这个时期撰述的，而且流传至今的还有关于南北朝的三部皇朝史，此即沈约撰的《宋书》、萧子显撰的《南齐书》和魏收撰的《魏书》。《宋书》、《南齐书》记述了南朝宋、齐皇朝的史事，包含的年代约占南朝历史的半数；《魏书》记述了北朝北魏和东魏两个皇朝的史事，包含的年代约占北朝历史的四分之三。它们的著者是在范晔之后南北朝时期很有成就的史家。
沈约（441—513），字休文，南朝吴兴武康（今浙江德清县西）人，历仕宋、齐、梁三朝，史家一般称他是梁朝人。沈约出身门阀士族，时人有所谓“江东之豪，莫强周、沈”[86]的说法，足见其家族地位的显赫。沈约在宋泰始初年20多岁时开始撰《晋书》，至齐永明六年（488）得120卷[87]，自称“条流虽举，而采掇未周”[88]。齐建元四年奉诏撰国史，为《齐纪》20卷。梁天监年间，撰《高祖纪》（《梁武纪》）14卷。沈约一生，于晋、宋、齐、梁四朝史均有撰述，所存者仅《宋书》。
沈约奉诏撰《宋书》，是在齐永明五年（487）春天，次年二月即表上《宋书》纪、传70卷。所记起于东晋安帝义熙之初，终于宋顺帝升明三年（479），包括东晋末年及刘宋一代史事。这是沈约撰述《宋书》的第一阶段。这一阶段成书之快，主要是编辑前人的撰述成果。早在宋文帝时，天文学家何承天以著作郎身份撰国史，起草了纪、传和《天文》、《律历》等志，人物列传则写到宋武帝时期的一些功臣。其后，又有山谦之、苏宝生相继撰述。宋孝武帝大明六年（462），徐爰续作宋史，在前人撰述的基础上，写成国史65卷，上起东晋末年，下讫大明时期。沈约对于《宋书》纪、传的撰述，一是补叙了宋前废帝永光以后十余年史事，二是确定了“立传之方”，对晋宋之际的人物列传有所取舍。沈约撰述《宋书》的第二个阶段，是写成八志30卷。他在《自序》中只是说到“所撰诸志，须成续上”。从《宋书》志避梁武帝及其父的名讳来看，它的撰成很可能是在梁武帝时期了。八志中，《天文》、《律历》、《五行》、《州郡》是在前人旧稿基础上写成；《礼》、《乐》、《符瑞》、《百官》出于沈约新撰。
《宋书》在反映时代特点方面是很突出的。第一，在列传中创立了家传的形式。以往“正史”列传，很少附记传主后人、亲属；而《宋书》改变此例，开以子孙之传附父祖之传的先声。如《宋书》卷四十二《刘穆之传》，后面就附有“长子虑之”、“虑之子邕”、“穆之中子式之”、“式之子瑀”、“穆之少子贞之”、“穆之女婿蔡祐”等人的传；卷七十七《沈庆之传》，后面附有“子文叔”、“庆之弟劭之”、“庆之兄子僧荣”、“僧荣子怀明”、“庆之从弟法系”等传。这种家传式的列传，在《宋书》里是不少的。这是魏晋南北朝时期门阀地主居于统治地位，社会风气崇尚家族史和谱系之学在历史编撰上的反映。第二，在类传中首创《孝义传》。标榜“孝行”、“孝廉”，这反映了魏晋统治者提倡“以孝治天下”的遗风犹存。《孝义传》序及后论说：“夫仁义者，合君亲之至理，实忠孝之所资”，“汉世士务治身，故忠孝成俗”，但《宋书》撇开了忠而大讲其孝，说明了它自身的矛盾。它又说：“若夫孝立闺庭，忠被史策，多发沟畎之中，非出衣簪之下。以此而言声教。不亦卿大夫之耻乎。”[89]这也透露出在门阀地主中提倡忠、孝的虚伪性。第三，创《索虏传》以记北魏及南北战争、通好、和议、互市的史事，正像《魏书·岛夷传》记南朝史事和南北关系一样。这是南北分裂的政治局面在史学上的反映。《索虏传》后论从历史、政治、军事、地理等几个方面，分析了南北局面的形成，反映了史学家对于这一重大现实问题的重视。
