上海被小刀会占领已经成为一个不能改变的事实，江浙漕粮由上海出运的计划无指望。户部便咨文浙抚，希望浙漕能改由乍浦或是其他海口出运。因浙江迟迟未就起运港口之事咨复，清廷急不可耐，又在十月二十八日以五百里寄谕，严令黄宗汉等人要尽快将出海口一事办妥，不得借任何军务为托词，贻误海运时机。直到此时，清廷还幻想着上海能顺利地夺回来，所以写道：“如上海即日克复，则江浙海运漕粮自可循照旧章办理。”可惜天不遂人愿。
既然上海指望不上，那么选哪里作为新的出海口呢？黄宗汉奏称，他已经派粮道周起滨、嘉兴知县杨裕深前往乍浦调查，如果该处可行，宁波商船自必乐从。可惜乍浦的运粮环境并不好，海口有铁板沙，大船难以停泊。内河窄狭，盘坝脚力需增加经费。靠近上海，稍有不慎就会造成“粮入贼口”的局面。尤其重要的是，乍浦闽广人数众多，“猝然内应，防不胜防”。为确保漕粮海运安全，“凡人力做得到者，不惜费为之”，在不得已的情况下，他考虑不惜以乍浦之南、“转运愈艰”的宁波港为出海口，但是宁波的情况的确难以担当漕运大任。浙江派员与上海船商接洽，船商们一直推脱，认为羊山以南暗礁叠出，容易搁浅，宁愿不运漕粮也不愿意以船犯险。这样一来，杭州湾以南各口已无考虑余地。
黄宗汉继续命属员探查，得知江苏宝山县蕴草浜河面深阔，沙卫各船皆泊于此；太仓州所属浏河口，本系海运故道，因泥沙淤积而改道，近年来沙淤的情况有所减轻，沙船六七百石者皆可收泊，千石以上则可用小船过载，均堪起运漕粮。黄宗汉闻讯大喜过望，于十月间飞函两江总督怡良及江苏藩司陈启迈，要求确查。经过综合考虑之后，浏河口成为了代替上海的出海口。
黄宗汉手迹
出海口总算是有了着落，但是出海口沿途的状况却是不乐观的。据奏报，浏河口内河淤浅应赶紧挑浚深通，如该处淤浅不挑，则300石以上剥船无法通行，这样会极大地影响漕运的速度。但是就在深挑河道的问题上，江苏和浙江玩起了扯皮。
浙江海运总局浏河口分局（简称“娄局”）委员杨裕深和江苏候补委员朱钧等人禀称，江苏须于四年正月十五日以前，将太仓河道深挑。浙江可先期借银1万两，分2起行走，此项拨借银两，江苏自应于经费稍敷之日，“即行移还浙省”。江苏方面认为，此案挑工原为江、浙两省剥运起见，因苏漕改折，挑河只对浙漕有利，建议浙省派大员前往该处与当地州县商议筹款事宜。显然，江苏欲乘浙江海运之际，将挑浚负担全部转嫁给浙江。浙江方面对此极为不满，双方围绕着这一问题展开了若干次交涉，最后江苏只是口头承诺，此款仍系向浙江借款兴修，只是还款遥遥无期。
挑浚工作进行的并不顺利。为了节省浙江开支，挑浚工程的费用于减半之中再行减半。不但费用少了，而且工程原定在四年正月二十日以前办竣，因雨雪突降，拖至二月初五日才得以完工。又因冒雨工作，工程高低不平，未能达标，只得再行挑浚。经过了一番折腾，疏浚问题总算是解决得差不多了。除内河淤塞外，浏河口拦沙门问题也得到了暂时的解决。
太仓和镇洋没有驿站，只有铺递，浙漕娄局设立浏河，较为偏僻。他们特雇用代马船4只，分段接递文案。为迅速完漕，所有文报须昼夜行走，而从杭嘉经苏州太仓而至浏河，“或有宵小潜踪希图抢窃，不可不预为之防”，浙江通知沿途地方，选派干役弁兵防护。浏河为交米、收米总汇，距上海不过百里，银米纷至，帆樯云集，沙船水手动以万计，运米剥船以及税行、斛手，群聚庞杂，难保无游手好闲之徒借端滋事，所以浙漕娄局强烈要求江苏也添派干员，巡查弹压。黄宗汉还特派浙勇1000名，配足大炮、抬炮、鸟枪、火箭、长罐、长枪、大刀各类武器，分作3批，驾船游巡，昼夜梭织，“如遇贼匪，即行迎剿”。如河面剥船拥挤争斗，亦派兵设法疏通，“倘有逞刁船户不遵，即行拏送该管地方官惩治”。
清代鸟枪
咸丰帝对黄宗汉进行特别褒奖：黄宗汉自简任以来，办理各路防堵，不动声色，措置裕如，督办漕粮海运亦极认真，深堪嘉尚，御书“忠勤正直”扁额相赠，并勉励他“慎终如始，以成一代之名臣”，黄宗汉自然是感激涕零。海运以雇船为第一要务，早在咸丰三年八月，黄宗汉即奏请封雇海运船只：所有宁波疍船、三不像船，应即全行封雇。上海沙船、直隶山东卫船，也一体对待。以晏端书为首的浙省局态度更为强硬，他们要求务必封雇坚固沙船三四百号，“吊照立揽”。他们还理直气壮地声称，沙船所给本优，但仍有不少沙船因两省并运，“揽载客货易于居奇，意存躲避”。本年延续上届章程，凡不运漕之船，即不准赴各海口贸易。因上海尚未收复，各县发给各船的户照，未能易换新旧，故仍以上届旧照为凭。
