我国民办教育研究仍有一些待提高之处。在研究对象和范围方面，对民办教育根本问题、世界欠发达国家私立教育和本土化的民办教育理论研究不足；在研究内容方面，研究的学理性较为欠缺，对一些重要问题仍没有达成共识，部分观点还有待商榷。
（一）对民办教育根本问题的研究不够
民办教育是我国教育系统的重要组成部分，既与公办教育相互重叠，又存在一些差异。在民办教育发展中，“培养什么样的人”“如何培养这样的人”，以及“培养这样的人需要什么样的条件”等问题，构成民办教育发展的根本问题。当前对这些问题的研究还未完全从整个教育系统分离出来，往往从教育系统的角度分析相关问题，没有结合民办教育的特殊性做单独讨论。从理论上讲，作为教育系统的组成部分，民办教育应该与整个教育系统的教育目的一致，但对于“如何培养人”和“需要什么样的条件”等问题，则应更多结合民办学校特点进行单独分析，探索更加适合民办教育的发展道路，目前对这方面的研究还比较欠缺。
（二）对世界欠发达国家私立教育研究不足
当前，理论界对世界发达国家私立教育的发展特点、发展战略、国家政策、办学模式、管理经验和教育教学等方面都进行了较为深入的分析，但对世界欠发达国家的研究相对不足，相关研究的数量、质量和深度远远不够。从民办教育发展的现实状况来看，我国民办教育正处于“将强未强”的过渡阶段，借鉴发达国家私立教育经验和理论固然重要，但欠发达国家私立教育发展也不乏创新性的举措。我国民办教育研究也应关注这些国家的办学经验，尤其是私立教育水平与我国相当的欠发达国家，其经验对于我国民办教育改革发展也极具借鉴意义。
（三）本土化民办教育理论研究不够
我国民办教育研究对国外私立教育理论和经验的研究与借鉴居多，对本土化的民办教育理论研究不足。已有对国外私立教育理论和经验的研究，往往只依据国外私立教育理论和经验对我国民办教育发展提出一些对策建议，没有就如何将国外私立教育理论和经验本土化的问题进行深入思考。随着我国民办教育不断发展壮大，理论研究不仅要有世界眼光，更要有本土意识，只有将全球化和本土化紧密融合于民办教育发展和研究的全过程，我国民办教育才能更好地在世界私立教育中取得一席之地。
（四）研究的学理性有待提高
我国民办教育研究整体理论性稍显薄弱，学理性较为欠缺。从整体上看，理论界对民办教育的探索还停留在经验介绍、特点分析、观点阐述等较为浅薄的层面，较少做更深入地理论分析。在对国外私立教育的研究上，相关研究成果多介绍国外私立教育的特点、办学经验和理论成果，少有做更进一步的理论分析；在我国民办教育发展问题方面，相关研究较多的是对民办教育办学经验或个人经验的阐述，还处于观点介绍和简单阐述层面，甚至只是工作和实践经验的总结，没有深入的理论思考。即使是民办教育专著，也多是实践经验的总结和概括，具有一定理论深度的高水平学术专著较少。
（五）对一些重要问题没有达成共识
在分类管理方面，关于民办学校的分类标准问题，营利性民办学校的法人属性和产权归属问题，如何界定营利性民办学校的合理回报，以及营利性民办学校到底应不应该享有或应享有多少国家财政支持和税收优惠等政策优待问题都在讨论之中。在民办教育发展方面，如何调整和制定出适应我国民办教育发展实际状况的政策体系，如何定位政府在不同类型民办教育发展中的责任，民办学校要如何有效提高办学质量、办学水平，以及在发展中如何建立有效的风险防控机制等问题也都在研究之中。在民办学校治理方面，民办学校如何建立现代学校制度，对外处理好民办学校与政府、社会的关系，对内处理好校长、董事会、理事会和学校内部管理机构之间的关系也是还在探讨中的重要问题。
（六）部分观点还有待商榷
民办教育研究产生的一些理论观点有待商榷。有些研究民办教育和公立教育不分，以公立教育研究相关成果来佐证和解释民办教育现象，致使结论有待商榷；有的研究者善于借助国外私立教育理论和经验来分析中国民办教育问题，未对理论和经验本土化的问题做系统分析，其对策建议的可行性有待考证；有的研究仅以一个或几个地区的一所或几所民办学校为研究对象，在调查分析之后却得出了整个民办教育的相关结论，准确性和科学性有待推敲；甚至还有研究将民办教育狭义地理解为学历教育领域的民办学校，没有考虑到民办培训机构和短期培训班等，窄化了民办教育的实质内涵，与民办教育办学实际不符。