不愿起义，明天见程都督不过是托词，如果让他见到程都督，必定劝阻江苏起事。为了大事就不能有妇人之仁，问他们敢不敢杀此懦弱之辈。几个营长十分激动，表示不但吴绍林该杀，就是都督程德全也当杀之。当晚几个人秘议细节，几乎通晓未眠。
第二天一早，吴绍林等三人和随行的几个团营长、护卫前往都督府，他们没料到杀身之祸已在眼前。到了都督府东边的校场街时，突然伏兵四起，猛烈开枪，十几个人毫无准备，全部倒在血泊中。杀人者十分嚣张，大模大样走到都督府门前道：“请你们转告程都督，我们要起事讨袁，反对者要塞司令就是他们的下场。”
要塞司令在都督府前被当街杀害，程德全又怒又怕，打电话给第八师师长陈之骥，要他立即到都督府商量防卫事宜。陈之骥和第一师师长章梓趁机率人赶到都督府，都督府的护卫未加阻拦，还为两人带路，直接到了程德全的住处。程德全一听两人是来劝他起义，坚决不答应。这时黄兴也赶了过来，程德全便道：“克强，你让他们出去，咱们两个说几句。”
黄兴让大家先退到外面，他与程德全商议。程德全问道：“克强，起事胜败暂且不论，你倒说说看，我们以什么理由起兵。说大总统谋杀了宋钝初，到现在没有确实的证据。就是有证据，根据临时约法，也应靠法律手段解决，怎么可以轻率起兵，拿国家命运当儿戏？我们实在师出无名！我看到李侠如的起兵通电，指责袁大总统帝制自为，这简直是欲加之罪。”
黄兴解释道：“钝初一案，我一直主张法律手段解决。可赵秉钧不能到案，要犯又暴亡，眼看法律解决无望，孙先生被逼无奈，只能军事讨伐。”
“克强，民国已立，民国法律尚在。不要说大总统是不是幕后主使并无确证，就是有确证，临时约法可有规定，就为大总统谋杀一人，就要起兵内乱，把国家推入万劫不复之中？国民党如此行事，是要把自己置于乱党的地位，辜负了宋先生组党的苦心！宋先生以政党政治化解暴力革命的努力付之东流，岂不可惜？请你扪心自问，宋案前贵党为竞争之计，肆意谩骂政府，宋案又认定袁总统为幕后主使，借款案后，又连篇累牍谩骂政府丧权辱国，这像是建设共和的样子吗？克强知道政府的难处，不借款，可有更好的办法？没有办法，不帮政府想办法，却一味谩骂，这是对国家负责的态度吗？请扪心自问，贵党所为，是在维护共和，还是破坏共和？”
“说什么也没用了。如今二次革命既已发起，我只有听命于孙先生，与北军一决雌雄。”
程德全又问：“克强，全国二十一个行省，十七省反对内乱，凭区区数省对抗全国，有几分胜算？”
“程都督，箭在弦上，不能不发，不然大祸就在眼前，我恐怕也不能控制。”
“我知道克强是真君子。辛亥革命期间，一些名不见经传的下级军官因为敢于革命，敢于杀害上级而得到高官厚禄，这便吸引不少名利之徒，把戕官起事作为进身的捷径，跃跃欲试，听到革命就兴奋。外面的人中，我想不乏此辈吧？”
“都督知道我的难处就好。讨袁，未必能胜；但若不讨袁，则祸起肘腋。”
程德全叹了口气道：“我理解克强的难处，可是，兵马未动，粮草先行，部队已经欠饷数月，要他们上阵，先要有饷有械。”
“饷械我来想办法。”黄兴立即打电话给上海的陈其美，请他设法筹饷。
陈其美回道：“明天就有两车钞票运到。”
这时，章梓早就不耐烦，带着几个团长闯进来，厉声问：“程都督，你只管给句痛快话，你到底愿不愿意宣布江苏独立？”
程德全久经宦海，知道章梓之辈绝非善类，以革命为借口谋取地位，什么事也做得出，于是见风使舵道：“我正与克强商议，袁世凯不法，天下公愤，江苏何敢独异？诸兄弟骤然起事，幸甚。克强与诸位有此大志，不愧英雄，兄弟我自愧不如。我正有小恙，不能督师，愿退位让贤，让克强主持大局。”
