闽东南沿海泛指闽江下游及晋江、九龙江、木兰溪、霍童溪等流域，明清时期共设有四府二州，即福州府、泉州府、漳州府、兴化府及福宁州、永春州。这一地区有福建的四大河口冲积平原，人口稠密，宗族聚居的规模较大，易于形成强宗大族。另一方面，这一地区于明代中叶及清代初期先后经历了倭寇之乱和迁界之变，宗族组织的正常发展进程受到了全面冲击，出现了较多的变异形态。
清末刊行的《闽县乡土志》和《侯官县乡土志》,对本县各地的人口及族姓构成都有较为详细的记载，足以反映福建沿海平原的宗族聚居概况。在两县所属乡村地区，除了少数开发较迟的村落外，大多数村落为单姓村或由少数大姓构成的主姓村，杂姓混居的村落为数甚少。《侯官县乡土志》记述了全县500多个村落的族姓构成。
如上表所示，在清末侯官县的649个村落中，单姓村共194个，约占30%;主姓村共182个，约占28%;杂姓村135个，仅占21%。如果扣除族姓构成不明的138个村落，则单姓村和主姓村共占村落总数的74%,而杂姓村仅占26%。由于单姓村和主姓村的开基时间大多较早，因而其人口也较多，而杂姓村的开基时间一般较迟，因而其人口也较少。换句话说，清末侯官县的绝大多数人口，是集中于单姓村和主姓村中的，同族聚居的现象极为普遍。
《闽县乡土志》详细记述了全县主要族姓的始迁祖及其开基年代，在闽县前十五大姓的71位开基祖中，定居于宋以前的共有40位，约占56%;定居于宋元时期的共有13位，约占18%;定居于明清时期的共有18位，仅占26%弱。此外，在排名16至30位的15个大姓中，共有开基祖25位，其中定居于明代以前的共15位，占总数60%;定居于明清时期的共10位，仅占40%。由于每一大姓各有若干位不同的开基祖，因而又可以分为若干不同的聚居宗族。大致说来，每位开基祖各代表一个聚居宗族，如林姓共有9个，陈姓共有8个，其余可依此类推。清末闽县各地的主要聚居宗族，总户数一般都有数百户乃至数千户，往往连亘数村乃至数十村。兹略举数例如下：
白湖区……各村族姓户口，以黄、郑、林、陈四姓为最大。黄姓，则义序黄一族已不下二千余户，居义序者二千零户，又尚宝墩、半田各有三百户，星墩、赤东各有一百余户，此皆黄氏一姓，与义序同族也。连坂、邵岐两乡，亦各有二百余户，亦皆黄氏一姓。若郑氏，黄山除刘姓数十户外有五百户，胪厦有三百户，洋下有三百户，城山有百余户，至屿头、叶下与林、许二姓杂居，亦各有数十户。林姓，则城门一族为大，约有八九百户，如鳌里之百余户，三角埕之数十户，皆与城门林为一族也；次则林浦林姓有七八百户……若螺州之州尾及朱邵宅林姓，各有三百户；如屿头、后坂、日宅，皆不足数十户，统计有二千余户。陈姓，则螺州一村为最显(村有吴陈村之称),计有七八百户；次则三墩头三乡(鳌山头、乾元墩、紫霸墩),皆陈氏一族，计有五六百户；他若花园、渡尾，各有一百余户；下店、下州、桥南、尤宅、牌下、叶下、蒲墩，与各杂姓同居，亦各有数十户；统计亦不下千七八百户。其次则浦下新桥刘氏一姓，有八九百户；郭宅、铜边郭氏一姓，有七八百户；潘墩、下州潘氏一姓，有六七百户；北园、首山王氏一姓，有五六百户；杨庄、杨厝前杨氏一姓，有二百余户；下濂、山边李氏一姓，有二百余户；上董、下董董姓，有百余户。他如上州、程巷、池头、芋壑、光桥、方岐、湖埭里各乡，皆不过杂姓聚居，则村小而族亦小焉。
仁南里……各乡族姓户口，以下洋为最，严、黄二姓各有二千余户；次则梁厝之梁、胪雷之陈，各有六七百家；又次则石步有四百余户，而王姓居其半，林、萨、刘、邵等姓半焉；谢坑有三百户，杨、谢两姓各百余家，卢姓数十家；浚边有三百户，皆张氏一姓；湖标、湖泷、北边三村凡三百余户，皆郑氏一姓；古下、清凉有二百余户，皆林氏一姓；江店、官路边两乡共一百余户，皆江氏一姓。他如樟岚、卢岐……二十余乡，张、黄……等姓错杂而居，大者不过二百户，小者不过数十户。
内七里各村族姓户口，以林姓一族为最大，计五千余户，环珠山居者曰尚干村……有三千余户。村之东北隔江有半洋、枕峰，计共五百余户；由枕峰而南柘岐山一带，山居错杂者共数十户；村之西北里许为山边、中房，计二百余户；又北为岐头、门口、渡头、肖家道、鲤尾，计二百余户，皆背山面水而居；对岸有云礁洲、塔礁洲，共有百余户，乃近年所迁者；村之西南有牛山、龙屿内、龙屿外及馆前、山前、山后，与什姓杂居者四百余户；村之南……各村杂各小姓而居者，不下五百余户；此皆林氏支派散处者也。……
外七里区户口族姓，以林、陈、郑为最大。白田一千户，皆郑姓；营前一千户，林有六百；湖里、塘限、唐安、半野、塘屿、前汀、黄石共千六百余户，皆林姓；陈之散处各村者，亦有千余户。余则以黄、李为大。赤屿村六百家，皆黄姓；下洋村六百家，皆李姓。至刘、谢、王、杨诸杂姓，则百家、数十家不等。……
