20世纪80年代后，我国的教育实现着由外延式发展向内涵式发展、从权利平等到优质均衡的渐次转变，教育体制改革集中地表现为“教育效率优先，兼顾教育公平”的价值取向。1985年，《中共中央关于教育体制改革的决定》发布，我国基础教育领域开始了以突破原来的教育体制和教育观念，尝试增加新的变革因素和形成新观念为特征的改革探索。针对当时基础教育学校数量少、质量差、师资力量薄弱、设备严重缺乏等问题，基础教育改革首先从系统的体制改革入手。《中共中央关于教育体制改革的决定》指出：教育体制改革的根本目的是提高民族素质，多出人才，出好人才，“衡量任何学校工作的根本标准不是经济收益的多少，而是培养人才的数量和质量”。《中共中央关于教育体制改革的决定》提出下放管理权，实行“地方负责，分级管理”的原则。1993年党的十四届三中全会提出“效率优先，兼顾公平”的分配原则，也影响了教育体制改革。1993年的《中国教育改革和发展纲要》提出“综合配置、分步推进”的方针，进一步推进以下放管理权为特征的教育管理体制改革。《中国教育改革和发展纲要》提出：“改变政府包揽办学的格局，逐步建立以政府办学为主体、社会各界共同办学的体制。现阶段，基础教育应以地方政府办学为主……”并指出：“国家对社会团体和公民个人依法办学，采取积极鼓励、大力支持、正确引导、加强管理的方针。”基础教育管理权利和责任的分权分级管理体现了经济性价值取向。1997年国家教委《关于规范当前义务教育阶段办学行为的若干原则意见》进一步指出，“可依实际情况实行‘公办民助’、‘民办公助’、社区参与、举办民办学校等多种形式”举办义务教育。为扩大现有民办学校的规模，1998年的《面向21世纪教育振兴行动计划》又提出：“今后3—5年，基本形成以政府办学为主体，社会各界共同参与、公立学校和民办学校共同发展的办学体制。”1999年《中共中央国务院关于深化教育改革全面推进素质教育的决定》提出：“积极鼓励和支持社会力量以多种形式办学……凡符合国家有关法律法规的办学形式，均可大胆试验。”效率优先原则在基础教育体制改革中得以充分体现。2001年，《国务院关于基础教育改革与发展的决定》明确指出“义务教育坚持以政府办学为主，社会力量办学为补充”，从政策上重视义务教育的公共属性，注重做到教育起点公平；同时将非义务教育阶段办学放开，充分考虑实现教育效率的提高。2002年4月国务院办公厅发出的《关于完善农村义务教育管理体制的通知》将“由地方政府负责、分级管理、以县为主”的基础教育管理体制正式确立下来。国家通过上述管理体制改革，实现横向和纵向管理权的下放，以扩大地方办学自主权，盘活有限的教育资源，提高教育效率。
这一阶段，基础教育受教育过程和结果的权利和机会分配政策，体现了“选拔性”和“分层、分类、分流培养”的价值取向。1985年，《中共中央关于教育体制改革的决定》指出：我国广大青少年一般应从中学阶段开始分流，初中毕业生一部分升入普通高中，一部分接受高中阶段的职业技术教育；高中毕业生一部分升入普通大学，一部分接受高等职业技术教育。小学毕业后接受过初中阶段的职业技术教育的，可以就业，也可以升学。凡是没有升入普通高中、普通大学和职业技术学校的学生，可以经过短期职业技术培训，然后就业。这一阶段，国家对基础教育过程的分流主要通过“选拔性考试”，体现了“能力性”价值取向。国家教委1990年6月印发的《全国中学升学和考试制度改革工作会议纪要》等文件都体现了这种价值取向。“选拔性”的政策价值取向与“教育性”和“经济性”的政策价值取向一致，将教育作为国家人力资源开发的手段。
鉴于高校严进宽出、效率低下，尤其是国家教育经费总量短缺，高等教育总量无法满足全体人民需要的状况，效率就成为我国高等教育发展中首先关注的问题，在政策上主要体现为高等教育成本分担和重点高校扶持政策。1994年7月，《国务院关于〈中国教育改革和发展纲要〉的实施意见》决定：逐步废除“双轨制”，实行高校招生“并轨”。1996年12月，国家计委、国家教委、财政部联合颁布了《高等学校收费管理暂行办法》，规定高校收取的学费最高不得超过生均教育培养成本的25%，并对培养成本的核算范围和学费减免范围做了规定，高校收费制度正式确立。高等教育成本分担，通过扩大高等教育入学机会，部分实现了教育公平，加速了我国高等教育向大众化迈进的进程。但同时，高等教育成本分担和高校扩招政策由于没有经过科学、周密的政策评估，缺乏相应的配套政策做保障，引发了不少社会问题，突出表现为大学生就业问题和高校贫困生问题。[7]
