南京城依山傍水修建，东北有钟山，西北临长江，南边有秦淮河环绕，北边有玄武湖阻绝。山水浑然一体，雄伟壮丽，气势磅礴，有“钟山龙蟠，石城虎踞”之称。
南京城周长三十七公里，平均高度约十四米，城基全部是花岗石，上面都是城砖。这些砖由江南二十八府一百一十八州县按规格烧制，有中华门、水西门、汉西门、光华门、通济门、太平门、和平门、金川门、新化门、中山门、清凉门、定淮门、兴中门十三座城门。其中中华门最为雄伟壮观，前临长干桥，后通镇淮桥，三道瓮城环绕，四座拱门相连，各门均有千斤闸和双杠木门。
南京城第一道瓮城上面立有旗杆，杏黄旗上飘扬着斗大的“太平天国”四个大字，十里之外可以望见。
同治元年五月十五日，曾国荃率水陆两万人马，曾贞幹统兵一万五千人马进驻金陵城外雨花台，开始围攻南京。
曾国藩建议曾国荃说：“湘军孤悬雨花台，进不能攻，退不能守，不如退兵。”
曾国荃并不同意大哥观点，说：“湘军自兴兵之日起，人人以攻克南京为目标，今天不乘胜进抵金陵，与军不利。今逼近金陵，屯驻雨花台，也足以牵制长毛，我军人数不多，虽然形势危急，但也没有其他万全之策。”
曾国藩与左宗棠交换意见。左宗棠认为可以在雨花台屯军，伺机进攻金陵，湘军围攻南京的作战方略被确定下来。
湘军进抵雨花台之初，太平军抄了湘军的后路，断了湘军的粮道、邮路，曾国荃内外信息不通，湘军将士一片哗然，前景堪忧。
为了配合曾国荃夺取南京，鲍超奉命与彭玉麟协同作战，在江北进攻南京。
至此，曾国藩统兵十万，左宗棠、李鸿章各率军数万，加上湖北、江西的湘军，人数已经达到三十万。其余分布在贵州、广西、陕西、山东又有数万之众。曾国藩殚精竭虑，日夜在案桌前徘徊，与下属一起研究如何攻取金陵。
霆军在水师将领李成谋的帮助下，从东梁山过江。鲍超率刘连捷、萧庆衍进攻巢县，与太平军在桐城闸、雍家镇连战两场，均大获全胜，收复巢湖、含山、和县，然后进攻浦口。
蔡东祥攻濡须，占据濡须城。李成谋、成发翔、蔡东祥等与陆师会合一处，进攻西梁山，烧断铁锁，太平军不战而逃，鲁港一战而下，陆师又攻取南陵，彭玉麟进驻铜陵。
彭玉麟将外江水师、内湖水师、淮扬水师九千人马合为一处，水陆大军合力攻打金柱关。太平军不能敌，湘军遂克金柱关。
鲍超接到攻打浦口的军令，便不再在宁国与杨辅清、黄文金纠缠，率军火速赶到浦口。
浦口太平军守将颜大光，广西灵川人，官至辅天义，有勇有谋，对众将说：“浦口是天京在江北的最后一道屏障，丢了浦口，天京就在湘军的威胁之下。忠王北取二浦，就是在江北为天京设置一道屏障。如今清妖乘胜而来，士气旺盛，我们不能直接与他们交锋，可选择有利地形打击清妖。”
检点韦全芳说：“如果浦口被攻克，江浦、九洑洲就直接受到威胁，天京人心就会动摇，我寡敌众，宜取守势。”
颜大光认为有理，于是太平军关闭城门，取下蜈蚣旗，停止敲击战鼓。
刘连捷率军进到浦口城下，见城内静悄悄的，不知太平军在玩什么名堂，正要派出探马前去打听。此时，城上战鼓“咚咚”响个不停，刘连捷惊慌失措，率军急退。