如上所述，在清末闽县的白湖、仁南里、内七里、外七里等区，聚居达千户以上的族姓比比皆是，而聚居达数百户的族姓则等而下之，甚至被视为“杂居”“散处”。像福州地区的这种宗族聚居规模，在闽西北山区是很难想象的，而在福建沿海平原却是很普遍的。在此应当说明的是，福建沿海地区的宗族聚居规模之大，不仅与较为优越的自然生态环境有关，而且与较为发达的商品经济也有密切联系。在清末福州农村，相当多的居民已经不是以传统的农业经济为生，而是以从事工商业或商品性农业为生。例如，闽县外七里区，“村民多以烧陶、伐石为业。塘屿村三百家，皆业石工；黄石村六百家，则业陶瓷；出产以灯心草为大宗”1391。侯官县沙堤，“赵姓千余户，业耕织及商”;泽苗，“张姓千余户，习农商，乡多产橘”;陈厝，“居民陈姓约九百余户，习四民业，土产橘、李等物”;大文山，“约六七百户，皆陈姓，田地无多，均习烧瓦，计有瓦窑十八所”;甘蔗，“土著三千余户，程为大姓，间有张、邹、林、郑各姓，有业儒者，有力田者，有牵车服贾者……夹洲多植橄榄、桑、蔗，颇称富庶”L401。这种多元的经济结构，不仅为宗族聚居提供了雄厚的物质基础，对宗族组织的发展也有深刻的影响。
明代以前，福建沿海地区已有不少强宗大族。早在北宋中期，蔡襄已指出：“温陵、临漳、莆阳三郡之民，岁输镪以税其身……故强宗右族力于兼并，游手惰农因之以流**。”141可见，在当时福建沿海地区的社会经济结构中，强宗大族已经占据了统治地位。不过，根据笔者所见资料，宋代福建各地的宗族组织，一般是以当地的某些寺庙为依托，而且大多与名儒显宦的政治特权有关，其社会性质较为复杂，自当另有专论。南宋以降，福建各地的宗族组织逐渐脱离寺庙系统，得到了相对独立的发展。元明之际，沿海地区的聚居宗族纷纷建祠堂、置族产、修族谱，陆续形成了以士绅阶层为首的依附式宗族。明清之际，由于倭寇之乱和迁界之变的冲击，沿海各地的宗族组织大多经历了解体和重建的过程。清中叶以后，沿海各地的聚居宗族得到了恢复和发展，并逐渐形成各种不同形式的散居宗族。下文着重分析沿海宗族组织的阶段性发展特点。
明中叶以前沿海依附式宗族的发展，主要表现为建祠之风的盛行。福建历史上的家族祠堂，最初大多是先人故居，俗称“祖厝”,后来经由改建，演变为祭祖的“专祠”。在族谱中，往往直接把先人留下的“祖厝”称为“祠堂”,因而很容易引起误解，以为祠堂之设早已有之。实际上，专门用于祭祖的“祠堂”,是南宋时由朱熹发明的。在此之前，“祠堂”一般是指神祠，即祭神设施。不过，朱熹所设计的“祠堂”,只是附设于居室之中的神龛，而且只用于奉祀高、曾、祖、祢四代祖先，类似于后来的“私室”或“公厅”,而不同于独立于居室之外的“专祠”。1421区分这些不同的概念，对考察宗族组织的发展是很有必要的。这是因为，“祖厝”“公厅”“私室”或朱熹所设计的“祠堂”,都是局限于居室之内的，很难用于大规模的祭祖活动；宋以后形成的“专祠”,却是独立于居室之外的，其祭祖规模可以不断扩大。因此，在聚居宗族的发展进程中，创建“专祠”可以视为依附式宗族形成的主要标志。在福建沿海地区，至迟在宋元之际，已经出现独立于居室之外的“专祠”。试见宋末莆田理学家黄仲元的《黄氏族祠思敬堂记》:
堂以祠名，即古家庙，或曰“影堂”,东里族黄氏春秋享祀、岁节序拜之所也。堂以“思敬”名者何?祭之所思主乎敬也。所以有斯堂者何?堂即族伯通守府君讳时之旧厅事，仲元与弟仲囤、日新、直公，侄现祖、与权得之，不欲分而私之，愿移为堂，祠吾族祖所自出御史讳滔公以下若而人，评事公讳陟以下大宗、小宗、继别、继祢若而人，上治、下治、旁治，序以昭穆，凡十三代。亦曰，天之生物一本也，子孙孙子，亲亲故尊祖，尊祖故敬宗，敬宗故收族。不祠，何以奠世系、联族属、接文献，而相与维持礼法以永年哉!……或曰，新斯堂也，费焉须四节缩祭田之赢，勾稽山林之入，弟侄宗族间资助焉，或微乎微，具刻牺碑，此不书。后来者，墙屋之或当修，器具之或当庇，吾宗有显达者、良奥者修之、庇之，犹今之年，庶俾不坏，书之又不一书。 (余略)[431
此碑书立年代不明。黄仲元为南宋咸淳七年进士，宋亡后设教乡里，著述甚丰，被誉为“理学名儒”。其弟仲固曾任教谕，日新曾任提领，侄现祖为宋郡马，与权曾任典史，都属于宋末的缙绅阶层，建祠之事可能也是发生于宋末。如上所述，黄氏“思敬堂”是由先人故居改建而成的，奉祀自始祖以下的十三代祖先1441,其经费则主要来自于族产的收入。由于“思敬堂”是由少数士绅创建的“族祠”,而且祀及始迁祖以下的历代祖先，因而可以推断，这一时期已形成以士绅阶层为首、包含全体聚居族人的依附式宗族。另据明人记述，正统年间聚居于此地的黄氏族人，仍是以这一祠堂为中心，“岁时族人子姓聚拜祭享，久而益虔”。可见，这一依附式宗族的发展是颇为稳定的。在黄氏建祠前后，莆田的另一世家大族“九牧”林氏也曾经“建先祠”“置祭田”,但据说其祠堂“规制卑狭，不足以交神明”,至明初又“即故宅之基建屋三楹间，蔽以外门”。很明显，林氏的祠堂也是由先人故居改建的。