在追求教育效率的同时，国家也通过政策，加大对教育的投入，以促进教育公平。1985年，《中共中央关于教育体制改革的决定》指出：“多渠道筹措教育经费。”为了保障基础教育经费投入，该决定首次提出了教育经费的“两个增长”，即“中央和地方政府教育拨款的增长要高于财政经常性收入的增长，并使按在校学生人数平均的教育费用逐步增长”。1988年3月，国家教委、财政部颁布《关于加强普通教育经费管理的若干规定》，1990年6月，国务院发布《关于修改〈征收教育费附加的暂行规定〉的决定》，这些文件为确保教育经费的投入提供了政策性保障。1993年出台的《中国教育改革和发展纲要》进一步强化了向基础教育倾斜的政策。文件指出，增加教育投资是落实教育战略地位的根本措施，各级政府、社会各方面和个人都要努力增加教育投入，确保教育事业优先发展。要逐步建立以国家财政拨款为主，辅之以征收用于教育的税费、收取非义务教育阶段学生学杂费、校办产业收入、社会捐资和设立教育基金等多种渠道筹措教育经费的体制。从教育经费筹措上体现国家对义务教育的充分保证和对非义务教育的放开，实现教育效率优先。《中国教育改革和发展纲要》还指出，逐步提高国家财政性教育经费支出占国民生产总值的比例，在20世纪末达到4%。在贯彻落实《中共中央关于教育体制改革的决定》所规定的教育经费“两个增长”的基础上，《中国教育改革和发展纲要》又提出“切实保证教师工资和生均公用经费逐年有所增长”，以及“提高各级财政支出中教育经费所占比例”的要求，明确乡（镇）财政收入主要用于发展教育，后来在《教育法》中明确为教育经费的“三个增长”。《中国教育改革和发展纲要》还提出城乡教育费附加主要用于普及九年义务教育的要求。针对基础教育发展不均衡的状况，在1995—2000年的六年时间里，通过“国家贫困地区义务教育工程”，中央财政投入39亿元，加上地方财政配套资金87亿元，用于改善贫困地区的义务教育办学条件。[8]2001年，《国务院关于基础教育改革与发展的决定》进一步强调“基础教育在社会主义现代化建设中的战略地位，坚持基础教育优先发展的战略思想”。基础教育的重要地位得到充分肯定，并以法律保障教育起点公平，以政策促进教育过程公平。在基础教育入学率提高的情况下，我国政府为缩小基础教育的区域差距、实现教育公平采取了很多措施，比如，基础教育中农村初中普职分流政策、“三教结合”政策、“绿色证书”政策、农村教师政策、农村义务教育经费投入政策、农村学校布局调整政策，以及对义务教育“两免一补”“财政转移支付”等政策。
国家在保障教育公平的同时，积极推进素质教育。1993年的《中国教育改革和发展纲要》第一次明确提出“中小学要由‘应试教育’转向全面提高国民素质的轨道，面向全体学生，全面提高学生的思想道德、文化科技、劳动技能和身体心理素质，促进学生生动活泼地发展”。以政策的规定扭转对“应试教育”的片面追求，基础教育开始从关注外在社会需求向关注人自身发展转变。1997年《关于目前积极推进中小学实施素质教育的若干意见》和1999年《中共中央国务院关于深化教育改革全面推进素质教育的决定》两个专门关于素质教育的文件出台。2001年，《国务院关于基础教育改革与发展的决定》鼓励“各地要建设一批实施素质教育的示范性普通高中”。这些文件对素质教育的界定、落实均提供了政策上的保障，加强了地方教育行政部门推进素质教育的力度，旨在通过实施素质教育实现教育结果的公平。[9]
这一阶段的教育公平主要强**育机会平等及教育条件的平等，即起点与过程公平，并在一定条件下重视教育结果的公平。“效率优先，兼顾公平”存在这样一种逻辑假设：在资源既定的情况下，照顾公平就必然要把资源平均分配，进而牺牲把资源投入优势群体或组织以实现更高效率的机会。然而，优势群体和组织毕竟在数量上是不占优势的。若鉴于资源有限而放弃公平，把少数群体或组织的效率建立在牺牲大多数群体或组织的效率基础之上，那么以牺牲公平为代价的效率，严格来说，只是某种特定意义上的局部范围的效率，而不是一般意义上的整个社会的效率，进而以牺牲公平为代价之效率，其价值也难免受到质疑，是否在真正意义上实现了效率最大化，也是值得商榷的问题。[10]本阶段改革追求的“效率优先，兼顾公平”是在国力薄弱的情况下，为实现穷国办大教育目标的实事求是的举措。国家通过教育管理体制的分权和放权结合，建立多元办学主体机制，调动了地方办学积极性；通过立法，保障义务教育的实施；通过多渠道筹措教育经费机制，实现教育资金的供给；通过鼓励经济文化发达地区，先进促后进，以兼顾落后地区的教育发展。总之，以“效率优先，兼顾公平”为导向，以梯度推进和重点突破为战略，我国基本实现了“两基”目标，为后期改革奠定了坚实基础。但是，效率优先是以牺牲一定的公平为条件的，随着国家经济发展和综合国力的增强，教育资源配置不公、地区发展不平衡、教育差距扩大、教育机会不均等、教育经费落实不到位、对素质教育理解偏颇等问题凸显出来，成为人们关注和教育改革的新问题。[11]