八月三十日，曾國藩接到朝廷調他回南京繼續擔任兩江總督的聖旨，急忙召見丁日昌，然後令其迅速南下，去見江寧將軍魁玉，將馬新貽的案情一日一報。
丁日昌不敢在天津久留，即日南下。曾國藩此時正被天津教案糾纏得脫不開身，朝廷讓他離開天津這個是非之地，哪知他接聖旨時不喜反憂，兩隻手不停地打戰。趙烈文都看出了端倪，勸曾國藩給朝廷上一道謝恩折，要求辭去兩江總督職務，說自己六十歲了，身體不好，難堪大任。
慈禧心裏明白，曾國藩還是在爭麵子，不允許他辭職，讓他馬上到北京晉見。曾國藩無奈，在天津跟李鴻章交接了總督印信，啟程赴京。
曾國藩進京後，兩湖同鄉在湖廣會館內為曾國藩設宴洗塵，並將清朝湖廣省大學士的生平事跡全部介紹在牆上。曾國藩從康熙朝的首任大學士餘國柱看起，到自己這一任已經有十餘位了。他唏噓不已，回想當年湖南三元及第，自己張羅場麵時風風火火，感歎時光過得真快，一轉眼三十年就這麽過去了。
酒宴結束，曾國藩回到法源寺住處，軍機處奉旨送來勳高柱石匾額一塊，福、壽兩個字，蟒袍一件，玉如意一柄，綢緞十匹。並告訴曾國藩這塊匾和兩個字是十六歲的聖上親手所書，禦賜給大臣還是第一次。曾國藩口謝皇恩，內心卻靜如止水、波瀾不驚。
九月二十六日，兩宮皇太後、皇上在養心殿召見了曾國藩，慈禧問曾國藩的身體狀況。
曾國藩實話實說：“臣右眼視力模糊，已經看不清楚了。”
慈禧停了一下，試探著問：“我看你精神還好嘛！”
曾國藩搖搖頭，傷感地回答：“臣長期勞累，精神還沒有恢複。”
慈禧心想你就裝吧，嘴上卻說：“馬新貽這件事，真是奇怪了。”
曾國藩微微頷首，坦然回答說：“是有點奇怪。”