从南宋至明初，建祠活动尚未普及，祠堂的规制也不统一。明代前期的士绅阶层，对建祠活动还颇有疑虑，长期为祠堂是否合于“礼”而争论不休。弘治二年，莆田缙绅彭韶在《白塘李氏重修先祠碑》中记云：“昔者，程子尝祀始、先祖矣，紫阳夫子本之，著于《家礼》,后疑其不安而止。我太祖洪武初，许士庶祭曾、祖、考。 永乐年修《性理大全》,又颁《家礼》于天下，则远祖之祀亦通制也，然设位无专祠。今莆诸名族多有之，而世次、龛位家自为度。或分五室，左右祀高、曾以下；或虽分五室，子孙左右序房，各祀其高、曾以下；而皆以中室祀先祖。或按礼分四亲各室，以西为上，而先祖止祭于墓所，人反疑之。议礼老儒，迄无定论。诚以人之至情，有不能已，不能一焉。”由此看来，当时有关争论的焦点，在于可否设立奉祀五代以上远祖的“专祠”。如果依据宋儒设计的祭礼及明王朝的有关礼制，其答案自然是否定的。然而，当时莆田民间的建祠祭祖活动，已经完全突破了宋儒和官方的有关规定，不仅“诸名族”多有“专祠”,而且“祀远祖”也习以为常。其原因，自然是为了适应宗族发展的需要，扩大“敬宗收族”的范围。彭韶在上引碑文中指出：“今白水塘之祠，上祀十有余世，揆诸礼意似非所宜。然族属之众且疏，舍是不举则人心涣散，无所维系，欲保宗祀于不坠，绵世泽于无穷，岂不难哉!”因此，民间无视宋儒和官方的有关规定，不断对祠堂之制进行改革，而士大夫则试图作出理论总结，并加以推广，从而也就促成了这种以奉祀远祖为特征的“专祠”的日益规范化。明成化年间，莆田缙绅翁世资在《清江周氏宗祧碑铭》中记云：
周为我清江著姓……宋南渡前家乘已毁，蔑所考矣。居于清江，盖土著也，故周家巷之名已久。……岁时褊祀，恒于正寝，或有祠堂，只及四代。至是，其正宗子孙欲因祀事以敦睦宗党，率所亲以崇其祖而及于无穷，爱作是祧。虽于礼有所未合，崇本亲亲之意不无有可书者。余周甥也，用佥以碑铭请。按，周所知之祖十七朝奉，再传为宜教府君，遗像尚存，皆宋衣冠。宜教生三三、三四府君，三三居正宅，三四居后堂。正宅之厅事有廉廊，别尊卑，序长幼，而他宅所未有，故有“上廊”之号。……据世次云，孟仁府君乃周之正宗也。孟仁资产颇厚，有遗下祭田几三百亩，其孙曾衰其祭扫门户之余，作是祧。肇工于成化丁亥，讫事于成化辛丑。中构堂，堂北列五龛，中龛立一神牌，祀十七府君以下，以底孟仁君而止，衬之以族人之无后而又无私房可归者；岁正旦，则为一祭而合族焉。其四龛各立一牌，祀孟仁府君派下四房之祖，暨其房之物故者皆登焉；俗节献时，始得及之。盖是祧乃孟仁府君孙曾所出，上迨其宗之所始，崇本也；下详其宗之所分，亲亲也。崇其本则视一族无所不当爱，仁之合也；亲所亲则又不至于泛爱，义之分也。迪仁秉义，今之号世族者亦有之乎?……堂之中为陈设位，南为两阶，阶上树门，无事则以时启闭，有事则以严开关。阶下复之屋，为子孙行礼之位。
又以子孙繁伙，等第不可紊也，故屋外为露台以足之。堂东西为两夹室，匾其东曰“思成”,以为致斋之所；西曰“绥禄”,以为燕私之室。燕私之时，男归“思成”,女归“绥禄”焉。二室之外，翼以两厦，而庖厨蠲涤皆在焉。厦南缭以两长廊，东曰“东跻跄”,西曰“西跻跄”。外则迁主事□之绰楔以为中大门，以其为是祧之门，匾曰“桂苑”。……不佞嘉之，且欲告余之若子若孙也。 (余略)
如上所述，清江周氏原来是在“正宅之厅事”中奉祀共同祖先的，而有的支派则“或有祠堂，只及四代”,这说明族人之间已经出现了明显的分化。因此，代表周氏“正宗”的孟仁派下子孙，用祭田收入创建了“敦睦宗党”的“宗祧”,即独立于居室之外的祠堂。这一祠堂既奉祀孟仁以上的历代共同祖先，也奉祀孟仁以下的“四房之祖”,因而可以用于各种不同层次的祭祖活动。此外，祠堂中还有礼堂、厨房、宴会厅等附属设施，可以说是综合性的宗族活动场所。翁世资虽然认为此祠“于礼有所未合”,但又对其“崇本亲亲之意”深以为然。他详细记述周氏祠堂的规制，据说是为了传之“若子若孙”,还质问“今之号世族者亦有之乎?”可见，在礼制与现实的冲突之中，士大夫阶层终究还是屈从于后者。有的士绅为了论证建“专祠”的合理性，甚至不惜曲解朝廷礼制，把此类祠堂附会为“家庙”。如云：“我国家稽古定制，仿仪礼而准程、朱，易庙以祠，世品官四、士二。