黄兴连忙推辞：“江苏独立，当然还是要打程都督这面大旗。”
章梓道：“黄将军不必客气，主持当然要程都督来主持，但讨袁总司令非你莫属。”
众人都应和：“对，非黄将军来当这个总司令不可。”
章梓又道：“江苏独立通电已经拟好，请程都督签名。”
程德全回道：“签名就免了吧，我也不必看，你们愿发就发出去吧。”
电报已经备好，以江苏都督程德全、江苏民政长应德闳、讨袁总司令黄兴的名义发出：
近日北军无端入赣，进逼德安，横挑浔军，迫之使战。又复陈师沪渎，威逼吾苏。溯自政府失政，狙害勋良；私借外款，暮夜签押。南方各督稍或抗之，意挚词温，有何不法？政府乃借辞谴责，罢斥随之。各督体恤时艰，不忍力抗，亦即相继谢职，静听后命矣。政府乃复于各军凝静之时，耀兵江上，鞠旅海嵎。逼迁我居民，**我秩序，倒行逆施至此，实远出意料外。吾苏力护中央，夙顾大局，今政府自作昏愦，激怒军心，致使吾苏形势岌岌莫保。德全兹准各师长之请，于本日宣布独立。即由黄兴受任江苏讨袁军总司令，安良除暴，本职所存；出师讨贼，唯力是视。至民事一方，仍由德闳照常部署。呜呼，国事至此，尚何观望。诸公保障共和，夙所倾仰，特此通告，敢希同情。
第二天上午，沪宁列车运到两车厢钞票，但打开一看全是信成银行发行的军票。信成银行创办人是一位参加同盟会的实业家，多年来给同盟会很大支持，光复上海时更是倾囊相助。无奈当时军队为数太巨，军饷浩繁，信成银行垫付了近三十万两白银后，筹款无着，于是以信成信誉发行军票。但因为发行量太多，信誉崩溃，所印军票形如废纸。如今陈其美运来军票充饷，若将这种废纸发往军中，非引起哗变不可。
程德全拍着成捆的军票对黄兴道：“克强，讨袁我可以配合你，可拿废票当军饷，当兵的再拿这些废纸去民间逼购物品，老百姓手无寸铁，真正是苦死了。”
黄兴连连拱手，希望程德全能够勉为其难。
“这样害民的事，即便出兵，也不能打胜仗。克强，害民事我决不敢做，我辞职！”程德全去了复来，拿来一张报纸道，“克强，你看这是蔡松坡发的通电，他也极力反对讨袁，我看很有道理。”
蔡锷的通电是发给讨袁各军的，他在电报中说，“诸公为手造民国之勋员，岂可以国家为孤注一掷，轻易诉诸武力。各军皆曰‘讨袁’，尤悖于理。按临时约法，大总统有谋叛行为，由参议院弹劾之，至政治上过失，由国务院代负其责。谓袁有谋叛行为耶？则应由国会弹劾，讨袁之名，断难成立。谓袁有政治罪过耶？则负责者在国务员，讨袁之事，更属悖谬。且临时政府已达末期，选举正式总统在即，届时袁不被选，若依其特别势力，悍不退职，以武力迫之尚可言也。今则临时政府未终结，正式政府未产生，以少数人之私意，竟敢据地称兵，且曰袁不辞职不罢兵，是不啻以国家为孤注，以人民为牺牲，谓为叛国罪，其又奚辞！以国家为儿戏，视革命为故常，此则恶风尤不可长。今日甲革乙，明日丙又革甲，革之不已，人将相食，外人起而代庖，且加以扰乱和平之恶名，则亡国犹有余辜已。”电文的最后，蔡锷表示了与兴兵作乱者决一死战的决心，“锷等岩疆孤寄，未知死所，然一息尚存，对于国家前途，唯有以保土安民，巩固统一为第一义。苟反于此意，力所能至，歼除不遗。”
黄兴虽然最初不愿付诸武力，但一旦做出决定则不再犹豫：“程都督，开弓没有回头箭，我们既然已经决计讨袁，则一心部署战事即可。我劝你也不要再反复，当心杀身之祸。”
程德全悻悻而去，已升任第一师师长兼黄兴的参谋长章梓怒道：“总司令，程德全与袁世凯渊源极深，此次反袁决非出自本意，对此人可加以软禁，或者快刀斩乱麻，万不可让他离去，否则后患无穷。”
