综合高中作为实施综合化中等教育的场所，要实现普通教育、职业教育与升学教育的高度综合统一，首先就表现在课程设置的综合化上。在现实操作中，综合高中教育的课程体系多是“拼盘式”的简单叠加，即综合高中教育=升学预备教育+就业预备教育，相应地设置两类课程，两类课程缺乏有效整合，学生要学习的课程门类增多，学业负担重，学习成效差。职业高中的优势特色不明显，导致综合高中的学生在文化素养上不如普通高中的学生，在专业技能训练上又不及职业高中的学生，缺乏就业能力。到2009年，经济发达地区的由职业高中演变而成的综合高中，基本上处于全面停办或锐减状态。
我国综合高中所采用的常见的课程设置与课程管理模式主要有以下四种[6]。
第一种，“直接分流”模式，即普高班与职高班从高一开始分流，虽是综合高中的办学模式，但相当于一校两制，两类学生和两类课程基本没有交叉融合。
第二种，“2+1”模式，即前两年以实施普通高中教育为主，适当增开职业教育和职业指导课程，按普通高中计划授完高中课程后参加全省高中会考，待高二会考结束后实行两类教育的分流。不同类型的学生分别按普高、职高的培养目标及其相应要求，实施不同的教学方案。这是我国综合高中的主要模式。
第三种，“1+2”模式，即在高中入学后第一年按普通高中培养方案进行，并适当进行职业思想的指引，待到高二根据学生的需要与意愿分流，分别实施对口高考授课与职业教育。
第四种，“普职分段相加”模式，其中有“2+2”“3+1”“2.5+1.5”“2.5+0.5+1.0”“2.5+2”等多种形式，学生高中会考合格后，进行一定年限的职业技术教育，获得相应的证书与文凭。
办综合高中还有必要吗？2007年，《上海教育》发表题名《办综合高中还有必要吗》的评论文章。文章作者认为，综合高中具有“普职渗透”，人才培养多样化的特点，综合高中本应有很大的发展空间，但与办学初衷的背离使其遭遇了严峻挑战，即将实行的高中学业水平考试，对综合高中提出了更高的要求。[7]早在2001年，也就是上海正式试点综合高中的第三年，上海市教育科学院职业技术教育研究所对上海中职试办综合高中进行了调查。调查显示，当时中职学校在试办综合高中过程中主要存在三个问题。[8]
一是对综合高中的概念理解存在误区。大家普遍认为综合高中是“普教+职教”，培养目标主要是“升学”。学校在招生宣传上迎合社会“高中热”的趋势，突出“高中”字眼，进而引起人们产生“综合高中即为中职学校内的‘普高’”的误解。
二是培养目标和课程设置缺乏科学性。调查结果显示，当时超过50%的试点学校把培养目标定位为“双学历文凭”，25%的学校则是“单文凭，以升学为主”。而其课程设置基本上都是“普通高中课程+职业高中课程”，且以普通高中目标为主要教学目标。三年姓“普”一年姓“职”的模式，等于让学生在承担普通高中课程的基础上又承担了职业课程的学习，而学生仅靠最后一年强化职业教育获得的中职文凭，其含金量又无法和正常的中职学生相比。
三是受师资水平不高和实验设备短缺的影响，教育教学质量难以提高。由于多数学校缺乏合格的高中课程的教师和理化实验条件，因此造成很多高中课程中必需的实验课程无法进行，使正常教学受阻，教学质量难以得到保证。
由上海市职业高中演化而成的综合高中存在的这些问题，正是以“升学”为导向的综合高中的先天缺陷，这具有一定的普遍性。由于此类问题没有得到及时解决，因此直接导致一批学校难以为继，最终退出综合高中的行列。
综合高中十年的发展期，正是普通高中蓬勃发展的十年，当时教育部决定在2000年以前分期分批建设并评估验收1 000所左右示范性普通高级中学（以下简称“示范性高中”）。2000年之后，各省市的“示范性高中”建设与评估工作不断深化，使普通高中的办学条件和办学水平得到了很大的提升。随着教育资源不断优化，学生接受各类教育的需求基本得到满足，想升学的学生拥有了更多的通道，面对普通教育和职业教育的夹击，综合高中存在下去的价值在哪里？高中阶段应该给学生进一步选择的机会，而不是过早地分流和职业定位。这已引发了各界的深入思考。我们认为，综合高中的价值可能在于回归综合高中的教育本质，构建适合综合高中培养目标的课程体系，在普通教育和职业教育之间寻求第三条道路，实现普职融通，合理分流，促进学生多元发展与个性发展。