同治元年初，席寶田率領湘軍進攻湖北來鳳，大敗太平軍，收複來鳳。劉嶽昭駐軍施南，聽說席寶田在來鳳大捷，認為自己有合擊之功，請官文上奏為自己請賞。
湖南布政使惲世臨稽查軍需收支賬目，發現有幾百萬兩銀子的出入，於是扣留全部製造工匠，準備進一步扣留軍需局的官員，追問侵占之罪。惲世臨也不通過湖南巡撫毛鴻賓，向朝廷上奏罷免軍需局局長王加敏，並將其逮捕入獄，嚴加審訊。
貴州苗民、教匪起事，湖南援軍出銅仁。
朝廷任命田興恕為欽差大臣，專門治軍貴州，鎮壓苗民、教匪起義。田興恕督促湖南出糧餉支援貴州，毛鴻賓向朝廷上奏停止湖南協餉貴州。朝廷同意，沒過多久，田興恕被罷官。
同治三年，貴州苗兵攻陷了開州、修文，貴陽戒嚴。此時張亮基擔任貴州巡撫，將貴州東部的軍事全部委托給湖南。
湘軍收複古州（今貴州榕江），複向西進軍，攻打都江（今貴州三都縣）。台拱（今貴州台江縣）、清江（今貴州劍河縣）的苗兵聚結在一起，高壘深溝，憑險固守。湘軍繞過了台拱、清江兩地，向貴州腹地迂回。苗兵見湘軍不敢進攻，以為湘軍膽怯。
援貴州的湘軍將領之間彼此猜忌，故而湘軍支援貴州，與支援江西、廣東的兵力相比，實力懸殊，而且勞神費力，還曠日持久。
天柱、玉屏先後落入苗兵之手，苗兵進攻湖南沅州（今湖南芷江），在芷江、靖州一帶搶劫，周邊幾個縣均遭洗劫。
十二月，湘軍收複玉屏，並征調各路人馬駐守沅州、晃州（今湖南新晃）。湘軍開始整軍，惲世臨又向朝廷上奏，起用趙煥聯到湘西治軍。
中西通商之後，法國請清廷歸還天主教在各地的教堂。湖南衡陽、湘潭都接到朝廷文告，要清退天主教堂土地，任其自行修建。