“万不可出此下策。战事在即，我们应争取一切可团结的力量，内讧阋墙，足坏大计。”
到了快吃晚饭时，程德全请黄兴到他家里吃饭，饭后他道：“克强，我求你放我一家老小一条生路。”
“程都督，何出此言！”
“你们都出来吧。”从内间里出来七八个妇女孩子，全是程德全的家人，纷纷在黄兴面前跪下。黄兴连忙去拉，但他们都不起来。
程德全请求道：“克强，我知道你是君子，可其他人就不好说了。我知道有人觊觎我的都督之位，我把此位让出来，带老小到上海去避避，请你务必帮忙，让我们安全离开南京。”
黄兴叹了口气道：“好，既然你去意已决，我也不阻拦了。你放心，我派我的卫队带你们上今晚的车。”
“总司令真是菩萨心肠。民政长应季中是我的老友，也希望能一块去上海，请总司令成全。”应季中即民政长应德闳。
黄兴没做多想，也答应了。当天晚上，黄兴安排卫队长以自己亲戚的名义，把程德全、应德闳两家送上沪宁火车。第二天一早，他的卫队长假装来报告，说程德全和应德闳于夜里逃走了。
章梓跺脚道：“没杀了他真是可惜。”
黄兴却道：“道不同，不相为谋，他要走就走吧。反对我们的人很多，我们不可能都把他们消灭了。”
当天中午，黄兴主持召开会议，推荐章梓代理江苏都督。当天的会议还决定，第八师骑兵团北上，与第九师联合北伐。
江西、江苏宣布独立后，安徽柏文蔚也宣布独立并亲任讨袁军司令，上海则由陈其美出任讨袁军司令，开始进攻江南制造局。许崇智迫使福建都督孙道仁宣布讨袁，蒋翊武迫使湖南都督谭延闿讨袁，川军第五师师长熊克武在重庆举兵讨袁。七省宣布讨袁，看上去颇有声势。
此时，留在北京的国民党议员地位最为尴尬，有三百多党员乘火车到天津，打算乘轮船南下上海，结果大部分被冯国璋派军警“劝”回。国民党内的意见也颇不统一，一派认为，本党应当宣布将起事的党人除去党籍，布告全国，以示国民党不袒护乱党；但另一派则认为，应当静观其变。
对在京国民党议员的处理，袁世凯的幕僚也有两种意见，一种意见认为，既然国民党公然叛乱，应当直接宣布国民党非法，予以解散；另一派则认为，倡乱的只是少数人，应当只针对倡乱的国民党人采取行动，北京的国民党国会议员应区别对待，如果有证据证明参与叛乱，则应当处置，没有参与叛乱，则另当别论。袁世凯采纳后一种意见，不但未为难在京的国民党议员，反而下了一道命令著军警随时认真保护。同时下令夺去黄兴、李烈钧、柏文蔚、陈烔明等人的职务、荣衔，公开通缉，并要求国民党党部开除黄兴等人。
军政执法处的陆建章认为对国民党太客气，曾经私下对梁士诒发牢骚。梁士诒反问他道：“正式总统选举在即，你把国民党议员都抓起来，到时候投票的议员不过半数怎么办？”
“哦，”陆建章恍然大悟，“那就等总统选举结束，那时候非把他们一锅端不可。”
国民党人公开宣布独立并武力讨袁，对袁世凯来说求之不得。他是带兵出身，对军事是内行。他已经看清，讨袁军看上去势大，但并没有统一指挥，也没来得及集中。就是江苏、江西、安徽三省，总数不过四五万人，且也是分散行动。他决定快刀斩乱麻，派优势兵力南下平乱。在江苏宣布独立后，他立即在北京召开军事会议，任命段芝贵为江西宣抚使兼第一军军长，督率第二、第六两师进攻湖口和南昌。命令冯国璋为江淮宣抚使，自天津率第四师一半、第五师全部、奉天混成旅及直隶混成旅，立即沿津浦路南下。同时令张勋为江北宣抚使，率军从兖州南下。