萧庆衍进至江浦，江浦的太平军以逸待劳，占据城外有利地形，摆开阵势。
萧庆衍令湘军各营拿着长箭、大刀、长矛、火枪、抬炮，将弓箭手夹在中间，命萧庆高率骑兵在两翼掩护，准备进攻。他对将士们说：“我和大家一起离家三千里，打到南京北面，如今进也是死，退也是死，同样是死，何不奋勇前进打下江浦？兵临南京，功名富贵就在今日。”
众将齐声说：“愿意战死江浦。”萧庆衍亲自擂响战鼓，各哨哨官、队长列队向太平军发动进攻，湘军将士在炮火的掩护下向前攻击，双方混战，激战两个时辰仍不分胜负。
此时鲍超率军赶到，向太平军侧翼发动攻势。太平军向来害怕霆军，不到半个时辰，江浦太平军支持不住，全线溃败，纷纷逃往燕子矶，又从燕子矶进入南京。
占领江浦后，鲍超令萧庆衍守江浦，又联合刘连捷进攻浦口，连破浦口数座营寨。浦口守军退守九洑洲，九洑洲的太平军寨门紧闭，浦口溃兵被迫投江自杀，未投江者，躲在九洑洲的芦苇丛中，被活活饿死。九洑洲是南京对岸的军事基地，太平军筑有坚固的城墙，洲上设置很多炮台，安装重型火炮，控制长江水面，洲中战船云集。
湘军连下江浦、浦口，江北已无太平军，彭玉麟率水师停在江北二浦，与霆军会师，准备一起攻打九洑洲。
同治二年五月，杨岳斌亦率战船赶到江浦与彭玉麟相会，水师将领喻俊明、成发翔、王吉、任星沅等都到军前听令。
彭玉麟在九洑洲上游陈列战船，分为南北两队，南队从秦淮河向下关方向进攻，北队绕道永安洲，向草鞋峡方向进攻。杨岳斌亲自督战，以干枯的芦苇浇上油脂，顺风放火，焚烧九洑洲的太平军战船。大火延及岸上，烧毁岸上营寨八座。湘军乘机发动攻击，袭取燕子矶，营官胡俊友中炮受伤，九洑洲的太平军坚守不战。
次日，杨岳斌派陆军埋伏在芦苇丛中，挖断洲中土路，将船队分成数十股，沿九洑洲上下寻机进攻，又列军下关，打击支援九洑洲的太平军，还命令舢板小船随时登陆。太平军分三队，用火枪朝湘军射击，湘军死伤数百人。
彭玉麟、杨岳斌合兵一处顺江进攻，从洲头攻到洲尾，双方炮击，太平军防守严密，双方激战一日，湘军水师没捞着什么便宜，退回江北。
李世忠献计说：“长毛防守南京，是动了一番脑筋的。我军不宜从正面攻打，应绕道长毛的后背，才能给长毛致命一击。我军先取下关，绕道秦淮河，往北出永安洲，经草鞋峡攻取南岸的燕子矶，切断天京对九洑洲的弹药粮草供应，九洑洲可不战而下。”
彭玉麟、杨岳斌仔细分析后认为李世忠的话有理，决定依计而行。
数日以后，湘军水师攻打九洑洲中路，一战成功，李世忠趁机登洲，夺得九座隘口，使九洑洲的太平军首尾不能兼顾。彭、杨水师从下关进入秦淮河，北绕永安洲，出草鞋峡攻打燕子矶。
湘军水师炮轰燕子矶，太平军发炮还击，营官胡俊友率一队战船，携带芦苇、硝石到矶头放火，一时间浓烟滚滚，烈焰腾空。
大火延至岸上，引燃太平军火药库，数声巨响，矶上太平军被炸死过半。胡俊友趁火打劫，在爆炸声中被炮弹击中战船，炸得尸骨无存。经过一天的激烈争夺，燕子矶失守，湘军水师将战旗插上燕子矶。