《宋书》的志在文字的分量上几乎占了全书的一半，而在价值上更有超出本书纪、传之处，是司马彪《续汉书》八志之后的重要著作。第一，八志中的《律历》、《礼》、《天文》、《五行》、《州郡》等志，都是从曹魏讲起，是《宋书》志的创始者何承天“以续马彪《汉志》”[90]的主旨；《乐》从秦汉讲起，《符瑞》叙自上古，《百官》通叙秦汉魏晋至宋官制沿革流变。何承天、沈约撰志中的这种接续前史、贯通古今的思想，体现了中国史学的优良传统。《宋书》志仰包曹魏、囊括两晋，弥补了陈寿《三国志》无志的缺憾和当时诸家晋史尚无定本的不足，在史学上有不可低估的成就。刘知幾《史通·断限》篇批评它失于断限，是未察撰者深意。对此，《四库全书总目提要》已持不同看法，近人余嘉锡进而指出这是“史家之良规”，“理固宜然”[91]。第二，《宋书》志之首有一篇《志序》，概述志的源流和本书各志的缘起，也反映了6世纪初中国史家对于制度史研究之重要性的一些理论认识，是一篇难得的作品。如它指出：“汉兴，接秦坑儒之后，典坟残缺，耆生硕老，常以亡逸为虑。刘歆《七略》、固之《艺文》，盖为此也。”又说：“漳、滏、郑、白之饶，沟渠沾溉之利，皆民命所祖，国以为天，《沟洫》立志，亦其宜也。”这都是很有意义的见解。第三，《宋书》诸志中有许多具有科学价值和历史价值的记载，如《律历志》详细记载了杨伟的景初历、何承天的元嘉历、祖冲之的大明历以及他与戴法兴的长篇论难，是我国历法史上的重要文献。《乐志》以乐随世改的撰述思想，叙述歌舞乐器的缘起和演变，同时汇集了汉魏晋宋的一些乐章、歌词、舞曲，具有独创风格，为前史乐志所不及。《州郡志》记载了汉魏以来区域建置的变动，尤其写出了东晋以来北方人口南迁和侨置郡县的具体情况，是一篇反映人口变动和区域变动的重要地理文献，等等。《宋书》的志都写得丰满而有序，在“正史”的志中颇具特色。
《宋书》最突出的特点，是宣扬天命、佛教、预言。它记载了诵《观音经》千遍即可免灾的故事。[92]《符瑞志》鼓吹“有受命之符，天人之应”，《天文志》、《五行志》多有此类记载。这反映了沈约的神秘主义的唯心史观。《梁书》本传记他建议萧衍行禅代之事的话：“天文人事，表革运之征，永元以来，尤为彰著。谶云‘行中水，作天子’，此又历然在记。”由此可见，神秘主义的唯心史观的主要目的，是为统治者的统治编织神圣的外衣。在这一点上，《宋书》更甚于《三国志》而愈益衬托出《后汉书》的光辉。
沈约同时代人中有不少史学家，《齐书》撰者萧子显是其中留下了著作的一位史学家。
萧子显（约489—537），字景阳，南朝南兰陵（今江苏武进西北）人，是齐高帝萧道成的孙子。他十几岁时，萧齐被萧梁所取代。梁武帝萧衍的父亲萧顺之是萧道成的族弟，萧子显是比萧衍晚一辈的人，但他们很早就分支了。但在梁朝，萧子显以自己的才华、风度和谈吐的出众，始终受到梁武帝的礼遇和信任，官至吏部尚书，后出为吴兴太守。子显善为诗赋，颇好辞藻。沈约读了他的《鸿序赋》，盛赞它是：“可谓得明道之高致，盖《幽通》之流也。”这是说他有班固之才。梁武帝读了他的诗也说“可谓才子”。但萧子显的主要成就还在于史学。他一生写了五部史书：《后汉书》100卷，《晋史草》30卷，《齐书》60卷，《普通北伐记》5卷，《贵俭传》30卷。他同沈约一样，很重视东汉以来的历史。这些著述除《齐书》外都散佚了。