这是武的方面。文的方面，政府发布了一份千余字的政府公告，盛陈一年来的治绩，责备国民党逆民心而动，“捏词诬蔑，称兵犯顺，视政府如仇敌，视国会如茸土，推翻共和，破坏民国，全国公敌，尤世罪人。独我之无辜良民，则奔走游离，不知所届！本大总统心实痛之，在任一日，即当牺牲一切，卫国卫民。各省都督等同心协助，毋视中华民国为一人一家之事，毋视人民代表为可有可无之人，我五大族之生灵，或不致断送于乱徒之手。”
同时，袁世凯又让外交部向各国驻京公使馆提交照会，说明政府依法平乱，对于各国商民财产，民国政府切实保护，负完全责任，并请各国不得与乱徒缔结任何契约。
袁世凯的举措得到了国内外舆论的大力支持，七省讨袁军都向商户募集军饷遇到了很大阻力，很少有商家像辛亥年那样踊跃捐资。英国是最支持袁世凯的，《泰晤士报》发表社论认为“二次革命是疑忌和贪婪的政客制造出来的暴乱，是中国由一个强有力的中央来统治，还是各省各自为政的决斗”。《泰晤士报》的记者莫里循几乎是处处向着袁世凯，他在接受记者采访时说：“把袁总统的施政形容为反动的独夫专制是不公正的。袁总统并不反对共和，也无意为自己的家族建立一个王朝。是年轻的革命党把事情搞得太过分了，企图一步就从最古老的专制体制跃进到全世界所知的最先进的政体，他们的冒进并不符合中国的实际，袁总统不得不出面干涉。”
美国的《纽约时报》也在社论中说，“二次革命与其说是人民对北京政府不满的起义，不如说是失意政客、干禄之徒要自行上台的一种努力。”而且对战争走向做出预言，“内战不可能持续很久，其结果，袁世凯作为中国的统治者，地位将更加巩固。这是世人应当引以为幸的事。”
美国人的预言很快得到验证，二次革命的军队的确不是袁世凯的对手。江西的革命军7月23日在湖口与段芝贵所辖的第二师、第六师展开激战。第六师统制李纯有意谋取江西都督一职，所以打起仗来很卖力。袁世凯又令海军第二舰队司令汤芗铭率五艘战舰协助，因此双方打了不到两天，湖口就被李纯攻克。这一仗北洋军伤亡只有百余人，而江西军伤亡在两千人左右。湖口一失，李烈钧立即退守吴镇，接着又退往南昌。8月18日，北洋军攻克南昌，李烈钧率二百余人退走，辗转到长沙乘日本船逃亡日本。江西从宣布独立到南昌被攻克，不过一个多月的时间。
江苏方面的革命军表现比江西也好不了多少。江苏奉命出战的第九师，第一次与张勋部对战就被击溃，随后又被山东下来的靳云鹏部第五师穷追。幸好第八师也就是陈之骥部的骑兵团赶到，才阻住了北军势如破竹的攻势，接应第九师退入蚌埠。随后冯国璋的两师人马赶到，全力攻打蚌埠，张勋部则攻打第一师、第七师。江苏军饷械不足，士气非常低落，逃兵越来越严重，结果两个方向的江苏军全部战败，第八师的骑兵团绕道回南京，第九师则派人向北洋军接洽投降。
黄兴听到前线溃败的消息，羞愤难当，要跳到总司令部前的水塘里自杀，被部下救起。拒敌无望，而北洋军已经抵达扬州、镇江，他与第一师师长章梓、第三师师长洪承典乘夜登上南京城外日本人的轮船，逃往上海。
这时候回到南京的第八师师长陈之骥联络新任第一师师长及新任要塞司令等人宣布取消江苏独立，发电请上海的程德全回任，程德全当然不愿只身赴险。这时候冯国璋的军队已经形成三路围困南京的局势，陈之骥趁夜过江，到浦口去见冯国璋，商讨江苏取消独立后如何解决军队的问题。还没商议出结果，得到旅长王孝缜急电，第八师二十九团发生哗变，打死了团长，重新宣布江苏独立，第八师军官大都已经逃出南京城。冯国璋又接到电报，陈之骥已经被列入通缉名单，便对女婿道：“如今你的部下已经星散，你连谈判的资格都没了。你快走吧，我不留你，也不拦你。”