为了配合湘军水师攻打九洑洲，在激战燕子矶的同时，淮军向江阴发起进攻，刘铭传破垒二十七座，郭松林破垒三十五座，滕兹武破垒十三座。李鹤章从江阴抢滩登陆成功，准备攻打无锡，程学启部出昆山，攻打镇江、福山，常熟落入淮扬水师黄翼升之手。
天王几次催李秀成发兵，李秀成无兵可派，也没有办法增援九洑洲。
彭玉麟派喻俊明、成发翔、王吉、任星沅八营水师轮流夜战，太平军发炮还击。一营士兵手持火把趁着夜色登上九洑洲，埋伏在芦苇丛中，到了晚上，顺风放火，一时间，浓烟滚滚。火趁风势，一直烧到太平军营寨，众将士鼓噪而进，冒着太平军的炮火冲进九洑洲，踏尸而行，不顾生死。太平军见势不妙，纷纷从营寨内走出，湘军见机偷袭营寨，九洑洲遂被攻克。
湘军水师占领九洑洲，夺得火枪数千支，一万多名太平军守军没有一人逃脱，全部战死。
此战，缴获战马三千余匹，彭玉麟全部送给陆师。捷报传来，江北湘军飞书相庆。
彭玉麟又将大胜关至燕子矶一带的炮台全部摧毁，彻底封死了天京北大门。
天京的形势更加危急了，但是仍有一些胆大的洋人和乡下小贩将粮食通过秦淮河运到南京，彭玉麟派水师四处侦察，发现一起，缴获一起，不执行军令的，就地扣押，粮食皆被没收，当事人全部正法。
如此一来，再也没有人敢往南京偷运粮食了，南京城内只有天堡寨、地堡寨一线，可以通过陆路往城内运送粮食。
曾国藩上折准备将钦差大臣和两江总督职务一概辞去，请朝廷派人过来督促军务，朝廷没有同意。
曾国藩再次上奏朝廷派请大员到江南督师，他在奏折上说：“三年以前，江南有钦差大臣一人，两江总督一人，督办安徽防务一人，督办江宁防务一人，管辖苗沛霖、李世忠大臣一人，今臣身兼五职，精力有限。”朝廷依然不许，将曾国藩劝慰一番。
李秀成在上海与李鸿章大战，太平军胜少败多，李秀成不断从苏南一带调兵到上海。为了拯救天京，洪秀全急诏李秀成从上海撤军支援天京，连发三道诏书。
接到天王命令以后，李秀成在苏州召开军事会议，准备先拿下上海，再去救援天京。但天王不同意，严令李秀成马上回天京，李秀成无可奈何，留慕王谭绍光守苏州，自率领二十万大军回防。
曾贞幹这两天有点发烧，但他没有在意，强撑病体巡营。幹字营有好几名士兵莫名其妙发烧死亡，营内不少人说这是太平军下了蛊，要不然与南京一墙之隔，长毛一点事情都没有，幹字营咋都不行了呢？
曾贞幹派人通知曾国荃，待曾国荃赶来时，曾贞幹已经断气了。
此时瘟疫已席卷幹字营，士卒死了一半。曾国荃吓得赶紧逃回吉字营，天天用热石灰向营房周围抛洒消毒，又派人到安徽、江西、湖南、湖北等地求医问药。
合该鲍超倒霉，此瘟一发，老鲍四肢无力，晕倒在地，高烧不止。幸亏发现得早并及时医治，老鲍才算捡回了一条性命。
霆军人人传染，个个倒地不起，士卒相继死亡，搞得军营无人送信，伙房无人做饭，营中炊烟不举，一个月时间，霆军十去其三，士兵死亡，尸体也无人掩埋。