萧子显撰《齐书》是得到梁武帝的同意的。据刘知幾说，他撰《齐书》是在天监年间（502—519），也就是在萧子显三十一二岁以前。后人为区别萧子显《齐书》和唐初李百药《齐书》，称前者为《南齐书》、后者为《北齐书》。萧子显撰《南齐书》，可以参考的文献资料还是不少的。早在齐明帝时，檀超和江淹奉诏修本朝史，他们制定了齐史的体例，但没有完成修撰工作。此外，还有熊襄的《齐纪》、吴均的《齐春秋》和江淹的《齐史》十志。萧子显的撰述，在体例上“本［檀］超、［江］淹之旧而小变之”[93]，在内容上兼采诸家成果，著成《南齐书》60卷。它包括帝纪8卷，除追叙萧道成在刘宋末年的政治活动外，主要记萧齐皇朝（479—502）的23年间的史事。志8篇11卷，或上承刘宋，或起自萧齐，断限明快，但内容单薄。列传40卷，改前史循吏、良吏为《良政传》，佞幸、恩幸为《幸臣传》，文苑为《文学传》，隐逸为《高逸传》；而以《魏虏传》记北魏史事，这在性质上同于《宋书·索虏传》。另有《序录》1卷，已佚。全书今存59卷。萧子显作为齐的宗室、梁的宠臣，所以他在《南齐书》中一方面要为萧道成回护，另一方面又要替萧衍掩饰。他写宋、齐之际的历史，当然不能直接写出萧道成的篡夺之事，只能闪烁其词，微露痕迹；他写齐、梁之际的历史，则用很多篇幅揭露齐主恶迹，以说明萧衍代齐的合理。这是他作为齐之子孙、梁之臣子的“苦心”，也反映出他在史学上的局限。
《南齐书》部帙不大，包含的年代又很短，竟然也撰有八志，确乎难得，这包含了江淹首创之功。其中，《礼》、《乐》、《州郡》、《百官》、《舆服》等略述萧齐一代典章制度和民俗风情，颇多参考。而《天文》、《祥瑞》、《五行》等则竭力宣扬天人感应和星占、谶语、梦寐的灵验，甚至不惜编造出崔灵运“梦天帝谓己曰：‘萧道成是我第十九子，我去年已授其天子位’”[94]这样的谎言，来证明齐之代宋实属天意。这使《南齐书》在历史观上带着浓厚的唯心主义色彩。
《南齐书》的一些列传的写法，显示了萧子显在历史表述上的才华。如：他于《褚渊传》，先写褚渊在宋明帝时受到信任，而在宋明帝临死，则写他也参与“谋废立”，违背宋明帝的旨意；于《王晏传》，先叙其与齐高帝、齐武帝的密切关系，继而写其在齐武帝死后也参与“谋废立”的事；于《萧谌传》，先说其受到齐武帝、郁林王的信赖，后写其在协助齐明帝夺取郁林王皇位的政变中竟然领兵充当前驱；于《萧坦之传》，先烘托其受到郁林王的特殊信任，以至“得入内见皇后”，后写他成了废郁林王而拥立明帝的关键人物；等等。萧子显在写这些事件和人物时，都不直接发表议论，而是通过前后史事的对比来揭示人物的品格。清代史家赵翼评论说：“此数传皆同一用意，不著一议，而其人品自见，亦良史也。”[95]但在神秘思想的笼罩之下，萧子显的史才不免给人一种苍白的印象。