于是陈之骥搭乘日本兵轮逃到上海，又由上海转轮逃亡日本。冯国璋、张勋部北洋军立即开到南京城外。南京被攻克，只是时间问题。
江苏战场，除了南京外，还有上海，由上海讨袁军总司令陈其美指挥，攻打江南制造局。上海的战斗更令革命军气短，七千余人进攻不足两千人防守的江南制造局，连攻五次竟然没有攻下来，伤亡近两千人，而守卫制造局的北洋军伤亡不到二百人。至于原因，一则革命军几乎是乌合之众，作战素质和装备都很差，而守卫制造局的北洋军坐拥制造局大批军火，仅机枪就有上百挺。二则停泊在黄浦江的舰队本来说好要帮助革命军的，却突然变卦，向革命军开炮，造成很大伤亡。此时，海军司令刘冠雄率四艘军舰赶到上海，烟台的北洋军四千余人也由海路运到上海。
陈其美与逃到上海的黄兴决定放弃进攻制造局，全力防守吴淞炮台。当时防守炮台的革命军大约三千余人，进攻炮台的北洋军陆军四千余人，海军则有七艘舰船。双方开炮互击一个上午，就由红十字会出面仲裁，革命军退出了吴淞炮台。陈其美、黄兴等革命党人逃亡日本。
孙中山是陈其美五次进攻失败、刘冠雄率军舰到上海前就乘船南下，说是要去广州亲自指挥作战。才到福建就得到消息，驻广东的第二十镇统制龙济光被袁世凯任命为广东镇抚使，正率军前往广州平叛，而且陈炯明手下的炮兵团长投靠了龙济光，调转炮口炮轰广州城，陈炯明已经弃城而走。孙中山无奈，转而乘船去台湾。到了台湾，得到消息福建、广东、江西、安徽、湖南、四川已宣布取消独立。到日本不久，听说南京已经被攻克。
二次革命从7月12日李烈钧在湖口宣布讨袁开始，到9月12日重庆熊克武被川、滇军所败为止，前后两个月时间，势及江西、江苏、安徽、湖南、广东、福建、四川七省的讨袁军便烟消云散。孙中山、黄兴、李烈钧、陈其美等国民党要人逃亡日本，原本属于国民党势力范围的江南数省，也尽为袁世凯的势力所掌握。倪嗣冲任安徽都督，李纯任江西都督，张勋任江苏都督，汤芗铭任湖南都督，龙济光任广东都督，刘冠雄任福建都督。《申报》评论，“凡南军所遗之地，悉以北军充之，于是，直东皖三省之白丁，人首其缨而腰其刀，走卒厮养皆为高官，皂隶舆台尽充末将。”
在二次革命中，进步党一直拥护袁世凯平乱，其势力也日渐强大，国民党中分化出来的部分党员也加入到进步党中。袁世凯投桃报李，以军事事务繁忙为由，免去了段祺瑞的代理总理之职，让他一心指挥战事，代理总理由热河都统熊希龄出任。熊希龄内阁中，司法总长梁启超、工商总长张謇、教育总长王大燮、交通总长周自齐都是社会名流，因此这届内阁被称为“第一流人才内阁”。
国民党的日子就不那么好过了。先是二次革命开始后，以探亲为由回到江西的参议长张继发通电指责袁世凯，不久被免去参议长资格，而新选出的参议长为进步党人。继而多名参议员、众议员因被查出与南方讨袁军有联系被捕，有的被枪决。随着军事上的胜利，袁世凯对国民党议员的态度也日趋强硬，以协助南方倡乱为名，一次逮捕了八名国民党议员。
主持国民党总部工作的吴景濂亲自拜访梁启超，希望他能出面保释被捕议员：“梁先生，我知道你与宋先生都主张政党政治。你也说过，政党政治的正则是两大党形成均势，才能互相监督，竞争执政。如今敝党屡遭打压，还请先生出面相保。国民党如果被以倡乱为借口解散了，两大党势均的局面被打破事小，兔死狗烹，政党政治不复存在，共和被践踏，我辈则罪莫大焉。”
梁启超与大部分立宪派一样，主张中国应当走改良的路子，反对战乱。他的目标便是当袁世凯的政治导师，让他走入政党政治的轨道。听了吴景濂的话，他不假思索就答应了：“吴先生放心，进步党与国民党本来就是唇齿相依，我一定出面力保贵党议员。”