制中为堂，堂之外为门，夹以两阶，缭以周垣，遗书、祭器有库，丽牲有所，别为外门，加扃闭焉。其严其慎如此，而犹有若诸侯无国、大夫无邑之论者，是又未可以言礼矣!”[491其实，如果依据明代“庙制”,品官祭祖最多不得超过四代，这固然与朱熹设计的“祠堂”之制相符，但却根本不同于民间祭及远祖的“专祠”。明嘉靖年间，同安缙绅林希元在其《家训》中，详细规定了奉祀始祖的祠堂之制，但又反复指出，“虽非文公之旧，亦以义起之也”50l。这说明，明代的士大夫在其“敬宗收族”实践中，已经形成了不同于宋儒的宗法理论(详见第五章第一节)。明代前期，由于社会环境相对安定，福建沿海地区的聚居宗族得到了迅速的发展。随着族人的日益增加，祭祖的规模不断扩大，建祠活动也越来越频繁。例如，莆田白塘李氏的西墩支派，从正统至成化
年间曾三次修建祠堂，平均每次只间隔十年。据记载：“永乐间，金判故第厅事罹于郁攸，子孙各随小宗世数，祀私亲于室，而统祀制干诸先祖，岁时权寓他所而已。正统丁巳，西塘四世孙德文为族长，乃即厅事故址构祠堂，广三丈六尺，深四丈有奇，中设大龛合祀上世神主，其于仪制草制未备。至天顺甲申，嗣族长德怀又构前厅，为祭毕燕饮之所，中为大门，外缭以廊，石砌甬道，拾级而上，其合祀仍旧。成化二年，岁在丙戌，故族长孟殷，贤而好礼，始以义起，撤中龛，梵石为台，广丈有二尺，深三之一，厘为五龛。中祀制干、金判诸祖；中左祀割田有功颐斋父子，以其年邈不嗣，故专祀之；中右并左右三龛，则祀文森三昆仲以下神主，人自为龛，盖出四亲以上，于家有再兴之劳，故世祀之。若四亲之祀，则各仍私室，兹堂不以入也。又缘故规定祭物，俾三房子孙岁一收烝尝年租以供具。若上墓，若讳日，若冬、年、俗节，皆有祭田以燕享，朔望则多谒惟勤。”1511李氏的以上三次建祠活动，不仅使祠堂的规模不断扩大，其有关制度也日趋严密。这一祠堂的奉祀对象，据说多达“十有余世”,显然是用于依附式宗族的祭祖活动。至于在“私室”中举行的“四亲之祭”,则属于继承式宗族的祭祖活动。此后不久，西墩李氏又与东墩李氏合建了“东墩祠”,从而形成了白塘李氏统一的宗族组织。据嘉靖年间的李氏族人记载：“东墩祠者，吾祖寓轩公故居也。……寓轩公四传为制干公，以是居为长子都监府君之遗，虚其前厅为祠堂。若次子金判封君，则别建第于西墩。都监九世孙孟贤，鬻其居于何氏，祠堂因为秽亵。主祠者闻于官，而徙其门，是堂始得专祀。弘治乙丑，屋圮而倾，时则严州贰守古愚、永安刺史乐园、广东金事中州，暨家君武博省庵先生，倡族人重建。……堂之神版，中绘江王及萧妃，寓轩公而下至制干公三子，左男右女，以次而列。神座前五木牌，漆书世系名讳，随房分供。木牌虽多，虫蚀不可尽识，亦祖宗世次耳。”L521这一祠堂所奉祀的“江王”,据说原是唐朝宗室，因避武氏之乱而入闽1531;而“寓轩公”则为白塘李氏的始迁祖，“当宋真宗时自泉南安之游洋，寻又定居于此”[54]。因此，这一祠堂建成之后，也就成为全体白塘李氏族人的共同祭祖场所。如云：“子孙岁祭，以东墩为大宗，以西墩为小宗，自余则各祀于其寝。”L?51此外，李氏族内还有某些族人创建的“私祠”。嘉靖五年，莆田缙绅林俊记云：“宪伯李君廷安……别治居室，先祠堂以祀曾祖祁阳令龙、祖处士阳堂、父赠承德郎户部主事悌，别为四室，以次而实，虚其左为己耐位。……祠成，君二子材、植请记，曾孙九峰婿吾子，申之，乃记。”1561这种从一开始就是为祭祖而建的祠堂，在明中叶以前较为少见，可能只是少数士大夫偶尔为之。因此，林俊比之为“家庙”,还特为解释云：“宪伯君再命为大夫，礼得立三庙，而同堂异室，又不越居今之制，所谓顺也。”1571实际上，祠堂与“家庙”是不同的，因为“家庙”的兴废取决于入仕与否，而祠堂则不然。
明前期福建沿海的祠堂，大多是由士绅阶层倡建的，这可能与士绅享有的立庙特权有关。在建祠活动中，强化了士绅对聚居族人的控制，从而也就促成了依附式宗族的发展。明嘉靖初年，莆田桂林坊林氏建成“开先祠”后，族绅林俊随即为之制定了“林氏族范”,并书于祠中，“岁时祭祀，俾读之以嘉惠族人”。其略云：
凡林子孙，父慈子孝，兄友弟恭，夫正妇顺，内外有别，长幼有序。礼义廉耻，兼修四维；士农工商，各守一业。气必正，心必厚，事必公，用必俭，学必勤，行必端，言必谨。事君必忠敬，居官必廉慎，处乡里必和平。人非善不交，物非义不取。毋富而骄，毋贫而滥。毋信妇言伤骨肉，毋言人过长薄风。毋忌嫉贤能、伤人害物；毋出入官府、营私召怨；毋奸盗诘诈、赌博斗讼；毋满盈不戒、细微不谨；毋坏名丧节，残己辱先。善者嘉之，贫难、死丧、疾病周恤之；不善者劝诲之，不改与众剿之，不许入祠，以共绵诗礼仁厚之泽。敬之、戒之，毋忽!