到了秋天，北风又起，靠霆军南边的张运兰、杨岳斌、彭玉麟部无一幸免。一个个像中了邪似的全部染上瘟疫，幕僚甘晋、徽宁池太广道姚广备先后染病，悍将黄庆、任体翰等相继病死。
湘军遭受瘟疫，曾国藩认为是自己德行不够，杀人太多，触怒神灵，遭到天谴。于是每日在总督府内沐浴斋戒，经常三更半夜焚香祈祷，请求天地鬼神赦免湘军，又给朝廷上奏折，说今年军事进展顺利，湘军却被天降瘟疫击倒，说明自己的德行不够，请朝廷派品德高尚的大臣来取代自己，主持江南军务，自己甘为副手。
慈禧已经看出曾国藩心思，下旨宽慰他说：“江南瘟疫流行，不是你一个人的过错，朝廷也有值得检讨的地方，致使老天爷发怒，你不必过于自责，用心办差，君臣当同舟共济，共渡难关。”
曾贞幹病死，曾国荃伤心不已，得了肺病，耽误治疗，整天咳嗽不止，消瘦得十分厉害。
曾国藩让人将安庆湖南会馆收拾干净，将曾贞幹的灵柩从南京接到了安庆。又给曾贞幹写挽联，幕中文武不少人送来了银子和挽联。曾国藩一一评记，认为唐鹤九给曾贞幹写的挽联最好。曾国藩将曾贞幹的灵柩停放在安庆湖南会馆之内，向朝廷上奏折，请求朝廷追封有功的将士，然后列了一串长长的保单，盖上两江总督的大印，在安庆拜发。
不久，朝廷任命恽世临为湖南巡抚，李瀚章为广东粮道，王文瑞任赣南道，黄冕署道员衔，曾贞幹被追赠按察使衔。曾国藩在安庆接到了廷寄以后，向朝廷上了一道谢恩的折子，又到安庆湖南会馆去告慰曾贞幹的亡灵。
曾国潢派萧开二从荷叶塘来到安庆迎接曾贞幹的灵柩，曾国藩率两江文武将到曾贞幹灵前祭奠一番，然后派人抬着曾贞幹的灵柩从安庆码头上船，含泪送别。
半个月后，灵柩到达了长沙，家人到二十多里外的江面迎接。曾国兰连失两个弟弟，异常哀伤，十日以后竟然去世，外甥临三、临八将此事报与曾国藩。曾国藩哭绝于地，派曾纪泽、曾纪鸿送上银子，代为祭奠。
荷叶塘的丧事刚刚办完，曾国藩的小妾陈春燕突然得了咳血病，隔了三个月也离他而去。陈母来两江衙门闹事，众人好歹将她劝住，送了不少的银子。春燕死后，曾国藩曾一度伤心不已，李元度引用袁枚的诗说：
莫唱当年长恨歌，人间亦自有银河。
石壕村里夫妻别，泪比长生殿上多。
曾国藩将春燕的灵柩放在安庆湖南会馆，停柩数日，然后安葬在安庆城外的地藏庵。
半年的时间，曾国藩连失三位亲人，身心大坏，视力下降。曾国潢获知大哥身体不好，又派萧开二从荷叶塘带来了不少的土特产，跟荆七一起照料曾国藩的日常生活起居。
一个月以后，曾国藩的病情略有好转，又思念家中的夫人和儿女，于是派亲兵将夫人和子女一起接到了安庆，又惦记老四这些年在家中所作的贡献，也邀请曾国潢来到安庆小住。
曾国潢这一次可神气了，准备了好几天，随着湖南巡抚衙门一行人上了官轿，到永丰河码头坐船，取道湘潭进入长沙。恽世临亲自到码头迎接，将曾家老少送上了曾国藩的官船，然后起锚离开了长沙，前往安庆。
朝廷表彰曾国荃的功劳，将其署浙江巡抚，继续留在雨花台效力，所有奏折均由两江总督曾国藩代奏。曾国荃大喜，每天早晚巡视军营，不知疲倦。