袁世凯接到梁启超的信是在次日下午，他睡午觉后刚到办公室，同时送来的还有当天的《大共和日报》。梁启超在信中说，“古之成大业者，挟天子以令诸侯，今欲戡乱图治，唯当挟国会以号召天下，名正言顺，然后所向莫与敌也。启超之意，以为彼党中与闻逆谋之人，诚不能不绳以法律，然与闻之人，实十不得一二，其余大率供阴谋者之机械而已。今最要者，乘此时机，使内阁通过，宪法制定，总统选出，然后国本始固，而欲达此目的，则以维持议员三分之二以上为第一义。今吾党目的，设法维持议员，使此辈不散至四方，使留京者在总额三分之二以上。超与彼辈约言，苟非有附逆实据，政府必不妄逮捕，若有误捕，本党愿为保结，借此以安其心，勿使鸟兽散。”梁启超提出，希望能将被捕的八名国民党议员释放。
进步党机关报《大共和日报》上则刊发了东荪的一篇文章，题目是“我的两党提携观”。他的观点与梁启超一样，认为危害中国的旧官僚势力和革命党势力，都是进步党所反对的，“进步党所以应时而组织者，以确见此二派之势力一日不消灭则政治一日不能改良。此二派势力多存一分，即国家元气则多丧一分。若不谋以排除之，则必至陷国家于灭亡而止。然吾党不能同时与二派战，以一人缚二虎，天下至难至危之事也。审时度势，不得不权其轻重，度其缓急。暴民政治已灭，吾党则巩固国会为己任，以纳中国政治入政党政治之正轨。”而要做到这一点，进步党必须与国民党互相提携。
袁世凯派人把梁士诒叫来，指指桌上的一信一报，东荪的那篇文章题目，他用红笔标出，梁士诒读罢后道：“大总统，简而言之，梁任公让大总统挟国会而令诸侯；而东荪的文章，说白了，就是政党以国会而令大总统。”
袁世凯一拍桌子道：“一语中的。燕孙，政党政治搞了一年多，你也看到了，简直是乌烟瘴气！这一年多，政党政治给国家带来一点好处了吗？我看没有。国民党给国家带来一点儿建设性的建议了吗？我没看到，只看到他们就是一意与政府作对，与我这大总统作对。”
“可目前大总统还必得忍着，政党政治的架子已经搭起来了，不能不敷衍。”
袁世凯点头道：“政党政治的实质，就是权力归之于政党。大总统想有权，也必须加入政党。国民党和进步党还有别的种种党，都曾经拉我入他们的党，我没入。现在看，总统身后没有政党支持，就是个傀儡总统。我不当傀儡，也不入政党，燕孙，你来组个党如何？”
“我组党？我从来没想过。”梁士诒有些疑惑地望着袁世凯。
“现在必须想了。你看进步党的意思，要与国民党互相提携，也就是说，将来他们不高兴了，也未必肯帮我这大总统。现在进步党实力大增，内阁要职均为进步党所据，将来难免挟国会而令总统，那时候我又该怎么办？所以，必须有自己人来组个党，将来对国民党和进步党，能够有所牵制。”
“现在的小党又冒出来了不少，进步党分裂出去了一部分，又建了共和党，国民党分裂出来的，也建了五六个小党。”
“是拉几个小党合并新建，还是另起炉灶，你看着办，关键是要拉议员进来，我看有几个方向你要下些功夫。一是你的广东同乡，是议员的，要多下番功夫。二是铁路协会里，你交通系的人不少，不妨把他们全拉进来壮壮声势。至于北洋的将领、疆吏，到时候只要有人一呼，无不响应。再有你这财神作后盾，不愁吸引不了党员。”
梁士诒深知袁世凯的期望，道：“中国目前最大的危机，在于政治权力不能统一，正式总统未能选出，国际社会没有承认。如果组党成功，本党将以国家权力实行政治统一为目标，以先选举正式总统为政策的第一步。”
