關於這部作品，一個似是而非的說法就是：這部天主教彌撒最初創作的兩部分，在路德教禮拜中同樣可以使用。1733年奉獻給波蘭國王的就隻包括這兩部分（哀悼奧古斯特一世的《垂憐經》、慶賀奧古斯特二世繼位的《榮耀頌》），恰好是路德派保留的彌撒曲結構。但早在兩百年前，路德及其門徒、神學大師梅蘭希頓就認定：包括彌撒在內的聖事，必須以母語取代拉丁語。在路德正統派大本營的薩克遜（甚至整個新教世界），使用羅馬教會官方語拉丁語進行聖事，可能性極低。即使最初兩部分的《B小調彌撒曲》也是羅馬的—巴赫在人生最後十多年，在疾病纏身、完全失明的情況下，竭盡心力要使這部作品合乎天主教規格。秘密在於，嚴格拉丁形式下，有一顆熾熱的日耳曼靈魂。
這部作品不同於曆史上任何彌撒曲之處，就在於其強烈的新教信仰和路德主義。將這部跨17年之久的文獻熔鑄成一塊精鋼的，是路德主義。在羅馬天主教的彌撒形式中的宗教改革精神，就像兩百年前在路德和巴赫故鄉埃森納赫的偉大運動一樣，白熾火藍，勢如破竹。
從1740年開始，巴赫再次對《B小調彌撒》進行基於早期作品的再創作：第三部分《聖哉經》創作日期在1724年左右，巴赫剛到萊比錫任職。《尼西亞信經》第二部分與“和散那”、《降福經》、《羔羊經》混和式的第四部分，來自巴赫不同時期的德語宗教康塔塔。巴赫專家弗雷德裏希·西蒙認為，《B小調彌撒》是包含四個獨立作品的“綜合體”。但這是巴赫式綜合體，各部分神學思想高度統一、音樂技術焊接無隙，每一部分都在B小調和D大調上展開，和聲統一。“我們向您感恩”動機在作品最後“賜我們以和平”再現，構建出一個音樂大廈。作品的一體性還體現於不同樂段間的主題關聯性、各樂段間強烈對比，聲音器樂化、器樂聲樂化互相推動。這部恢宏作品包括了巴赫全部作曲技巧和神學思考，當時所有樂器都各展其長。精致的帕薩卡裏亞舞曲、複雜的對位法、意大利協奏曲、拿波裏愛情重唱等，藝術性的詠歎調和華麗莊嚴的管弦樂，配置均衡，不僅將不同樂段連接成為一個統一、豐富、協和的整體，堪稱獻給宗教改革先導馬丁·路德的最高禮讚，完美實踐了馬丁·路德“音樂即神學”思想。
路德對巴赫影響至深。這種影響的決定性，首先來自於路德的音樂實踐而不是說教。在掀翻大一統中世紀教會的改革中，路德以迄今無人能比的德語感受力，創作了《上主是我堅固堡壘》等聖詩並親自譜曲。自路德以來，德國各地設立教堂合唱隊的製度，世代延續，形成德國尤其是德國中部、北部特有的音樂傳統，對德國複調合唱、康塔塔和管風琴音樂發展有重大作用。圖林根地區是路德的故鄉和宗教改革核心地區。這裏，中世紀天主教會、德意誌神秘主義、宗教改革、斯拉夫文化、反宗教改革的巴洛克精神你中有我、我中有你。路德那種發自內心的信仰和頑強的鬥爭性，成為巴赫安身立命的生存基礎。
巴赫是路德音樂教育思想的完美產物。路德認為，音樂有著精神作用和教育作用，新教地區的學校都應該開設音樂課，每個孩子（包括貧民的孩子）都應接受正規的音樂教育；不懂音樂的人不配為人師表；音樂教育應該成為道德教育的重要組成部分。
在埃森納赫拉丁中學初級班，巴赫接受了堅定的路德主義神學教育。巴赫用拉丁文和德文背誦了《舊約》的詩篇、先知書，《新約》使徒書信等。在奧爾的如夫文科中學的六、七年級，在呂納堡拉丁文中學的八、九年級，成績優異的巴赫通過《洪特爾概論》這本路德教經典教科書，掌握了路德主義。此後巴赫不斷勤奮學習路德的神學體係和論辯，悉心研究了20多部路德專著、50多本路德派教義爭論和宗教實用書籍。巴赫幼年形成的質樸信仰，為他的堅強意誌打下了鋼鐵根基。巴赫與貝多芬、莫紮特不一樣，我們可以說，路德主義與巴赫家族的音樂傳統相結合，是巴赫作品藝術精湛、信仰炙烈的秘密所在。“德意誌大力士”路德的鬥爭精神，“遇強愈強”的勇敢好勝，使巴赫對遇見的所有對手都從不退讓—被魏瑪公爵關進大牢三個月從不服軟。