关于这部作品，一个似是而非的说法就是：这部天主教弥撒最初创作的两部分，在路德教礼拜中同样可以使用。1733年奉献给波兰国王的就只包括这两部分（哀悼奥古斯特一世的《垂怜经》、庆贺奥古斯特二世继位的《荣耀颂》），恰好是路德派保留的弥撒曲结构。但早在两百年前，路德及其门徒、神学大师梅兰希顿就认定：包括弥撒在内的圣事，必须以母语取代拉丁语。在路德正统派大本营的萨克逊（甚至整个新教世界），使用罗马教会官方语拉丁语进行圣事，可能性极低。即使最初两部分的《B小调弥撒曲》也是罗马的—巴赫在人生最后十多年，在疾病缠身、完全失明的情况下，竭尽心力要使这部作品合乎天主教规格。秘密在于，严格拉丁形式下，有一颗炽热的日耳曼灵魂。
这部作品不同于历史上任何弥撒曲之处，就在于其强烈的新教信仰和路德主义。将这部跨17年之久的文献熔铸成一块精钢的，是路德主义。在罗马天主教的弥撒形式中的宗教改革精神，就像两百年前在路德和巴赫故乡埃森纳赫的伟大运动一样，白炽火蓝，势如破竹。
从1740年开始，巴赫再次对《B小调弥撒》进行基于早期作品的再创作：第三部分《圣哉经》创作日期在1724年左右，巴赫刚到莱比锡任职。《尼西亚信经》第二部分与“和散那”、《降福经》、《羔羊经》混和式的第四部分，来自巴赫不同时期的德语宗教康塔塔。巴赫专家弗雷德里希·西蒙认为，《B小调弥撒》是包含四个独立作品的“综合体”。但这是巴赫式综合体，各部分神学思想高度统一、音乐技术焊接无隙，每一部分都在B小调和D大调上展开，和声统一。“我们向您感恩”动机在作品最后“赐我们以和平”再现，构建出一个音乐大厦。作品的一体性还体现于不同乐段间的主题关联性、各乐段间强烈对比，声音器乐化、器乐声乐化互相推动。这部恢宏作品包括了巴赫全部作曲技巧和神学思考，当时所有乐器都各展其长。精致的帕萨卡里亚舞曲、复杂的对位法、意大利协奏曲、拿波里爱情重唱等，艺术性的咏叹调和华丽庄严的管弦乐，配置均衡，不仅将不同乐段连接成为一个统一、丰富、协和的整体，堪称献给宗教改革先导马丁·路德的最高礼赞，完美实践了马丁·路德“音乐即神学”思想。
路德对巴赫影响至深。这种影响的决定性，首先来自于路德的音乐实践而不是说教。在掀翻大一统中世纪教会的改革中，路德以迄今无人能比的德语感受力，创作了《上主是我坚固堡垒》等圣诗并亲自谱曲。自路德以来，德国各地设立教堂合唱队的制度，世代延续，形成德国尤其是德国中部、北部特有的音乐传统，对德国复调合唱、康塔塔和管风琴音乐发展有重大作用。图林根地区是路德的故乡和宗教改革核心地区。这里，中世纪天主教会、德意志神秘主义、宗教改革、斯拉夫文化、反宗教改革的巴洛克精神你中有我、我中有你。路德那种发自内心的信仰和顽强的斗争性，成为巴赫安身立命的生存基础。
巴赫是路德音乐教育思想的完美产物。路德认为，音乐有着精神作用和教育作用，新教地区的学校都应该开设音乐课，每个孩子（包括贫民的孩子）都应接受正规的音乐教育；不懂音乐的人不配为人师表；音乐教育应该成为道德教育的重要组成部分。
在埃森纳赫拉丁中学初级班，巴赫接受了坚定的路德主义神学教育。巴赫用拉丁文和德文背诵了《旧约》的诗篇、先知书，《新约》使徒书信等。在奥尔的如夫文科中学的六、七年级，在吕纳堡拉丁文中学的八、九年级，成绩优异的巴赫通过《洪特尔概论》这本路德教经典教科书，掌握了路德主义。此后巴赫不断勤奋学习路德的神学体系和论辩，悉心研究了20多部路德专著、50多本路德派教义争论和宗教实用书籍。巴赫幼年形成的质朴信仰，为他的坚强意志打下了钢铁根基。巴赫与贝多芬、莫扎特不一样，我们可以说，路德主义与巴赫家族的音乐传统相结合，是巴赫作品艺术精湛、信仰炙烈的秘密所在。“德意志大力士”路德的斗争精神，“遇强愈强”的勇敢好胜，使巴赫对遇见的所有对手都从不退让—被魏玛公爵关进大牢三个月从不服软。