恽世临由湖南布政使升任湖南巡抚以后，原两广总督劳崇光调任云贵总督，左宗棠、李鸿章、沈葆桢、刘长佑、李续宜、唐训方、彭玉麟等都被授予巡抚，只有郭嵩焘、李元度两人没有得到实缺，曾国藩心中非常内疚。
郭嵩焘、李元度两人跟从曾国藩的时间最久，交情非同一般。曾国藩请毛鸿宾出面，奏请朝廷任命郭嵩焘为广东巡抚，自己在奏折上密保李元度。
不久，朝廷任命郭嵩焘为广东巡抚，李元度任浙江按察使。
湘军遭瘟疫，李秀成大喜，准备趁机打劫湘营，令太平军分三路进攻湘军。
第一路由杨辅清、黄文金率军攻打宁国。宁国是霆军的大本营，杨、黄多次被霆军打败，深恨鲍超，得令后不分昼夜奔赴宁国，找霆军算账。
第二路由陈坤书率领本部人马直赴芜湖。金柱关有湘军水师，杨岳斌、彭玉麟就驻扎在那里运送粮草。
第三路由李秀成亲自率领进攻雨花台。
杨辅清率军到宁国，令先锋黄文金向霆军发起猛攻。鲍超元气尚未恢复，没有还手之力，狼狈逃出宁国。霆军虽败，却虎威不减，两军在宁国生死相搏，时间一久，瘟疫在太平军内部开始传播，将士们一个个头重脚轻，不得已撤离宁国。
陈坤书进攻芜湖，杨岳斌虽已无力再战，但彭玉麟却不是等闲之辈，水战又是彭玉麟的强项，几个回合下来，陈坤书没能截断湘军粮道，反而被彭玉麟水师打败，损兵折将，溃不成军，逃回天京。
李世贤搞了几次偷袭，没有成功，太平军将士也染上瘟疫，疫情不断扩散，连任化邦也中招病倒，不能视军。李世贤不得已撤出战斗，手下大小将领不敢进入天京，跑到常州乡下闭门不出，才免遭灭顶之灾。
战事最激烈的当数李秀成围攻雨花台，曾国藩怕吉字营被太平军吃掉，命他马上撤军，但曾国荃宁死不从。
湘军情况十分危急，曾国藩请丁忧在家的李续宜出面领兵，李续宜病重无法带兵，又给李鸿章写信，让程学启率开字营回援。开字营正在上海与太平军激战，无法抽身，李鸿章派吴长庆、张树声驰援雨花台。
曾国荃死守雨花台，恶战不退，声称要与李秀成血战到底，还伺机向城墙进逼，遭到太平军激烈抵抗。
李秀成率领三万多人马，在金陵城外与曾国荃激战四十六天，没能攻克雨花台长壕，将士们染上瘟疫，无力再战，太平军撤围雨花台。李秀成率一路人马由九洑洲北渡长江，占领浦口、江浦，对江北的李世忠大打出手，李世忠损兵折将，逃回淮北。
打败江北李世忠，太平军占领和州、含山、巢县，然后进攻舒城、桐城、庐江、六安。安庆、庐州陆路相继被切断，成了一座孤城，长江沿线城市依靠水师联络信息。
同治二年正月二十九日，曾国藩从安庆出发，顺江东下，前往湘军雨花台大营，到各处巡视布防情况。
此时，曾国荃率军驻扎南京城西南一带，长江以北由杨岳斌率领的水军驻扎乌江。
皖南一带，罗逢元驻扎金柱关，守太平；周万倬、吴坤修守芜湖；彭玉麟率水师屯濡须，在长江以北。
曾国藩在安庆上船到大胜关下船，在亲兵的保护下来到雨花台大营。
瘟疫刚过，大战的硝烟还未散尽，曾国荃率领几名心腹爱将到门外迎接。曾国藩下轿，见曾国荃明显瘦了，但是身体结实，精神饱满，心中快慰不少，说：“沅甫，辛苦你啦！”
