如果说郑樵的会通思想主要是在阐发和继承司马迁的“通古今之变”的思想传统，是因为《通志》也是纪传体史书的话，那么从历史撰述内容着眼，分别对杜佑《通典》、司马光《资治通鉴》的会通旨趣做出分析和评论，则由马端临完成。马端临以《文献通考》这一巨著和他对《通典》《资治通鉴》的精辟评论，奠定了他在中国历史编纂学史上的重要地位。
《通典》面世后四百余年、《资治通鉴》面世后二百余年，元初马端临于大德十一年（1307年）撰成《文献通考》348卷，他在此书的序言中对《通典》《资治通鉴》二书，做了他那个时代的极好的比较和中肯的评论。马端临评论《资治通鉴》时这样写道：
《诗》《书》《春秋》之后，惟太史公号称良史，作为纪、传、书、表，纪、传以述理乱兴衰，八书以述典章经制，后之执笔操简牍者，卒不易其体。然自班孟坚而后，断代为史，无会通因仍之道，读者病之。至司马温公作《通鉴》，取千三百余年之事迹，十七史之纪述，萃为一书，然后学者开卷之余，古今咸在。然公之书详于理乱兴衰而略於典章经制，非公之智有所不逮也，编简浩如烟埃，著述自有体要，其势不能以两得也。
窃尝以为理乱兴衰，不相因者也，晋之得国异乎汉，隋之丧邦殊乎唐，代各有史，自足以该一代之始终，无以参稽互察为也。典章经制，实相因者也。殷因夏，周因殷，继周者之损益，百世可知，圣人盖已预言之矣。爰自秦汉以至唐宋，礼乐兵刑之制，赋敛选举之规，以至官名之更张，地理之沿革，虽其终不能以尽同，而其初亦不能以遽异。如汉之朝仪、官制，本秦规也；唐之府卫、租庸，本周制也。其变通张弛之故，非融会错综，原始要终而推寻之，固未易言也。其不相因者，犹有温公之成书，而其本相因者，顾无其书，独非后学之所宜究心乎！[18]
由上文看，马端临对“断代为史”的看法，与郑樵是一致的。他的新贡献是对历史中“相因”与“不相因”的现象做了阐述，实则也为《文献通考》之作申其大意，即“其本相因者，顾无其书，独非后学之所宜究心乎”。于是马端临对《通典》做了如下评论：
唐杜岐公始作《通典》，肇自上古，以至唐之天宝，凡历代因革之故，粲然可考……今行于世者独杜公之书耳，天宝以后盖阙焉。有如杜书纲领宏大，考订该洽，固无以议为也。然时有古今，述有详略，则夫节目之间，未为明备；而去取之际颇欠精审，不无遗憾焉。[19]
在马端临看来，司马迁《史记》在内容上包含了“理（治）乱兴衰”和“典章经制”两个方面的内容，而《通典》和《资治通鉴》正是分别继承、发展了《史记》的这两个方面的撰述内容，并分别给予很高的评价。马端临的评论，提出了历史编纂上的三个理论问题。
第一，史书体裁和史书内容的一致性。他认为，《资治通鉴》“详于理乱兴衰，而略于典章经制”，并非司马光“之智有所不逮”，而是因为“简编浩如烟埃，著述自有体要，其势不能以两得也”。这就是说，一定的史书体裁所撰述的历史内容，本有其一定的规定性。
第二，时代不同，社会生活的方方面面繁简有异，这必然影响到历史撰述内容的详略。他称赞《通典》“纲领宏大，考订该洽”，同时又指出它“节目之间，未为明备，而去取之际，颇欠精审”，这是因为“时有古今，述有详略”。他举田赋、土贡等实际的社会生活为例，说明后出之书，定当详于前出之书，实际上是揭示了史书内容随着历史的发展由略而详的规律。
第三，治乱兴衰，多由具体原因所致，它们之间是“不相因”的；而典章经制，代代沿袭，它们之间是“相因”的。在这个问题上，马端临所言与郑樵略有不同，从本质上看，治乱兴衰还是有共同之处可以探讨的；而典章制度在相因之中也必有相革之处。“相因”“不相因”不应做绝对的看待。