從時間上看，畢達哥拉斯學派最早產生在公元前6世紀的意大利，其創始人是薩摩斯島的畢達哥拉斯（約公元前571—約前497年），從時間上看，正處於米利都學派和赫拉克利特之間。雖然受到過米利都學派的影響，但從一開始就表現出一些與愛奧尼亞傳統不同的特色。與米利都學派不同，畢達哥拉斯盟會首先是一個宗教團體，信奉靈魂不朽、輪回轉世的學說，恪守一套嚴格而古怪的教規。在哲學上，畢達哥拉斯學派提出將抽象的“數”作為萬物的本原，認為世界萬物的存在都可以由一定的數量關係而得到根本性的解釋。這樣一種不可感知、沒有形體、不能運動的“數”比米利都學派提出的水、氣等元素更具有本質的特征。如果說米利都學派所說的本原本身是運動變化的，隻不過它們都來源於並回歸於某種不變的元素，那麽畢達哥拉斯學派提出的作為世界本原的“數”從本身來講就是不變的，成為一種可以與一般的具體事物相分離並且高於一般事物的獨立的存在，這一從有形向無形、從物質向精神（思維）、由運動變化中的不變到靜止的不變的轉化代表了不同於愛奧尼亞哲學傳統的一個新的發展方向，啟發了後來的愛利亞學派和柏拉圖哲學，從而向希臘哲學中不變的“本體”概念又邁進了一大步。黑格爾對畢達哥拉斯學派在希臘哲學史上的這種承上啟下的作用作出了精辟的闡述：
我們在將宇宙解釋為數的嚐試裏，發現了到形而上學的第一步。畢達哥拉斯在哲學史上，人人都知道，站在伊奧尼亞哲學家和愛利亞學派哲學家之間。前者，有如亞裏士多德所指出的，仍然停留在認事物的本質為物質的學說裏，而後者，特別是巴曼尼得斯，則已進展到以“存在”為“形式”的純思階段，所以正是畢達哥拉斯哲學的原則，在感官事物與超感官事物之間，仿佛構成一座橋梁。[195]