林俊为林氏族内的显宦，嘉靖初以刑部尚书致仕。他所制定的这一“族范”,不仅具有教化的功能，而且具有强制性的效力。在他死后，其子林达又刻之于石碑，意在“垂久远云”。在福建沿海地区，士绅阶层历来特别发达，此类依附式宗族也是广泛存在的。
明中叶前后，由于建祠之风的盛行，福建沿海各地的依附式宗族得到了普遍的发展。在规模较大的聚居宗族中，祠堂已被视为不可缺少的统治工具。嘉靖年间，莆田碧溪黄氏的《族议重建祠堂书》宣称：“祠堂不建，于祖何所亏损?而生者之伯叔兄弟无以为岁时伏腊衣冠赘聚之所，卒然相值于街市里巷，袒褐裸程而过，与路人无异。不才子弟习见其如此也，一旦毫毛利害，怨怒恣睢，遂至丑不可言者，其故皆由于祠堂之废。即祠堂尚在，宗家支属时为衣冠之会，得闻察父慙兄胥相训诲，苟未至于傥**其心者，将毋畏其面斥目数而谯让之?庶几其有瘳乎!此祠堂兴废之明效也。”1591在这里，建祠的目的与其说是为了奉祀祖先，不如说是为了控制族众。当然，有些祠堂创建之初，可能并不具有明显的政治目的。例如，南安县英山洪氏于永乐年间建成祠堂后，“拨出下尾洋田一段，年收租粟二百三十楮，八房子孙轮收以为烝尝”1601;龙溪县太江苏氏于宣德年间建成祠堂后，“祭田备器，子孙更掌之以奉祭”61;这些祠堂无疑都是用于继承式宗族中的祭祖活动，很难说具有统治族众的作用。然而，随着族人之间两极分化的日益加深，祠堂的政治作用也会不断加强，从而逐渐演变为依附式宗族的统治工具。
明嘉靖后期，福建沿海地区经历了长达十年的倭寇之乱，社会经济受到了严重的破坏，宗族组织的发展开始出现某些变异形态。嘉靖四十二年，海澄县缙绅李英在《请设县治疏》中，对嘉靖年间的倭寇之乱有如下概述：“张琏、洪迪珍拥众百万，直捣浙直，江南财赋之区**六年，国课为之亏折。近年，以二十四将之徒、二十八宿之党，蔓延接踵，充斥于闽广之交，而福建罹毒最甚。十年之内，破卫者一，破所者二，破府者一，破县者六，破城堡者不下二十余处。屠城则百里无烟，焚舍而穷年烟火。人号鬼哭，星月无光，草野呻吟。”1621朱维幹先生在《福建史稿》中，详细记述了倭寇对福建各地的侵扰。1631兹据该书汇集的有关事例，依次列举如下：
明嘉靖三十四年，攻陷镇东卫城，围攻福清县海口镇。嘉靖三十五年，围攻福宁州城、秦屿堡、闾峡堡等地。嘉靖三十六年，围攻福州省会、连江县城。
嘉靖三十七年，攻陷福清县城、南安县城、诏安县城，围攻福州省会、泉州府城、罗源县城、长乐县城、惠安县城、同安县城(两次)、铜山水寨、安平城、秦屿堡等地。
嘉靖三十八年，攻陷福安县城、永春县城、永福县城，围攻福州省会、福宁州城、泉州府城、古田县城、长乐县城、同安县城、漳浦县城、柘洋堡等地。
嘉靖三十九年，攻陷安溪县城、南靖县城、崇武所城、官沃所城，围攻福州省会、泉州府城、连江县城、平和县城。
嘉靖四十年，攻陷宁德县城(二次)、镇海卫城，围攻闽清县城、同安县城。
嘉靖四十一年，攻陷兴化府城、宁德县城、政和县城、寿宁县城、永宁卫城(二次)、悬钟所城、福全所城，围攻漳浦县城、松溪县城。
嘉靖四十二年，攻陷宁德县城、平海卫城，围攻仙游县城、德化县下涌寨等地。
如上所示，从嘉靖三十四年至四十二年，福建沿海共有1座府城、11座县城、4座卫城、4座所城先后被倭寇攻陷，另有22座省、府、州、县城及其他城堡先后被围攻。其中有不少城堡曾多次被围或沦陷，如福州省城、同安县城各被围4次，泉州府城被围3次，福宁州城、长乐县城、漳浦县城、秦屿堡各被围2次，宁德县城于三年之内4次沦陷，永宁卫城于一年之内2次沦陷。这些事例表明，在嘉靖年间的倭寇之乱中，福建沿海地区遭受了全面的、反复的侵扰。
