前文對六祖的生平曆史和《壇經》主要版本作了考釋，在此基礎上，將進一步探討六祖的思想和說法宗旨。根據前文，《壇經》可分為兩個部分，第一部分即大梵寺說法，集中體現了六祖的思想和宗旨，且諸本基本一致，下麵即以此為材料對六祖思想進行探討。另外曹溪原本是諸本中時間最早、內容最翔實、文字最好的一種，因此亦以此本為主要依據揭示六祖的人格、風範和宗旨。
六祖是一個自悟玄機的非常之人，在得五祖正式傳法前就已對佛法有了相當深刻的理解。一聞人誦《金剛經》便開始悟道，表現了他的天生利根，繼而辭親遠行以求道，更表現了他對佛教堅定不移的信心。從初見五祖時的佛性問答上，可以看到六祖對人人本具之佛性已經有了深刻的認識，故受到五祖的器重。而這一時期他的佛學思想的集中體現，便是他的傳法偈語。此偈語是六祖思想發展史上的關鍵，一方麵是他前期思想的展現，同時又是他得法的根據，是他建立自己的新思想的起點。
根據上文對《壇經》的考證，偈語之真假已不待說明。但不少人認為偈語是後人偽托，且諸本所載偈語有小異，更添疑惑。今先考證一下偈語之真假。五祖令門人作偈明心，以傳衣缽。時神秀為上座，其他弟子自知弗如，故不敢作。因此隻有神秀、惠能二人之偈。敦煌本神秀偈雲：“身是菩提樹，心如明鏡台。時時勤拂拭，莫使有塵埃。”惠能偈有二，一雲：“菩提本無樹，明鏡亦無台。佛性常清淨，何處有塵埃！”二雲：“心是菩提樹，身為明鏡台。明鏡本清淨，何處染塵埃！”兩卷本神秀偈“有”作“染”，惠能偈雲：“菩提本無樹，明鏡亦非台。本來無一物，何處有塵埃！”曹溪原本神秀偈雲：“身是菩提樹，心如明鏡台。時時勤拂拭，勿使惹塵埃。”惠能偈雲：“菩提本無樹，明鏡亦非台。本來無一物，何處惹塵埃！”