所以，在古往今來所有彌撒曲中，沒有任何一部像《B小調彌撒曲》這樣，堅定的信念中飛揚著無限的喜悅，在狂喜的邊緣保持著寧靜。巴赫專家克勞斯·艾達姆說：“他把過去寫過的東西容納了進去，他把一生都寫了進去……他把過去創作的曲調納入這首大型彌撒曲，進入了一個更高境界，這已不再是俗世境界，這是上帝的境界，一首彌撒曲，是他獻給上帝的唯一可能的、必要的和完美的頌詞，是對他的信仰的一次坦陳。它自始至終都充滿了活力，充滿著最為強烈的表現力，全曲都是高度塵世化的音樂—這與創作動機並不矛盾，對巴赫來說，上帝不僅存在於彼岸，也存在於我們的世界當中，不論他遭受了多少打擊，上帝仍然活在他心中。”
這部彌撒曲有一種強烈的路德式的孤寂。這是薩爾茨堡天主教徒莫紮特、波恩天主教徒貝多芬、林茨天主教徒布魯克納沒有的。無論相比天主教還是相比加爾文派，路德都可以稱為近代個人主義的先驅。他的個人主義與文藝複興的意大利個人主義（從個人才能完全實現中尋找滿足感）不同，這是一種對主體性、本體性的深切領悟。路德強調，每一個靈魂在造物主麵前都單獨地赤條條敞開，沒有人可以替代別人去活，正如沒有人可以替代他人去死。以耶穌受難為中心的路德派十字架神學堅信，沒有人能替代別人去領受死亡的滋味，每個人都隻能單獨地為自己的瀕死搏鬥。“那時我將不與你們在一起，你也必不與我在一起，一個人必須為自己答辯。”在上帝麵前，隻有單個的孤零零的靈魂，麵對單數的死亡，不得不做出自己的回答，無法躲到安全的“類”中去逃避。“不是我們，是我，隻是我，我相信！”路德強調。“因信稱義”是上帝給全人類的允諾，但接受或回答的隻能是個人、活生生的個人。“你”接受或“你”拒絕，別無他路。這打開了存在主義等現代思想的深淵。“父啊，父啊，你何竟離棄我？”連耶穌都在人生的最後暗夜孤苦無依。在貝多芬作為一個肉體性存在的死亡事件中，“一切人類成兄弟”沒有幫助。對個體性死亡的任何塗脂抹粉，都將以否認十字架受難者為代價。
這是對被造者身份的領悟，對“我隻是塵土”的承認。路德十字架神學，包含了深刻的孤獨，這裏存在的巨大危險在於，我們靠什麽避免墜入一種孤立和虛無，太強烈的孤獨可以摧毀信仰—“靠耶穌，唯靠耶穌！”路德強調，別無根基。正如羅蘭·巴特對《老子》格言“玄之又玄，眾妙之門”的獨特解說：“玄”在古代漢語的本義就是黑暗—“讓黑暗更黑暗，就找到了通往真正光明的大門。”
巴赫的聖嬰耶穌，沒有長著肉肉小翅膀的天使看護，而是生在一個寒冷冬夜的馬槽裏。在《尼西亞信經》這一段落，巴赫通過調性安排，使“聖靈感孕”受到“在本丟·彼拉多手下受難”限定，聖母瑪麗亞的心，仿佛被釘入兒子手足的大鐵釘上了。受難者而非審判官才是信仰核心。“受難”以卡農形式重複出現，12次反複低音型（代表十二使徒嗎？！）沉痛的小調為下一段“第三日複活”積累太多能量，壓抑太多情感，音樂至“被埋葬”一詞時，已經是黑暗的極點，所謂物極必反，複活的箭在弦上，不得不發。
“巴赫不是隻像奴仆般稱頌上帝及其事功，在潛意識裏他有心與之抗辯，這一抗辯在最好幾部巨作中愈益明顯，如《賦格的藝術》、《B小調彌撒曲》以及《哥德堡變奏曲》。”東方學家薩義德說，“巴赫的狂熱，的確有魔性和駭人聽聞之處……你不得不設想，巴赫在上帝麵前百般虔誠謙卑，是否要以此抵抗某種更黑暗—也更洋溢勃發、更驕傲的瀕臨瀆神的東西，那東西就在他內心裏，他那帶著對位法魔術的音樂傳出此信息”。這一說法激發了關於巴赫音樂異教因素甚至異端的話題。其實這並不算什麽創見。路德就說，自己同時在天堂與地獄裏掛號。作為奧古斯丁修會會士，路德最接近奧古斯丁的著名的宣認：“我懷疑，故我在。”曾經的摩尼教徒奧古斯丁與馬丁·路德一樣，對諾斯替主義心知肚明—也許這世界隻是一位黑暗上帝與一位光明上帝的永恒鬥爭。除非敢於深入二元論地獄，不可能征服二元論，最終抵達聖三位一體。沒有“下到陰間”，就沒有“三日後複活”，不可能“坐在全能天父的右邊”。