卡拉扬对歌剧的喜爱与莫扎特一脉相承。维也纳时期的演出录音，涵盖莫扎特、理查·施特劳斯、瓦格纳、小施特劳斯、洪佩尔丁克等。他也经常往返意大利，所以指挥范围也包括了威尔第、罗西尼等录音。这一时期，从《汉泽与格蕾尔》、《法尔斯塔夫》到《蝴蝶夫人》，都有一种莫扎特式的精纯微妙。
21世纪，维也纳风情早已烟消云散。但每年元旦当天都经历一次短暂复活。北方人勃拉姆斯寄居维也纳时，最欣赏晚生小约翰·施特劳斯和德沃夏克。因为这两个后辈的风格是真正的奥地利味。每个乐团都有自己的口音。城市也是这样，维也纳口音是小约翰·施特劳斯的神髓。以这种维也纳口音，卡拉扬为《蝙蝠》、《玫瑰骑士》留下录音。作为克莱门斯·克劳斯的弟子，卡拉扬对维也纳风情了如指掌——一种贵族式的半真半假、拿一切不甚当真的维也纳式玩世不恭。
轻歌剧《蝙蝠》是小约翰·施特劳斯的巅峰之作，体现了他全部舞曲才华，特别是第二幕奥尔洛夫斯基府邸舞会，整场都是施特劳斯家族舞曲的歌剧版。轻松活泼，搞笑幽默，非常适合新年及任何高尚而不低俗的欢快氛围。“轻歌剧”历来被视为通俗音乐范畴，一般不会出现在大歌剧院，但《蝙蝠》是例外——非凡的艺术造诣打破了这一陈规，《蝙蝠》堂而皇之进入世界各地大歌剧院，甚至成为一百多年来许多国家一流歌剧院的保留节目。
卡拉扬知道，轻歌剧的标准就是“喜歌剧”特色。《蝙蝠》让观众席笑声不断。整部作品，没有一个坏人也没有一个没缺点的好人。平凡而善良的人们，就这样在生活中呼吸歌唱、跳舞。这是维也纳的文化符号，而卡拉扬表现得最为美妙。
这一时期，从法律上他已经同柏林爱乐结盟。但卡拉扬的重心一直不在柏林。柏林爱乐乐团甚至被说成他的“休假地”。他在维也纳国家歌剧院的辉煌是无可否认的。我们甚至可以从完全“非维也纳风格”的《汤豪舍》、《没有影子的女人》现场录音感觉他的青春热情。
1955年11月5日，维也纳歌剧院重建开张，伯姆指挥《费德里奥》后不久辞职。卡拉扬接手，直到1964年闹翻辞职，发誓再也不回维也纳指挥。卡拉扬南方时代结束。
卡拉扬与EMI签订独家录音合约后不到五年，最新的33转黑胶唱片问世，唱片公司邀请他重新灌录许多畅销曲目。这种一面可演奏30分钟的唱片，给了卡拉扬大展身手的机会。卡拉扬迅速拓展曲目尤其是歌剧剧目，不仅在德语歌剧上录下许多生平唯一录音，也进军意大利语歌剧，与斯卡拉歌剧院有良好客座关系。
从1950年开始，卡拉扬带领维也纳国家歌剧院战后首批新人班底齐弗丽德、施瓦茨科普芙等，录制《费加罗的婚礼》、《女人心》、《魔笛》。这时卡拉扬的风采，在莫扎特歌剧上表现得最为淋漓尽致。与其后来的录音相比，有一种清新风格，使人们想象青年卡拉扬在亚琛小剧场演出莫扎特歌剧的热情——没有被过度的美学追求扭曲，没有被技术和市场野心玷污。这是20世纪莫扎特歌剧演出的黄金时期——其实这也是卡拉扬的黄金时期。
这一时期《魔笛》的唯一遗憾，是基本删除德语对白。对这部“德语说话剧”的开山之作，这是无法弥补的损失。但卡拉扬避免了另外一大“魔笛憾事”，就是他坚持用三男孩演唱《魔笛》的三男童。富特文格勒在萨尔茨堡的几场《魔笛》录音，坚持保留了德语对白——德国歌剧与意大利歌剧的主要区别——而最大遗憾是以三女高音演出三男童。音高不成问题，但三童子“天籁之音”丧失殆尽。
1980年，卡拉扬新录制的《魔笛》三张唱片由DG公司出版。讽刺在于，这套唱片的最大亮点反而是第四张唱片——上面只有一首《魔笛》序曲，卡拉扬1938年单声道录音。单声道录音那么清晰，莫扎特式的清明澄澈。古旧录音，使人仿佛穿越漫长时空。1938年的卡拉扬，在EMI单声道录音中依然存在。而拥有最新的数码录音技术、装备精良的DG公司打造的，已是另一个卡拉扬，也是另一个莫扎特：精致然而虚假。
维也纳时期的录音，还要提到《阿里阿德涅在纳克索斯》。理查·施特劳斯这部歌剧，脚本由霍夫曼斯塔尔改编莫里哀《贵人迷》的戏中戏。施特劳斯较多采用自然音阶，一改其前卫倾向。明快与单纯，是理查的天性。管弦乐为36人编制，与他的最后一部歌剧《随想曲》结构极其类似。《阿里阿德涅在纳克索斯》、《随想曲》以及为32把弦乐器创作的《变形曲》，形式单纯，炉火纯青，几乎是德国古典音乐的关门之作。
这部两幕喜歌剧或许是歌剧史上最精致巧妙的作品，把18世纪上流社会一场奢华晚宴与希腊神话两台戏合为一台。这样一部歌剧离不开喜剧感。卡拉扬的表现无与伦比，在希腊神话纯净明丽的大海、夜空下，把莫里哀的喜剧风格，诠释得像一缕海风吹过打情骂俏的都市沙龙。
《玫瑰骑士》与《纽伦堡的名歌手》这两部喜歌剧的主题都是“放弃”：工匠歌手汉克斯放弃爱情，成全瓦尔特与爱娃之好；元帅夫人放弃爱情，成全她的小情人的爱情。我们知道《纽伦堡的名歌手》圆满、和谐，从始至终贯穿C大调的完满，但很少注意《玫瑰骑士》同样异常和谐的和声。《莎乐美》、《埃克特拉》的作者、先锋派祖师爷理查·施特劳斯突然止步，迄今仍被一些音乐进步论者视为“变节”。施特劳斯选择古老、迷人的和声，毅然将中年危机解决——“复古”表达了对现代欧洲的告别——直到《最后四首歌》都不曾改变——施特劳斯像元帅夫人一样，侧身举灯，为“年轻的爱”照亮道路。
只有一个未被控制欲所控制的卡拉扬，才能完整表达这一“含泪而笑”的喜剧精神。