任何事物都有自己的内在结构。社会结构就是社会诸要素之间的关联方式。作为一种关联方式和联系网络，社会结构的基本内容就是人与人之间的社会关系。在对社会的分析中，马克思从社会的表层结构深入基础，从基础结构发现人与物和人与人的两种关系，从而揭示出社会的深层结构以及转换结构，然后又把认识倒过来，从社会的深层结构出发揭示表层结构，从而创立了其独特的社会有机体结构分析法。
社会有机体的运动是由其深层结构所规定的。社会的深层结构是指社会工艺结构，即“社会人的生产器官”。“达尔文注意到自然工艺史，即注意到在动植物的生活中作为生产资料的动植物器官是怎样形成的。社会人的生产器官的形成史，即每一个特殊社会组织的物质基础的形成史，难道不值得同样注意吗？”[10]在马克思看来，自然工艺学研究动植物器官的形成，而作为关于“社会人的生产器官”的社会工艺学能够揭示“人对自然的活动方式，人的物质生活的生产过程，从而揭示出社会关系以及由此产生的精神观念的起源”[11]。社会工艺学方法就是以“社会人的生产器官”的分析，即以生产工具的分析为出发点的。
马克思把生产工具划分为“自然产生的工具”和“文明创造的工具”两大类，同时又把“文明创造的工具”区分为三种：一是“人的机体的工具”，它决定着手工制造业的活动方式；二是机器——“工具机的工具”，它决定着大工业的活动方式；三是有自动发动机的机器系统，这是现代化大工业的活动方式。在马克思看来，生产工具不仅决定着生产方式，而且从根本上决定着社会关系。“手推磨产生的是封建主的社会，蒸汽磨产生的是工业资本家的社会。”[12]这就是说，在不同的时代，新的生产器官在不同层次上滋生出来，由此形成了新的生产方式以及新的社会关系。因此，“劳动资料不仅是人类劳动力发展的测量器，而且是劳动借以进行的社会关系的指示器”[13]。只有从“社会人的生产器官”出发才能把握社会有机体的结构。
从“社会人的生产器官”的分析，马克思又上升到经济结构的分析。所谓经济结构，就是指生产关系的总和。马克思指出：“人们在自己生活的社会生产中发生一定的、必然的、不以他们的意志为转移的关系，即同他们的物质生产力的一定发展阶段相适和的生产关系。这些生产关系的总和构成社会的经济结构。”[14]任何社会的经济结构都有二重性：一方面体现着人与物的关系，即以一定的形式把生产力中人与物的要素结合起来，另一方面又体现着人与人的关系，并构成人与人之间的“基本的原始的关系”；一方面被社会的生产力所决定，另一方面又直接决定着社会的政治结构、观念结构，构成社会的“现实基础”。在这个意义上，可以把经济结构称为中介结构。中介结构既然联系着不同的方面，因而也就可以使一种关系转换到另一种关系。从这种意义上说，中介结构又是转换结构。社会的政治结构和观念结构之所以被称作表层结构，乃是因为它们由深层结构通过转换、中介过程而生成的。转换结构的秘密内含于所有制关系之中：所有制关系既是人与物之间的关系，又体现着人与人之间的关系，从而把人与自然的关系转换为人与人的社会关系。
马克思社会有机体的分析便是这样：由社会的深层结构——“社会人的生产器官”经过中介、转换，一步一步上升到充满各种幻想、理想甚至“天国形式”的政治结构和观念结构。在马克思看来，“这种方法是唯一的唯物主义的方法，因而也是唯一科学的方法”[15]。
在马克思社会有机体的结构分析中，贯彻着同构分析法。所谓同构性，是指社会诸结构之间映现着某种共性，存在着整体性，不同的结构可以相互映现、相互转换，诸结构在功能上相互补充、相互促进。同构性分析旨在揭示社会何以成为一个有机整体。
按照马克思的观点，社会有机体诸结构的同构性是由特定的生产方式所决定的。“在一切社会形式中都有一种一定的生产决定其他一切生产的地位和影响，因而它的关系也决定其他一切关系的地位和影响。这是一种普照的光，它掩盖了一切其他色彩，改变着它们的特点。这是一种特殊的以太，它决定着它里面显露出来的一切存在的比重。”[16]这就是说，占统治地位的生产方式形成并决定着社会诸结构的特定比例和功能，并使它们之间产生一种契合性和总体性。占统治地位的生产方式是社会有机体“同构”之源。
马克思认为，世袭制、等级制的政治结构之所以能和宿命论、天命论、血统论等构成的观念结构“同构”，是因为它们同源于个体小生产方式。然而，“成为希腊人的幻想的基础、从而成为希腊[艺术]的基础的那种对自然的观点和对社会关系的观点，能够同走锭精纺机、铁道、机车和电报并存吗？”“阿基里斯能够同火药和铅弹并存吗？或者，《伊利亚特》能够同活字盘甚至印刷机并存吗？随着印刷机的出现，歌谣、传说和诗神缪斯岂不是必然要绝迹，因而史诗的必要条件岂不是要消失吗？”[17]这就是说，古希腊的自然观、社会观与走锭精纺机、机车等不能“同构”，歌谣、传说、史诗与活字盘、印刷机不能“同构”。之所以如此，是因为古希腊自然观和社会观的基础是古代生产方式，而走锭精纺机、蒸汽机车代表的是近代生产方式；歌谣、传说等是用口语传播，这种信息传播方式受到传播者声音所及范围的限制，而活字盘、印刷机形成的信息传播方式则超越了这种时空的限制，显现为一个更大的时空结构。一句话，歌谣、传说等体现的和活字盘、印刷机代表的不是同一性质的生产方式，因而不能“同构”。在社会发展中，“并存”的社会现象内在是“同构”的，或者至少有“同构”的因果链。
揭示特定社会有机体的同构性，并用这一同构性来分析社会的各种现象，这是马克思社会有机体结构分析法的精髓。有机体之所以叫有机体，乃是因为其内部诸结构之间有着同构性。抓住这一点，就抓住了历史和现实中一切社会现象的秘密。