（一）认识上不到位、不准确
“综合高中”发展缓慢的原因首先是理论研究滞后、政策导向模糊，以及缺乏准确的价值定位。人们常用普职高中来替代综合高中，甚至有不少的人认为，综合高中办学的目的就是为了解决“生源荒”的问题，在高一高二进行普通教育，高三对一部分升学无望的学生进行职业教育，使他们获得一技之长。而大多数研究者和实践者还停留在对综合高中的表象认识上，将普通教育与职业教育的简单相加看作是综合高中的本质之所在，并没有从根本上搞清综合高中的综合究竟是什么？衡量一所高中是否属于综合高中的基本判断标准有哪些？综合高中的创办是否需要自身的课程结构等问题。
（二）缺乏自身的课程结构
课程是学校培养目标得以落实的具体体现，也是教育教学活动实施的最主要依据。然而，遗憾的是，我国20世纪80年代以来综合高中的发展，并没有在课程上有所突破，2000年颁布的《全日制普通高级中学课程计划（试验修订稿）》和2003年颁布的《普通高中课程方案（实验）》都没有体现综合高中课程的综合性和其与普职课程融合的特点。因此，无论是江宁中学模式，还是南京行知实验中学模式以及无锡模式等，从本质上来说，只是为高三升学无望的学生进行了职业技能培训。纵观20世纪80年代以来我国综合高中的发展，主要以“拼盘式”为主，没有体现和发挥出综合高中的内在优势，这往往使综合高中的学生和普通高中的学生相比在基础知识上处于劣势，和职业学校的学生相比在专业理论上不足。专业技能训练不够，最终导致综合高中的发展陷入困境。
（三）两种学籍制度，两种管理制度的影响
两种学籍制度即普通高中学生学籍制度和中等职业学校学生学籍制度，而两种管理制度主要是指普通高中和职业高中分别隶属于不同的职能部门，采用不同的管理模式。普通高中和中等职业学校在教育部隶属于不同的司管理。在两种学籍制度下，不论是各省出台的《普通高中学生学籍管理办法》，还是国家教委于1992年颁布的《职业高级中学学生学籍管理暂行规定》，基本都限制了不同学籍学生之间相互流动的可能。在两种管理制度的影响下，基础教育部门和职业教育部门各行其职，各负其责，都是基于各自的立场来设计学校的课程和实施教育管理。虽然县域职教中心作为一种新型的办学模式，不仅强调普通教育与职业教育在课程上相互融合与渗透，也强调师资的综合性，以及在教育过程中给予学生多次选择的机会，延缓学生分化的时间等（这些显然对学生的渐进式成长有利），可是，县域职业教育中心只是一种学校类型，并没有涵盖县域内的所有高中阶段学校，高中阶段的两种学籍制度，两种管理制度模式并没有消除的迹象。
（四）缺乏经费和师资薄弱
从我国综合高中的创办类型来看，创办综合高中的学校大致可以分为两类，一类是改制学校，一类是合并学校。改制学校有两种，一种是由普通高中改制而来，这部分学校虽然在文化课方面有较大的优势，但是学校缺乏职业技能训练方面的器材和师资；另一种是由职业学校改制而来的，这类学校一般是由于严重的生源问题才试办综合高中的，一方面缺乏文化课教师，另一方面，学校的教学设施较为陈旧（合并学校在职业课程的教学仪器方面与这类改制学校相类似），很难满足现代职业技能教育的需求。像在黑龙江安达市，由职业学校改制而来的、具备一定职业训练设备的学校，要想在综合高中方面有较好的发展，仅在资金投入方面每校大约需要3000万元至5000万元。巨大的资金缺口和师资的结构性短缺仅仅依靠学校自身显然是无法解决的。尽管国家倡导发展综合高中，探索综合高中的办学模式，但是从具体的办学实践来看，除课程、学籍和师资等因素外，国家对创办综合高中还是缺乏明确的经费支持。因此，可以说，长期以来，国家只是象征性地支持综合高中的发展，而缺乏对综合高中发展的具体政策支持。
此外，尽管20世纪80年代以来我国中等教育取得了快速发展，但是高中的入学率依然不高，特别是在2007年之前，我国高中教育的毛入学率都在60%以下。中等教育的普及程度不高，在很大程度上也影响了综合高中的发展。
综观综合高中的发展历程可以看出，综合高中发展的最大障碍一方面在于认识上不到位。对于究竟要不要办综合高中在理论界和实践界都还存在争论（更不用说对综合高中的本质内涵与价值理念、综合高中的认定与评价标准等问题的深层认识了）；另一方面，从综合高中的发展过程中我们也可以看出，课程结构一直是影响综合高中发展的根本性因素（一旦课程结构确立了，就需要将之付诸实践，需要在实践的过程中配备师资队伍和教学设备，建立相应的评价机制，促进综合高中由弱小走向强大）。