“大哥。”曾国荃喊了一声，禁不住眼泪飞溅，所有的将领都被这一声亲情呼唤所感动。
曾国藩还是想让老九暂时撤离南京，说：“长毛各路大军都在驰援南京，湘军不撤离，恐怕会成为长毛网中鱼，砧板肉。”
不管大哥怎么劝，曾国荃就是不听，把头摇得像拨浪鼓：“就是将我这一身臭肉招引长毛齐聚天京，也好围城打援，擒贼擒王，毕其功于一役。两万人马围攻天京，只要兵精、粮饷充足就行。我不是跟洪秀全比兵力，而是拼消耗。”
曾国荃如此一说很有道理，曾国藩只得由着他，说：“沅甫，我沿路察看了长毛的防守阵地，都没有吉字营扎得牢固，还是湘军的壕沟挖得深、挖得宽。大疫以后，我看可以先将部队撤到东坝、溧阳、溧水一带休整，你与杨岳斌、左季高都不主张退兵，我看也对。只是吉字营的兵力太单薄了，我调李续宜部萧庆衍、毛有铭两军以及韦俊的一万五千人马，给你凑齐五万大军围攻南京，你看如何？”
“谢大哥！现在瘟疫已过，我率领五万人马一鼓作气围攻南京，只是有几件事还需大哥做好才是！”曾国荃的态度非常明确。
曾国藩进营以后坐了下来，曾国荃泡上一杯上好的祁门红茶。曾国藩接过茶杯，对曾国荃说：“我来南京，一是看看你，二是巡视一下湘军布防，三是要看你的态度和决心，有什么话，全部说出来，大哥给你做主。”
“痛快！”曾国荃将憋在胸中的话和盘倒出，“南京其实是一座孤城，长毛的主要兵力在苏南，李少荃、左宗棠盯死苏州、杭州，可以牵制长毛大半兵力，我的压力就会轻一些。南京主要从南北两个方向往城内输送粮食，南路已被我掐死，大哥要派彭玉麟率水师，控制大胜关至九洑洲一带江面，不让一粒粮食进入南京，半年以后，南京不战自乱。”
“好！我命彭玉麟、杨岳斌封锁长江。”曾国藩点头答应。
“还有，你在安庆军械所制造的枪炮要全部调往雨花台，两军决战，打的就是弹药粮饷，雨花台五万大军每月至少三十万饷银也不能断。”曾国荃一口气将要求提完。
“好！一言为定。”曾国藩喝了祁门红茶说，“大哥在安庆盼望九弟捷报！”
寒风凛冽，雨花台大营前帅旗飘飘，各路将领齐聚雨花台，大家都来表决心。曾国藩基本认可曾国荃的战略意图，前往孝陵卫视察。
曾国藩花了一个月时间视察了雨花台大营、滁州、和县、巢县、无为等地。一个月以后回到安庆，他得出的结论是：阵地坚固，人心稳定，所缺的是粮饷火炮。曾国藩遂调动各省粮饷源源不断送到雨花台，又令萧庆衍、毛有铭、韦俊等到雨花台听令，安庆军械所的火炮弹药全部供应雨花台。如此一来，曾国荃兵力空前膨胀，攻城部队达到了五万人。粮饷不缺，弹药又足，加紧对南京进行围攻。
曾国藩、李鸿章联合上奏，请朝廷减免苏州、松江、太仓税粮，朝廷同意酌情减免。
为了配合湘军，淮军在南京、上海作战，曾国藩重新组建三支水师：
太湖水师统领彭玉麟，主要配合曾国荃在南京作战；
淮扬水师统领黄翼升，主要配合李鸿章在上海作战；
宁国水师统领李朝斌，主要配合鲍超在宁国、池州作战。
太平天国定都南京以后，杨秀清在九洑洲、七里洲、中关、下关、雨花台、紫金山、秣陵关、江东桥、上方桥等处修筑堡垒，与南京城遥相呼应。