萧子显和沈约在他们撰写的史书中都着力宣扬神秘思想，一方面固然有“天人感应”思想的历史影响，另一方面也跟梁武帝时佛教大盛的社会影响有直接关系。梁武帝是南朝统治者佞佛的突出代表，他广建僧寺，甚至“曾设斋会，自以身施同泰寺为奴，其朝臣三表不许，于是内外百官共敛珍宝而赎之”[96]。臣下奏表上书都称他“皇帝菩萨”。正当大江南北被僧寺香烟弥漫在神秘的迷雾之时，生活在齐、梁之际的无神论思想家范缜（约450—约510），于天监六年（507）发表了不朽的《神灭论》，向佛教经论挑战，从而震动了显贵和佛坛。梁武帝为此下诏，令大僧正法云出面邀集朝贵、宗亲及名僧64人，与范缜辩难，企图使范缜屈服。但范缜“辩摧众口，日服千人”[97]，始终没有在理论上退却，并表示决不“卖论取官”。在这场对范缜的“围剿”中，沈约先后写了《答释法云书难范缜〈神灭论〉》、《神不灭论》、《难范缜〈神灭论〉》等文[98]，申言“神本不灭，久所服膺，神灭之谈，良用骇惕”。当时萧子显未与是役，但他在28年后即大同元年（535），以酣畅的笔墨、陶醉的心情写出了《御讲摩诃般若经序》的长文，歌颂梁武帝讲经的盛况：“长筵亘陛，冠冕千群，充堂溢溜，僧侣山积，对别殿而重肩，环高廊而接坐，锥立不容，荆刺无地。承法雨之通润，悦甘露而忘归；如百川之赴巨海，类众星之仰日月。”[99]自皇太子、王侯以下，听讲的中外僧俗竟达30多万人。沈、萧的神秘思想和唯心史观，都可以从这里得到更进一步的说明。
萧子显死后17年，即梁元帝承圣三年，北齐文宣帝天保五年（554），北齐魏收撰成《魏书》。萧子显死年，魏收32岁，他们是不同皇朝的同时代人。
魏收（505—572），字伯起，小字佛助，下曲阳（今河北晋州西）人，历仕北魏、东魏、北齐三朝。他出使过梁朝，也接待过梁朝派到东魏的使臣徐陵。[100]他与温子升、邢子才齐誉，“世号三才”。魏收在北魏末年节闵帝普泰元年（531）就被委以“修国史”的重任，这时他才26岁。东魏时，他担任过一些重要官职，但始终兼任史职。北齐天保二年（551），他正式受命撰述魏史，这距他开始接触有关魏史的工作已有20年的历史了。文宣帝高洋对他说：“好直笔，我终不作魏太武诛史官。”[101]高洋这个人在历史上似无多少可称道处，但他能说出这样的话，亦属难得。高洋之父高欢当年左右东魏朝政时，也对魏收说过：“我后世身名在卿手，勿谓我不知。”这说明高欢、高洋父子看重历史撰述，也说明魏收在他们心目中的分量。
魏收撰《魏书》，可以直接继承、借鉴的文献主要是：北魏初年邓渊所撰《代记》十余卷（太祖拓跋珪时）；崔浩编年体《国书》（一称《国记》，太武帝拓跋焘时）；李彪改编年体为纪、表、志、传综合体国史，未成书（孝文帝时）；邢峦、崔鸿、王遵业等撰孝文帝以下三朝起居注（宣武帝、孝明帝时）；元晖业撰的《辨宗室录》30卷（北魏末年）；其余就是当时还能见到的有关谱牒、家传等。魏收与房延祐、辛元植、刁柔、裴昂之、高孝幹等“博总斟酌”，历时三年余，撰成《魏书》131卷：帝纪14卷、列传96卷，于天保五年（554）三月表上；十志20卷，例目1卷，于同年十一月表上。例目已佚，今存130卷。参与撰写十志的除魏收外，还有辛元植、刁柔、高孝幹、綦母怀文。魏收在表上十志时指出：“其史三十五例，二十五序，九十四论，前后二表一启焉。”例目已佚，其史例亦不可知。25序，俱存，见于《皇后传》、诸类传及十志。94论，今存93论[102]，以《尔朱荣传》后论文字最多。二表皆佚，今仅存《前上十志启》，编于诸志之首。上述例、序、论、表、启，“皆独出于收”[103]。