上海小刀会起义后，太仓形势极不稳定，浙江希望能尽快剥运兑装。不料三月初九日，黄宗汉接到上海督勇攻剿之留浙补用知府石景芬禀报，江北大营于初七日被太平军焚烧，兵勇溃散。负责押粮的周起滨也称，从初七日起，眼见逃兵无数，沿途抢掠，居民惶恐。因事情突然，原打算送往天津的15万余银两，不能前进，只得将各船折回。黄宗汉“既虑贼匪或窜苏松，复料逃兵之必抢掠浙省银米，在途至为可虑”，立即加派兵勇300余名，坐船40余只，连夜行走，直抵太仓，防护剥船银米。到十五日，接江苏咨文，上海已招雇逃兵2000余名，地方安谧。黄宗汉当即命周起滨，持令箭调令兵官防护，又飞咨苏浙各关，如遇船只立即放行。因江苏自顾不暇，调派不出更多兵勇，黄宗汉只得让把总朱朝英等带兵120多人，赴浏河驻扎，由绅士毛宜信等雇募乡勇300名，绅董王庆勋等雇船6只，招募水勇100多人，运解大炮24门，配足火药铅弹，委候补县丞黄恩诏带赴佘山以南洋面防护。其中，王庆勋所募之船为宁波大白底硬档船，每月约需西班牙银元七八百，又需大炮40尊，劈山炮12尊，抬枪4支，鸟枪24支，均由黄宗汉拨给。
经过一番折腾，兑漕终于完成了。黄宗汉表示，此年兑漕比去年迟20天，一由浏河挑挖，迟至二月初旬才完工；一由太平军击溃江北大营，耽搁十余天。虽然出海较去年稍迟，但总体情况不误。此次浏河兑运，道路及风情、人情俱费手，能办得开，已属幸事，“真是一颗米一滴臣血在内”。
天津静海、独流二处，曾为太平军北伐所困挠，清廷“逾旬未闻报捷”，黄宗汉在船只开兑放洋后，上疏以表忧虑。咸丰帝明谕：“前踞独流之贼，现已溃窜河间属境，距天津较远。”认为仍可照旧在天津验兑。此次验兑的过程较为平淡，没有可圈可点之处，倒是本年浙江海运留有一条较有创意的例子。因京仓缺米，清廷规定五年的新漕必须于四年十二月开兑，而浙江又正在替广东采买米石，在津停留时间较长。再让这些委员回浙，必至年底，办理五年新漕正月又须动身，如此反复，实属得不偿失。他们决定，将叶方堃、高履亨和高道生三人留在天津，“所有该守等薪水银两，准其酌量加给”。倘若这种变通能够坚持下去，就很有可能衍生出一个专办海运的固定职务。
咸丰四年（1854），江苏本应起运本色漕粮数十万石，但就在三年十二月漕粮开征时，恰逢扬州起义民众与前来接应的太平军会合，聚集瓜洲，欲攻镇江，“苏杭之谣，民情十分惶惑”，抗租之案层见叠出。江苏办漕官员欲按照上年部议，粳米每石1.4两折色，在津采买。户部却极力反对，提出种种理由同时要求江苏地方征本色。江苏地方也寸步不让，怡良和许乃钊也有众多托词，表示白粮起运本色已是最大限度的让步。四年四月，怡良等再次奏称，虽然上谕再次要求江苏起运本色，但自苏省戒严，土匪横行，民多迁徙，地即抛荒。长江又被截断，商贩不通，专恃本地粳米，兵勇云集，需米更多，市价倍增。兼之沿海沙船自小刀会起义后，闻风远避，仅敷装运浙漕。松太镇三属已经被兵，其余地方又不敢过分征漕，“宽则漕务废弛，猛则激成事变”，直至三月底，江苏一共才征银32万余两。户部只得同意江苏的要求。
江苏所运白粮为5万余石，因数量较少，江苏没有在天津设局，只是由候补通判朱钧等人负责。尽管只有5万石白粮任务，其兑运速度却极为缓慢，导致朝廷的不满：“若年复一年，于天庾正供大有关系。”在此形势下，清廷感受到巨大压力，特决定以河运经费作海运开销。如此一来，江苏历次节省的60万两银子全被裁去，而不需像以前的那样，强行送交朝廷。至津通用款，也经户部酌减。清廷欲通过此种手法，使能让江苏多起运本色，但愿望是美好的，实现是困难的，几年后江苏停止了漕粮海运。
作为最大征漕省份的江苏停止起运本色，导致本来就十分紧张的京仓放米更加严峻。为弥补这种亏缺，清廷命令各省采买和劝捐米石。诚然，这无非是因京通粮食存储形势危急，不得不采取的过渡性办法，如果清廷能够破釜沉舟，通过这些补救方式，彻底摆脱对苏漕、乃至南漕的依赖，倒也不失为改革漕粮体制的契机。只可惜，清廷很快就撤回到原来的轨道上，再也不肯多走一步。