《壇經》是研究六祖思想的主要材料，但因其版本較多，眾說紛紜，使人莫知所從。又一般認為《壇經》乃六祖所說、法海集記，但自胡適著《荷澤大師神會傳》等，標立新說，認為《壇經》乃是神會傑作以來，又起紛爭，為《壇經》研究提出了新的課題。此部分即試圖從《壇經》幾種主要版本的考證探究有關《壇經》的一些主要問題，以期得到對之較為準確的理解。
《壇經》版本中具有獨立價值的是敦煌本、兩卷本（即所謂惠昕本）和曹溪原本（契嵩本），宗寶本依曹溪原本而成，與之類似，德異本更是曹溪原本的翻版。其中以敦煌本和曹溪原本的價值最大，兩卷本是二者的折中。下麵即通過對這幾個主要版本的研究考證《壇經》的作者、時間、流傳等問題。
依諸本所述，《壇經》可分為兩個部分。第一部分是六祖在大梵寺所說法，由法海記錄整理，這是其主體，因為是六祖親說，故價值最大。第二部分是記載六祖行化及滅度等史事的，其中也有六祖語錄，這一部分並非全是六祖自說，而是由門人編著的，法海是主要編著者。關於第一部分，諸本內容基本一致，唯敦煌本較略，兩卷本（惠昕本）、曹溪原本較詳，應當說確實是六祖大梵寺說法的記錄，隻是詳略有異、抄本不一而已。第一部分在兩卷本（惠昕本）為一緣起說法門，二悟法傳衣門，三為時眾說定慧門，四教授坐禪門，五說傳香懺悔發願門，六說一體三身門，七說摩訶般若波羅密門，八問答功德及西方相狀門；在曹溪原本為悟法傳衣第一，釋功德淨土第二，定慧一體第三，教授坐禪第四，傳香懺悔第五。這一部分次第分明，內容連貫，涉及了禪、教、淨土諸方麵，全麵係統地體現了六祖“自性是佛”的宗旨，也是《壇經》的第一本和後來諸本的底本。這一底本可能是經六祖首可並訂正的，諸本中皆有“流傳壇經”等語，大概多指此底本，這也表明確實有一本六祖親述的《壇經》，並非都是後人的偽作或妄改之書。