《魏书》最重要的成就，在于它是我国封建社会历代“正史”中第一部以少数民族上层集团为统治者的封建王朝史。十六国时期，曾经出现了许多记述北方各个割据皇朝史事的专书，但不论是皇朝本身的规模还是有关历史撰述的规模，都无法与北魏及《魏书》相比拟。《魏书》记述了我国北方鲜卑族拓跋部从4世纪后期至6世纪中期（即北魏道武帝至东魏孝静帝）的历史，内容包括它的发展兴盛、统一北方、走向封建化和门阀化的过程，以及北魏早期与东晋的关系和北魏、东魏与南朝宋、齐、梁三朝的关系的发展。这使它在“正史”中具有非常明显的特色。从中国历史发展来看，《魏书》不仅是西晋末年以来我国北方各少数民族历史进程的生动记录，而且是这个时期我国民族融合新发展的历史总结。
《魏书》在编撰上是经过精心设计的。如以《序纪》追叙拓跋氏的远祖上至20余代的史事，虽未可尽信，但大致阐述了拓跋氏的历史渊源。如它称东晋皇朝的“僭”，是说明北魏是正统皇朝；称宋、齐、梁为“岛夷”，是说明北魏是中原先进文化的继承者。前者是从政治上着眼的，后者是从文化传统上考虑的，二者有不同的含义。还有，它在诸志中或追叙两汉魏晋沿革，或引两汉魏晋制度为依据，也是为了表明北魏在典章制度上与先前这些皇朝的连贯性，等等。《魏书》在反映南北朝时期的历史特点方面也很突出：它的列传具有比《宋书》更为突出的家传色彩，有的传竟列举五六十人之多。新增《官氏志》和《释老志》，前者首叙官制、后叙姓族，是反映北魏统治封建化、门阀化的重要文献；后者主要叙述了佛教在中国传播的过程，详细记载了它在北魏的兴衰史。重姓族，崇佛教，这是当时南北朝共同的社会风尚和历史特点。魏收在《前上十志启》中说，这两篇志是“魏代之急”、“当今之重”，说明他在反映这种风尚和特点方面的自觉性。
魏收在历史观上有同沈约、萧子显相似之处。《魏书·序纪》记拓跋氏先人诘汾与“天女”相媾而得子，是为“神元皇帝”。其后论又说：“帝王之兴也，必有积德累功博利，道协幽显，方契神祇之心。”《太祖纪》又载，献明贺皇后“梦日出室内，寤而见光自牖属天，歘然有感”，孕而生太祖道武皇帝，并把此事同“明年有榆生于埋胞之坎，后遂成林”相比附以示祥瑞。这是以神话传说和自然现象来编织“天命”的理论。《释老志》固然是一篇很有价值的历史文献，但也宣扬了非佛致祸和道家预言的灵验。这些都是《魏书》中的消极因素。
《魏书》撰成后，曾经在北齐统治集团中引起激烈的争论。有人说它“可谓博物宏才，有大功于魏室”，“此谓不刊之书，传之万古”。也有人说它“遗其家世职位”，或是“其家不见记载”，甚至还有人说它记事“妄有非毁”，是一部“秽史”。[104]北齐皇帝高洋、高演、高湛都相继过问此事，十几年中魏收两次奉命修改《魏书》，所改仅限于个别门阀人物的先世。足见这场纷争，不过是因《魏书》宣扬门阀而又未尽如门阀之意而引起的，以此把它诬为“秽史”，是没有道理的。唐初以后，又有人说《魏书》“党齐毁魏”，记东魏、北齐间史事存在曲笔，用以加重“秽史”的口实。这就过分夸大了《魏书》的曲笔，是不足取的。事实上，唐初史学家们在讨论修撰前朝史时，已承认了《魏书》的“正史”地位，说它“已为详备”。李延寿在《北史·魏收传》后论中，一方面批评了魏收对《魏书》纠纷在人事上处置的失当；另一方面又充分肯定了《魏书》的历史地位，说它“追踪班、马，婉而有则，繁而不芜，持论序言，钩深致远”。隋唐时期，重撰元魏史者甚多，但千载而下，诸家尽亡而《魏书》独存，说明它确是一部有价值的皇朝史。