国会正式成立后，第一件要务就是起草宪法，选举正式总统。可是国会成立以来，先是为两院议长人选争执不休，而后又为刺宋案、借款案争执，宪法起草和选举大总统的正事反而久无结果，以致国会声誉大受影响。
梁士诒又道：“国会开幕时近半年，竟然连宪法也未起草出来，正式总统选举一拖再拖，各国何曾出现这种局面？中国目前形势，又如何能够久无正式总统？我看这事应该让黎宋卿出来说话。”
“你捎话给宋卿，让他听听各省都督、民政长的意见。梁任公那里，你也给他捎话，我给他面子，经甄别后可以释放部分国民党议员。”
不过几十天工夫，梁士诒组建公民党已大见成效。他自任党魁，叶恭绰等交通系要员、直隶军政要人纷纷加入，从国民党分化出来的超然社、政友会、政友俱乐部、癸丑同志会等政团有不少人加入，其中两院议员有一百余人，成为继国民党、进步党后的第三大党。正式成立这天，到会者三四千人。交通系及直隶军政要员都在会上演讲，梁士诒在介绍完公民党筹备情况后发布政党政见，“乱事甫平，国基未定，制定宪法，及友邦承认问题均未解决，同人等恫危亡之日迫，应时势之要求，发起公民党，以图救济。吾党以国家权力实行政治统一，增进人民福利。吾党两院议员全体议决，以选举正式总统为政策的第一步，若正式选举不速举行，无论何种政策皆难设法，实为至大危险。”
公民党在北京设立总部，在各省设立支部，又在参众两院中设“国会议员会”，专门负责拉拢议员入会，目标就是为选举袁世凯为正式大总统效力。公民党有交通系财神支持，出手特别大方，凡参加该党的议员，除一次性数千元的酬劳外，每月尚有二百元的津贴，结果不及一月，公民党的议员达到二百余人，上升为第二大党，进步党则降为第三党。
进步党和公民党都支持袁世凯，国民党已经难以扭转大局，10月4日，国会以651票通过大总统选举法，定于后天即10月6日举行大总统选举。至于选举的办法，规定由国会两院议员无记名投票选举，选举时要有三分之二的议员参加投票方为有效，得票满四分之三者方能当选总统。两次投票仍无人达到四分之三的票数，则从第二次得票数多的两人中票决选定。总统的任期为五年，如再次被选，可连任一届。副总统选举与大总统办法一样，同时举行。
10月6日，正式选举大总统，地点就在众议院的议场。当时到现场的有外国驻京使馆人员、有附近前来看热闹的，还有袁世凯亲信们收买的“公民团”三四千人，当然还有大批军警，整个议场附近，人头攒动，摩肩接踵。
参众两院议员到会759人，按得票需超过四分之三的标准，袁世凯至少需要570票方能当选。当时公民党和进步党议员共400人左右，即便这两党一票不失，仍需国民党议员170人投票支持，袁世凯第一轮投票当选可能性不大。
第一轮投票9点开始，检点人数、发票、投票、唱票、计票，到出结果，耗去4个多小时。结果出来了，袁世凯得471票，离当选还差100票；黎元洪得154票；得票最少的是孙中山和伍廷芳，各得1票。此时已经快下午1点，国会备了面包点心，匆匆吃完后，进行第二轮投票。结果第二轮投票袁世凯得491票，仍然不能当选。
按照国会的安排，如果两轮不能选出，第三次投票推到次日进行。但袁世凯担心夜长梦多，强令当天举行第三次投票。当然不用他出面，外面三四千人的“公民团”，其实是收买的洪帮及地痞，他们干这种事最合适。他们把议场大门堵了个水泄不通，大声嚷嚷道：“不选出大总统，休想吃饭！”
国会参众两院的议长都出面通融，但是“民意”迫切希望尽快选出正式大总统，不允许议员离场。议员们有想跨出半步者，就被推搡回去。国会并没有准备晚饭，于是各党自想办法。进步党派人送来两担面包点心，“公民团”不让进，送点心的人说是给支持袁总统的议员送的，进步党的议员又到门**涉，这才允许进去，公民党也援例送来面包点心。但国民党的面包点心被拦在了门外，无论如何不让进。“公民”们喊：“饿死他们活该，选不出总统就饿着。”