由于倭寇是一伙经济强盗，其攻城略地的目的在于抢劫财物、掠夺人口，因而对社会经济的破坏也是特别严重的。嘉靖四十一年，御史林润在《请恤三府疏》中说：“今遭寇乱之际，历八年于兹矣。死于锋镝者十之二三，被虏掠者十之四五，流离转徙他乡者又不计其数。近又各府疫疠大作，城中尤甚。一坊数十家而丧者五六，一家数十人而死者十七八，甚至有尽绝者。哭声连门，死尸塞野。孤城之外，千里为墟。田野长草莱，市镇生荆棘。昔之一里十图者，今存者一二图耳；昔之一图十甲者，今存者一二甲耳。”[641林润在此所述为兴化、泉州、漳州三府的受害情景，实际上福州府和福宁州的受害程度也不亚于此。在这场浩劫中，沿海各地的聚居宗族受到了剧烈的冲击，有不少宗族组织一度趋于解体，长期未能恢复正常活动。万历十三年，晋江县施黎受在《修谱遭寇志》中记云：
嘉靖庚戌，予主祀事，宗戚来与祭者蕃衍难稽，子孙老幼计有八百余人。不意嘉靖戊午倭寇入闽，初犯蚶江，人不安生，瞭望烟火警惧。己未、庚申岁，则屡侵吾地，然犹逃遁边城，性命多获保全。至辛酉岁，倭寇住寨海滨，蟠结不散，九月念九破深沪司，而掳杀过半。壬戌二月初八日，攻陷永宁卫，而举族少遗。呼号挺刃之下，宛转刀剑之间。生者赎命，死者赎尸。尸骸遍野，房屋煨烬。惟祠堂幸留遗址，先世四像俱被毁碎。加以瘟疫饼作，苟能幸脱于剧贼之手者，朝夕相继沦没。……予陷在鳌城，家属十人仅遗其二，亲弟四人仅遗其一，童仆数十曾无遗类。长房只有六十余人，二房只有五十余人。……今岁乙酉，年已六十二矣，窃见宗族生齿日繁，欲修谱牒而难稽，幸二房曾祖叔时雨、光表者有谱移在泉城，寻归示予，此亦天道不泯我祖宗相传之意也。故题此以示后世，使知我宗族一时沦没之由，亦示后世子孙知宗族一时艰苦之状云。L651
施氏此次修谱之举，距倭寇之乱已有二十余年，而该族重修祠堂及恢复合族祭祖活动，却又迟至明末崇祯年间。1661在沿海各地的族谱中，还有不少类似的记载。例如，泉州《荀溪黄氏族谱》记载：“倭寇之寇泉城也，荀江尤甚。攻围数次，焚毁再三。巨室雕零，委诸荒烟蔓草间，所在皆是。”[671永春县《清源留刘氏族谱》记载：“当明嘉靖年间，倭贼内侵，我族并力死守鱼山寨，与贼拒战数昼夜，因水道被绝，外无救援，乃被攻陷。合村屋宇惨遭焚毁，只存三家男女老幼，受祸最惨。”L681有些宗族因族人大量外逃，导致了宗族组织的完全解体。 《福州郭氏支谱》记载：“嘉靖戊午，倭酋内攻，伯叔兄弟先后俱迁省会，守故土者独大有公、鲁公、乾公矣。三公既殁，室庐荒废，僦人以居，板障、门窗毁拆殆尽。……因叹曰：‘事不大革，则不大兴。兄弟业迁省会，祖屋木植徒为寇资，屡生衅端，往返空费，不如革故以鼎新乎!’遂与瑞吾弟谋拆以卖木植砖瓦，共卖得银不及六两。”1691郭氏原籍福清泽朗，族人为避难而陆续迁居福州城内，原来的聚居宗族已经不复存在，因而连原籍的祖居都拆卖了。
由于倭寇之乱的冲击，沿海地区的依附式宗族受到了不同程度的削弱，而合同式宗族则相应有所发展。万历元年，仙游县钱江朱氏的《重兴家庙序》中记云：“(元)至治二年，文一公起盖祠宇三座，以为后人崇报之所，又虑享祀之无资，后人或衰于爱敬也，而有田、园、山、海之遗。……至本朝嘉靖末，倭夷蠢起，闽粤鼎沸，肆行州里，草菅人命，积尸流血，宗社为墟，斯民曾不得聚庐而治处。迨万历元年癸酉升平，昔之父子流离者，今且生养蕃息，颇知生民之乐。斜乱离之后，居安思危，见利淡而慕义若渴。惟不有以倡之，则无从而起之也。….…于是乎，议建功之费，先以二十金为率。二十以内，不敢少也，少则不足以举事；二十以外，不敢多也，多则人心骇愕，反因以废事。如是，而众谋金同，维时盖正月十有九日也。乃议立文簿，令四房子侄兄弟凡与在出银之列者，各书名、书号，亦假此以约束人心，亦歃血定盟意也。次之以携字为准，次之以备银取字。于是协力齐心，次第成功。”L701很明显，朱氏在重建祠堂的过程中，采取了按股集资的做法，从而也就导致了合同式宗族的形成。在士绅阶层较为发达的聚居宗族中，一般仍可继续维持原有的依附式宗族，但由于人口和财物的大量损失，其社会功能也会受到影响。嘉靖四十四年，莆田县生员蔡伯寿在《追补东沙南蔡家乘后集序》中记云：