所以，在古往今来所有弥撒曲中，没有任何一部像《B小调弥撒曲》这样，坚定的信念中飞扬着无限的喜悦，在狂喜的边缘保持着宁静。巴赫专家克劳斯·艾达姆说：“他把过去写过的东西容纳了进去，他把一生都写了进去……他把过去创作的曲调纳入这首大型弥撒曲，进入了一个更高境界，这已不再是俗世境界，这是上帝的境界，一首弥撒曲，是他献给上帝的唯一可能的、必要的和完美的颂词，是对他的信仰的一次坦陈。它自始至终都充满了活力，充满着最为强烈的表现力，全曲都是高度尘世化的音乐—这与创作动机并不矛盾，对巴赫来说，上帝不仅存在于彼岸，也存在于我们的世界当中，不论他遭受了多少打击，上帝仍然活在他心中。”
这部弥撒曲有一种强烈的路德式的孤寂。这是萨尔茨堡天主教徒莫扎特、波恩天主教徒贝多芬、林茨天主教徒布鲁克纳没有的。无论相比天主教还是相比加尔文派，路德都可以称为近代个人主义的先驱。他的个人主义与文艺复兴的意大利个人主义（从个人才能完全实现中寻找满足感）不同，这是一种对主体性、本体性的深切领悟。路德强调，每一个灵魂在造物主面前都单独地赤条条敞开，没有人可以替代别人去活，正如没有人可以替代他人去死。以耶稣受难为中心的路德派十字架神学坚信，没有人能替代别人去领受死亡的滋味，每个人都只能单独地为自己的濒死搏斗。“那时我将不与你们在一起，你也必不与我在一起，一个人必须为自己答辩。”在上帝面前，只有单个的孤零零的灵魂，面对单数的死亡，不得不做出自己的回答，无法躲到安全的“类”中去逃避。“不是我们，是我，只是我，我相信！”路德强调。“因信称义”是上帝给全人类的允诺，但接受或回答的只能是个人、活生生的个人。“你”接受或“你”拒绝，别无他路。这打开了存在主义等现代思想的深渊。“父啊，父啊，你何竟离弃我？”连耶稣都在人生的最后暗夜孤苦无依。在贝多芬作为一个肉体性存在的死亡事件中，“一切人类成兄弟”没有帮助。对个体性死亡的任何涂脂抹粉，都将以否认十字架受难者为代价。
这是对被造者身份的领悟，对“我只是尘土”的承认。路德十字架神学，包含了深刻的孤独，这里存在的巨大危险在于，我们靠什么避免坠入一种孤立和虚无，太强烈的孤独可以摧毁信仰—“靠耶稣，唯靠耶稣！”路德强调，别无根基。正如罗兰·巴特对《老子》格言“玄之又玄，众妙之门”的独特解说：“玄”在古代汉语的本义就是黑暗—“让黑暗更黑暗，就找到了通往真正光明的大门。”
巴赫的圣婴耶稣，没有长着肉肉小翅膀的天使看护，而是生在一个寒冷冬夜的马槽里。在《尼西亚信经》这一段落，巴赫通过调性安排，使“圣灵感孕”受到“在本丢·彼拉多手下受难”限定，圣母玛丽亚的心，仿佛被钉入儿子手足的大铁钉上了。受难者而非审判官才是信仰核心。“受难”以卡农形式重复出现，12次反复低音型（代表十二使徒吗？！）沉痛的小调为下一段“第三日复活”积累太多能量，压抑太多情感，音乐至“被埋葬”一词时，已经是黑暗的极点，所谓物极必反，复活的箭在弦上，不得不发。
“巴赫不是只像奴仆般称颂上帝及其事功，在潜意识里他有心与之抗辩，这一抗辩在最好几部巨作中愈益明显，如《赋格的艺术》、《B小调弥撒曲》以及《哥德堡变奏曲》。”东方学家萨义德说，“巴赫的狂热，的确有魔性和骇人听闻之处……你不得不设想，巴赫在上帝面前百般虔诚谦卑，是否要以此抵抗某种更黑暗—也更洋溢勃发、更骄傲的濒临渎神的东西，那东西就在他内心里，他那带着对位法魔术的音乐传出此信息”。这一说法激发了关于巴赫音乐异教因素甚至异端的话题。其实这并不算什么创见。路德就说，自己同时在天堂与地狱里挂号。作为奥古斯丁修会会士，路德最接近奥古斯丁的著名的宣认：“我怀疑，故我在。”曾经的摩尼教徒奥古斯丁与马丁·路德一样，对诺斯替主义心知肚明—也许这世界只是一位黑暗上帝与一位光明上帝的永恒斗争。除非敢于深入二元论地狱，不可能征服二元论，最终抵达圣三位一体。没有“下到阴间”，就没有“三日后复活”，不可能“坐在全能天父的右边”。