于是进行第三次投票，这次在袁世凯和黎元洪两人中投票，票高者当选。到九点多出了结果，袁世凯得507票，终于当选，外面“公民团”高呼“袁总统万岁”，然后一哄而散了。会场内掌声稀稀拉拉，国民党员大都不愿鼓，公民党和进步党的老官僚们不少人烟瘾犯了，疲极无力，实在无心鼓。
当天晚上，英法德日俄等十三国宣布正式承认中华民国。第二天，黎元洪当选副总统。
10月10日是武昌起义的日子，定为开国纪念日。袁世凯就任大总统典礼也在这一天举行，地点选在太和殿，是他亲自定的。太和殿是皇帝登基、大婚、册立皇后、命将出征以及元旦、春节等重要节日接受文武官员朝贺的地方。参加典礼的人有参众两院的议长、议员，文官简任以上，武官上校以上，各国公使，清皇室代表、蒙藏代表、在野官僚、名流士绅以及金融界、报界人物。按照请柬上通知的时间，参加典礼的人8点开始由西华门进入紫禁城，到太和殿入席。文官一律着燕尾服，武官一律着军礼服。太和殿内，北面设主席台，是袁世凯宣誓的席位。与主席台相对，居于殿中偏南设议长席和议员席，这是参议院议长王家襄力争来的。按照最初的安排，两院议长和议员席分列东西两侧。王家襄知道后道：“民国以民为主，总统就职原系向代表全国国民的议长议员宣誓，议长议员座席非居中不可，不然侧居客位，贻笑世界。”内务部报告给袁世凯，这才做了如今的安排。殿内东侧是文武官员，国务总理、国务员座席。西侧则是各国公使、清皇室、蒙藏代表及名流士绅席。
9点左右，来宾大致入席。到了10点，头戴金线军盔、着蓝色制服、佩带军刀的卫士三百三十名排队走入大殿，分两排站在东西席次前，形成一个警卫胡同。随后来了四人抬的彩舆，从上面走下来的，文武各两人，文官是总统府秘书长梁士诒，秘书夏寿田，皆着燕尾服；武官是侍从武官长荫昌，军事处代理处长唐在礼，皆着钻蓝色军礼服，戴叠羽帽，佩带参谋带。最后袁世凯乘八抬彩轿到来，身穿钻蓝色陆海军大元帅礼服，下轿后由梁士诒等四人拥护前行，登主席台面南而坐。
诸事齐备，赞礼官宣布典礼开始，袁世凯应声而起，面向议长议员席宣誓：“余誓以至诚，谨守宪法，执行中华民国大总统之职务。”誓毕，鞠躬。文武官员都高呼“万岁”。然后赞礼官呈上长篇宣言书，袁世凯重新站立宣读。典礼告成，袁世凯在梁士诒的陪同下接见各国公使及清皇室代表，其他人员则到武英殿喝茶。
下午还有阅兵式。袁世凯午睡后约三点钟，由段祺瑞、王士珍、荫昌、段芝贵、唐在礼陪同，登上天安门城楼，受阅部队的将官随后结队登上城楼，谒见袁大总统，并汇报受检军队情况，然后由袁世凯训话。将官列队走下城楼，回到各自部队，传达袁世凯训辞。受检阅部队共两万余人，都要列队走过天安门城楼，无奈天公不作美，下起小雨，检阅不到半小时，袁世凯在众人劝说下走下城楼。
晚上石大人胡同外交部大楼有招待舞会，袁世凯也要出面，十一点多才结束。其间梁士诒陪同袁世凯到休息室休息，里面只有两个人。
袁世凯问道：“燕孙，今天累得不轻吧？”
梁士诒回道：“大总统大喜日子，不累。”
“不累是假的，我都累得够呛。燕孙，你知道我今天感受最深的是什么？”
“都是高兴的事，我实在说不好。”
“是我面南向国会议长宣誓的时候，我想不通，堂堂大总统不是国家的元首吗？为什么要向他们宣誓。我当时就想，这些讨厌的人，什么时候才能从我眼皮底下走开？”