随着“效率优先，兼顾公平”为导向的基础教育改革的不断深入，整个社会的教育不公平趋向越来越突出，主要体现在区域、城乡教育发展的失衡，阶层、校际教育差距的扩大等方面。自我国进入全面建设小康社会后，针对新情况、新任务，政府开始了“坚持教育优先发展，促进教育公平”的新一轮探索。21世纪初，效率第一的教育质量观才有所缓解，开始在教育的各个层面推动公平意义上的质量提升。随着关于教育公平和教育均衡发展（尤其是义务教育均衡发展）问题讨论的深入，以及国家相关政策、文件的相继印发，教育公平取向由起点的机会均等延伸到过程、结果的教育质量均衡。
基础教育充分吸取前段教育改革经验教训，从2003年开始走向以重建新体制、重建新教育系统的教育变革新阶段。伴随全面建设小康社会目标的提出，政府加大对落后地区、薄弱学校和弱势群体的扶持力度，缩小地方差距，积极促进基础教育均衡优质发展。为缩小城乡教育差距，推进教育公平，2003年《国务院关于进一步加强农村教育工作的决定》把农村教育作为教育工作的重中之重，与此同时，教育的区域差距也引起了国家的注意。对此，2004年3月国务院批转的教育部《2003—2007年教育振兴行动计划》提出以制度创新为特色，旨在促进教育系统内部均衡发展；提出完善小学升初中就近免试入学制度，健全助学制度和科学规范的教育经费管理制度等；提出加大对西部地区、少数民族地区等的教育支持力度，促进东、中、西部地区教育的协调发展。2005年，鉴于义务教育的城乡差距、地区差距、校际差距依然存在，并有进一步扩大的趋势，义务教育均衡发展成为备受关注的问题。对此，教育部印发《关于进一步推进义务教育均衡发展的若干意见》，全面阐述义务教育均衡发展的政策。2005年年底，国务院决定将农村义务教育纳入公共财政保障范围，深化农村义务教育经费保障机制改革，从2006年春季学期起，对西部地区农村义务教育阶段学生学杂费实行全免，对贫困家庭学生无偿提供教科书，对贫困家庭寄宿生提供生活费补助。2007年春扩大到中东部农村地区。“两免一补”政策确保不让农村学生因家庭经济困难而失学。2006年修订的《义务教育法》是教育公平的重要转折点，它以法律的形式规定了“以义务教育均衡发展为内容的教育公平”，使我国的教育公平从政策规章层面进入法律层面。其中第六条规定：“国务院和县级以上地方人民政府应当合理配置教育资源，促进义务教育均衡发展……”2007年，党的十七大报告将教育摆在民生问题的首位，明确提出“教育是民族振兴的基石，教育公平是社会公平的重要基础”；指出要实现“优先发展教育，建设人力资源强国”的目标，“就必须实现教育公平”，从而完全确立了教育公平的重中之重地位。2008年，国家规定免除城市义务教育阶段学生学杂费，将进城务工人员随迁子女接受义务教育纳入公共教育体系，免费义务教育在全国范围内推行。可见，国家通过教育法律与政策的制定和修改，充分关注和促进基础教育阶段教育公平。2009年，温家宝同志主持会议，研究部署《教育规划纲要》的制定工作时强调，要“把促进教育公平，满足人民群众不断增长的多层次、多样化的教育需求作为规划的重点，把促进人的全面发展，办人民满意的教育作为规划的落脚点”[12]。2010年颁布的《教育规划纲要》明确指出：“教育公平是社会公平的重要基础。教育公平的基本要求是保障公民依法享有受教育的权利，关键是机会公平，重点是促进义务教育均衡发展和扶持贫困群体，根本措施是合理配置教育资源，向农村地区、边远贫困地区和民族地区倾斜，加快缩小教育差距。教育公平的主要责任在政府，全社会要共同促进教育公平。”
这一时期，为了促进教育公平，政府大力推进教育的均衡发展，教育的均衡发展成为国家发展教育的目标。一方面，教育均衡发展的衡量指标由关注原有的外在的资源配置的均等性，转向了对不同学校自身的内涵、特色及消化和吸收教育资源的具体情况的关注；另一方面，教育均衡的发展方式正从外延式发展逐步走向内涵式发展，高质量的教育普及和优质均衡得到政府和理论研究者的关注。这一转变，不仅进一步证明先前“物质优先，精神附属”“公平与效率相对立”的教育公平观念存在片面性，也使内在于受教育者和学校教育之中的无形的东西得以真正凸显，并成为教育公平、教育均衡发展的最终归宿。[13]
义务教育均衡发展的法制化、薄弱学校资助制度的建立、政府间财政转移支付制度的实行等措施，是以“和谐”“科学”“可持续”为价值导向的社会发展观在教育中的反映，是和谐社会建设的必然要求。因为教育公平既是最重要的社会公平，也是社会公平的平衡器。对教育公平的认识，从实质上看，主要围绕一个核心，即如何协**育的普及与提高之间的关系。教育公平的取向已由形式层面逐渐转向实质层面，即深入教育公平的精神内核，凸显家庭经济、社会、文化资本对教育权利和教育机会的影响，明确教育机会的特定意指，确认个体差异作为衡量教育公平的重要依据。这表明教育公平取向发生了很大变化，其已从对入学机会平等的关注转向对投入公平、过程公平与结果公平的关注，而弱势群体的受教育权利和受教育机会的补偿问题也成为国家教育法律与政策制定、修改时重点考虑的一个方面。