雅典是在公元前404年戰敗投降的，但修昔底德卻沒有實現自己記載整個戰爭的目標。他的著作突然終止於公元前411年，連最後一句也是不完整的。但他本人肯定活到了戰爭結束，並且返回了故土，因為他在書中不隻一處表明了這一點。前麵提到他說自己被放逐了20年，如果自公元前423年算起，到伯羅奔尼撒戰爭結束，正好20年。他還在書中提到鐵米斯托克裏在希波戰爭期間修造的雅典城牆的內部結構，特別指出“就是現在我們還能夠看得出，這個建築是倉猝築成的”。[188]這說明修昔底德目睹了戰敗後被拆毀的城牆殘骸，也說明修昔底德並沒有看到公元前393年的雅典東山再起、雅典將軍科濃在原城牆基礎上重築的新牆。他在第5卷第3章中的自述更是他目睹了整個戰爭的確鑿證據。他說：
這一個時期的曆史也是原來寫曆史的那個雅典人修昔底德所著的，他是按事實發展程序，以夏冬相遞嬗的編年體撰寫，將這段曆史一直寫到斯巴達人和他們的同盟者把雅典帝國毀滅，把長城和庇裏猶斯占領時為止。那時戰事已經延續了27年。[189]
這段話表明修昔底德的《伯羅奔尼撒戰爭史》在寫到第八卷之前，多半出現過一段時間的中斷，然後在作者再次動筆的時候，便感到需要重新加一個簡短的前言式的說明。這段話也表明他原計劃的篇幅遠比現在的《伯羅奔尼撒戰爭史》要長。第8卷的突然終止表明修昔底德可能猝死於公元前403或402年至公元前393年之間，同時也表明他直到去世，一直筆耕不輟。因此，從寫作時間的長度看，如果以公元前431年作為開端，這部著作同戰爭進行的時間同步，斷斷續續至少寫了27年。
修昔底德是一位既有閑暇和敏銳的曆史感，又長於思考、善於文字表達的貴族文人，因此他如果簡單地寫這樣一部著作，並不需要27年的漫長時間。但實際的情況卻是他27年磨一劍，產出的僅是一部未完成的著作，由此可見他對這部書所下功夫之大，思考之深。他的著作之所以結構謹嚴，脈絡清晰，內容和諧一體，在樸素和雋永中洋溢著深沉的曆史和人生哲學的意味，時間和精力上的大量投入應當是最重要的原因之一。