自入东沙以来，至寿十有四世矣。岁时祭享，缀之以食，派别支分，无虑三百余人。亦尝累修家乘，子姓宝藏矣。七八年间，倭夷煽乱，闽之患独莆为甚，莆之患独我东沙为甚。非惟老稚不休，丁壮且去过半，居房尽毁，又何有于家乘?间有携挟入莆城者，壬戌陷城，尽付劫火。……癸亥冬，逋播入仙，仙城又被倭围，除夕方解。甲子春王正月几望，寿方出城，是年岁事该寿支荷，竟以废祭。春夏，倭乱稍歇，秋冬之交始为归计。禀请族长，修葺祠宇前堂，安置我祖。次年补办岁事，聚会童冠仅百余人，离合悲欢之情殆且数倍。遍询家乘，通无一存。……又遍求房族之弟，于灭裂故纸中得一行次图。因细询老成家长，为之逐一分析，溯流而源，寻叶而根，追补一乘，以联属家众于四三年焉耳。
东沙蔡氏据说为北宋名臣蔡襄的后裔，历代都有不少名儒显宦，宗族组织历来较为严密。明前期，蔡氏曾二修祠堂，四修族谱，并多次重修历代祖墓1721,可以说是典型的依附式宗族。蔡伯寿急于重修祠堂及族谱，自然是为了维护固有的伦常秩序。然而，这一时期的蔡氏族人，对伯寿所为却颇不以为然。万历三年，伯寿乃兄公怿以学政致仕归来，在谱序中记云：“抑弟留心祖宗，不止修乘已也。祠宇倾圮，神灵无托，弟倡议重建。先以积租，继以营运。十几年来，屡蒙诎笑，不馁不阻。……今日庙貌改观，虽家长主之，其绸缪经理，皆弟之力也。”L?31这一依附式宗族的恢复和重建，不仅得力于蔡伯寿的惨淡经营，实际上也依赖于公共族产的支持。朱维幹先生曾经指出，在嘉靖倭寇之乱中，士绅阶层懦弱无用，闻警辄逃，弃桑梓于不顾，结果反而罹祸最惨。兴化府城沦陷后，遇害的士绅多达400余人，其中共有进士19人，举人53人，庠士356人。L741因此，在倭寇之乱后，以士绅为首的依附式宗族势必大为削弱。
嘉靖倭寇之乱的另一社会后果，是促使族人筑堡自卫，从而强化了聚居宗族的军事防卫功能。明万历年间，漳浦县缙绅林偕春在《兵防总论》中记云：“方倭奴至时，挟浙直之余威，恣焚戮之茶毒。于时村落楼寨望风委弃，而埔尾独以蓑尔之土堡，抗方张之丑虏。贼虽屯聚近郊，迭攻累日，竟不能下而去。……自是而后，民乃知城堡之足恃，凡数十家聚为一堡，砦垒相望，雉蝶相连。每一警报，辄鼓铎喧闻，刁斗不绝。贼虽拥数万众，屡过其地，竟不敢仰一堡而攻，则土堡足恃之明效也。”L751这种用于军事防卫的城堡，明中叶以前已经出现，但大多设于偏远地区，其主要功能是防御土匪。正德十二年，漳州知府吴仕典《新建云霄土城碑记》中说：“近数十年来，无赖负幽，啸聚村落，荒草断烟，天阴鬼啾，为政者患之。故民居鳞集之去郡邑远者，辄名状闻于官，自设城堑为捍御。”1761可见，当时设城堡要经过官府批准，为数不可能很多。嘉靖后期，由于倭患日益严重，城堡之设遍及于沿海各地。顾炎武在《天下郡国利病书》中记云：“漳属土堡，旧时尚少。嘉靖辛酉以来，民间围筑土城、土楼日众，沿海地方尤多。”L77在泉州府属地区，民间私设的城堡大多称“寨”。如云：“泉郡东南濒海，接迹岛夷，晋、南、同、惠诸邑筑寨，皆为备倭。…….嘉靖季年，倭寇充斥，村落之民多以寨坚人强得免。”L781在闽东地区，筑堡之风也颇为盛行。清乾隆《福宁府志》记云：“嘉靖乙卯，倭自浙入闽，**遍州境。……于是南若沙蛤、竹屿、南屏，西若厚首、清皓，东若七都、三沙，北若柘洋之西林，凡沿海奥区，竞起而兴城堡者，无虑二十处。”1791至明嘉靖三十八年，倭寇围攻柘洋堡不下，拔寨远遁，“而沿海五十七堡亦次第创筑”80l。值得注意的是，在筑堡抗倭的同时，逐渐形成了民间自卫武装。林偕春在《兵防总论》中说，“坚持不拔之计，在筑土堡，在练乡兵”,可见二者是相辅相成的。乡兵以土堡为依托，是民间自发组织的乡族武装。漳浦县埔尾、洋下等地筑堡之后，“遂鸠族人习学技击，教一为十，教十为百。……每遇贼至，提兵一呼，援旗授甲，云合响应”181。同安县后埔等地，在筑堡之前即已练兵自卫，嘉靖三十九年有倭寇之警，“旬月之间，筑寨百三座，结社百六十，守望相助”1821。在有些地区，乡兵成为官府倚赖的主要防卫力量。同安知县谭维鼎曾亲率乡兵迎战攻城的倭寇，擒获倭酋阿士机等，迫使倭众撤围而去。1831长泰县高安堡有乡兵千余人，不仅用于本地自卫，还多次驰援安溪、龙溪等县，所战皆捷。[841乾隆《长泰县志》论曰：