曾国荃攻打南京城南、城西太平军九座营寨，费了九牛二虎之力，拿下不少营垒，只有江东桥、上方桥无法克复。
萧庆衍率七营湘军进攻江东桥，遭到太平军激烈抵抗，上方桥太平军也过来支援，萧庆衍无功而返。曾国荃又派张诗日、李臣典进行打援，同时命萧庆衍在江东桥附近安营扎寨。两天以后，他又令成发翔和到萧庆衍军前筑寨，步步紧逼，用火炮日夜轰击上方桥的太平军。
湘军冲入上方桥敌方阵地，双方激战一日，太平军不支，撤出上方桥，湘军占领该地。
太平军失去上方桥、江东桥战略要地以后，李秀成将大军重新摆在东南中和桥、双桥门、天桥瓮、方山、土山、上方门、高桥门、秣陵关、博望镇等处。
萧庆衍攻克上方门，陈湜攻克高桥门，彭毓橘攻克双桥门。湘军金柱关守将朱南桂，会同朱洪章、武明良偷袭博望镇，获得成功。陈湜、熊登武攻陷中和桥。彭毓橘、伍维寿夺取秣陵关。
九月二十七日，曾国荃率萧庆衍、陈湜、彭毓橘、李臣典视察孝陵卫后，派兵围攻南京城东太平门、朝阳门。护王陈坤书出战，被洋枪击伤，退回天京，萧庆衍趁机占领孝陵卫。
湘军连克南京城东、淳化解溪、隆都、湖墅、贫溪五处隘口，南京城东百余里再无一支太平军。
淮扬水师黄翼升、宁国水师李朝斌进攻福山太平军营寨，双方激战七十多天，才将太平军水师打败。黄翼升又令欧阳利见、王东华等联合程学启攻克太仓、昆山、吴江，进入上海。
湘军水师作战，只要是杨岳斌、彭玉麟在场，两人一前一后，经常到水师各营巡视，事先也不通知营官，水路将士都惴惴不安，没有哪一位不敢不尽力作战。
曾国荃自从担任浙江巡抚以后，深感朝廷破格提拔自己，想早日攻克南京，以报朝廷。他经历安庆攻坚战后，决定切断南京粮道，待其弹尽粮绝时再攻坚。
十一月五日，湘军于当天夜晚通过地道轰陷南京城十余丈，但很快被太平军堵上，湘军伤亡三四百人。这是意料之中的事，南京城内的太平军大多身经百战，阅历丰富，知道怎样堵住缺口。
曾国藩安慰他说：“自古以来，凡是大战，三分靠人谋，七分靠天意，智慧之人不能成名，成名之人不能享福，攻克南京，只问耕耘，不问收获。九弟攻南京，一要心怀淡定，莫求速效；二要严防长毛内应外合，反扑湘军，要稳妥和慎重。”
曾国荃连日用兵，进兵至金陵城外天堡寨、地堡寨，步步为营，不断推进。李秀成数次来解天京之围，均被湘军击退。
同治二年五月，天京金龙殿的御座上发现一条青蛇，女官吓得不敢进去，大内总管蒙得恩率侍卫前去驱赶，那条青蛇逃出窗外，化成一道青光，顷刻不见。不久，天空阴云四合，雷电交加，御花园的一棵大树被雷劈，天王下诏问：“这是何预兆？”
洪仁玕说：“《诗经》上有记载：蛇妖是女子的象征，天王殿内阴阳失调，女子太多。如果能将女子遣送出宫，割断对美妻艳妾的宠爱，这种异象自然会清除。”
天王没有同意，洪仁玕只好退出。正是：
瘟疫流传遍地灾，湘军损将又埋才。
金龙殿里蛇妖现，难保天兵不志哀。
不知洪仁玕又将如何，请听下回分解。