自倭奴得志于内地也，当事者召集客兵，蚁聚蚕食，见贼奔溃，且剽掠为患。独高安乡兵，团结自守，不烦馈饷，所至辄破敌，屹然为全漳保障。……故特表之，以见召募官健之不如土著也![851
乡兵在抗倭中的作用，无疑是不可低估的。但应当指出，这种乡族武装的发展，往往引起乡族械斗，激化了当地的社会矛盾。海澄县《苏氏族谱》记载：“嘉靖辛酉，乡不轨之徒乘夷乱聚党，以攻苏氏之堡，杀岳伦、岳镇等九十余命，遂火其居而剽其资，毁其宗庙而耕种其田亩，五百年(族居)一旦变为丘墟。时贼方獗，士奋诉父仇，竟以激乱屈死于械。自是冒死复仇，自相接踵，而卒莫能白也。”[861这里的所谓“乡不轨之徒”,显然是当地的乡族武装，而官府以“激乱”治苏氏之罪，可见这一事件具有械斗的性质。笔者认为，清代盛行于闽南沿海地区的乡族械斗，很可能即滥觞于此。在南安县，乡兵曾被用于镇压当地的农民暴乱，这实际上也是乡族矛盾的一种表现形式。据《泉南芙蓉李氏族谱》记载：“己未年， (倭)入吾泉境，延蔓庚申、辛酉、壬戌，城外人家丘墟，瘟疫继作，十家九绝，南安、永春、安溪始筑城。……先庚申年，永春吕庠四、本县人褚铎、林耿亦作乱，挟钼樱棘矜以干城。时守巡闻锡名实而赐以红旗，督乡兵八百余人，独当一阵助战，获褚铎弟党十余人，旋而巨魁亦歼灭。”87l所谓吕庠四(或称尚四)等“作乱”,实际上只是一次乡村饥民的骚乱事件，其骨干分子中据说也有“诸里正”88l。因此，李氏率乡兵镇压此次骚乱，可以视为不同乡族集团之间的矛盾冲突。
在倭寇之乱平息以后，福建沿海各地的乡族武装仍继续存在，有些地区甚至有所发展。诏安县梅岭一带，据说原来是海盗的老巢，嘉靖末年接受招抚，其余党遂演变为乡族武装，而长期与云霄一带的乡兵对峙。林偕春在《兵防总论》中记云：“剧贼屯梅岭，藉招抚之名，邀冠带之宠。上愚官府，下聚徒党，迫胁居民，目无南诏，至猖獗矣。然每虑云霄乡兵之袭其后，累下战书，佯求一斗。我不为动，而彼亦不敢逾径心而窥。虽数驰渠帅于道路，攘人黍肉，系人鞍镫，一望云霄，辄垂首屏迹而过，不敢少恣。……则乡兵足恃之明验也。”[891这种长期的军事对峙局面，强化了乡族组织的内聚力，助长了好勇斗狠的社会习气。因此，明末以降，这一地区的械斗之风特别盛行，大族欺凌小族的现象也特别严重。
明嘉靖以后的近百年中，福建沿海地区的社会环境相对稳定，宗族组织得到了恢复和发展。然而，清初的战乱及迁界之变，又使沿海地区的聚居宗族再次受到了全面的冲击。清人余 在《莆变纪事》中，对明清之际当地的宗族兴衰有如下概述：
吾邑束于山、旷于洋而纵于海。山或数里一村，村不过数家而已也；洋则连聚环落，星罗棋布，大或数百家，小亦数百人；其滨解者称是。……一姓或二三千丁，一村或一二千人。自倭寇扰乱十年，生齿损耗。嘉靖壬戌至崇祯甲申一百余年(实为82年),休养生息。他不可知，即如霞林是吾母外家，吾常游其处，一年报新生子多至数十人。一姓如是，他姓可知；一乡如是，他乡可知。故吾乡生聚之盛，未有过于崇祯时也。国变以后……官兵一出，或对阵，或洗寨，乡村鸡犬为之一空。计此时人民之死者已一半矣。壬寅之秋，截界令下，沿海孑遗，逃亡流窜，遍野哀鸿，不可收拾。加之甲辰、乙巳水旱为灾，百役并至，界内之民死于力役，死于饥饿，死于征输，至有巷无居人、路无行迹者。
以上所述，虽然只是就莆田平原而言，实际上也适用于福建沿海其他地区。尤其是康熙初期实行的迁界政策，更是导致了沿海聚居宗族的全面解体。