在西方已有近百年历史的学校心理健康教育，迄今在我国只有30年左右的时间。我国学校心理健康教育虽然起步较晚，但发展速度很快。叶一舵教授认为我国学校心理健康教育的发展过程大致经历了四个时期（阶段），分别为：①调查、呼吁期；②尝试、起步期；③探索、发展期；④推进、繁荣期。孟四清教授专门对我国中小学生心理健康教育的研究历史进行了梳理，认为大致可分为四个研究阶段，分别为：①调查呼吁阶段；②尝试起步阶段；③发展推进阶段；④总结提高阶段。通过对照发现，虽然两位专家在阶段命名上略有不同，但在时间划分上基本一致。此处沿用叶一舵教授的阶段划分，对学校心理健康教育的发展历程进行介绍。
一、调查、呼吁期（20世纪80年代初、中期）
自20世纪80年代初期，我国的一些学者和研究机构开始进行中小学生心理健康状况的调查研究，并发表了一系列的调研报告，对象涉及城乡不同类型学校的中小学生，在教育界产生了广泛的影响。例如，1981年北京市对473名小学生的调查发现，有心理卫生问题儿童的检出率为17.3%；1982年上海市对487名小学生的调查表明，有心理卫生问题儿童的检出率为21.1%；1983年江苏、浙江两省对1095名中小学生的调查发现，有心理健康问题学生的检出率城市为18.77%、农村为14.22%。
这些调查使得人们，特别是教育工作者，开始意识到中小学生心理健康状况的严重性，并首次有了比较明确的数量化的概念；也使教育行政部门开始认识到中小学生的心理健康教育的重要性，为以后中小学生心理健康教育的开展奠定了初步的思想基础。
二、尝试、起步期（20世纪80年代中后期至90年代初期）
随着学生心理健康问题的日益突出，心理健康教育率先在高校开始试行。在1984年、1985年前后，上海、北京、浙江、湖北、陕西、四川等地的一些高校尝试性地开展了大学生心理咨询服务，一些院校还建立了心理咨询机构，组织了各种形式的心理咨询活动。到1986年底，全国已有三十余所大学开展了大学生心理咨询工作。
这种尝试随着素质教育观念的深入发展逐步向中小学转移和渗透。20世纪80年代中、后期，北京、上海、湖南、湖北、江苏、河北、辽宁、天津、浙江等一些地区的少数中小学校开始率先进行具有心理辅导色彩的心理健康教育的实践。例如，天津的实验中学、上海的曲阳第四小学是开展心理健康教育较早的学校，一些热心于此项工作的教师，通过心理健康教育讲座为学生普及心理健康的常识，通过个别辅导等方式解决学生存在的心理困扰。由于这项工作缺乏理论指导和政策依据，当时具有自发、探索的特点，并未形成规模，但这一时期的尝试对以后在中小学更大规模和更高层次上开展心理健康教育起到了积极而有效的推动作用。
三、探索、发展期（20世纪90年代初至90年代末）
学校心理健康教育逐渐得到政府的重视。1994年，中共中央和国务院颁发的《中共中央关于进一步加强和改进学校德育工作的若干意见》，明确指出：“通过多种方式对不同年龄层次的学生进行心理健康教育和指导。”1999年《中共中央国务院关于深化教育改革全面推进素质教育的决定》，再一次指出：“针对新形势下青少年成长的特点，加强学生的心理健康教育。”同年8月，国家教育部第一次就学校心理健康教育问题专门颁发了《关于加强中小学心理健康教育的若干意见》，对中小学心理健康教育作了非常具体的要求和规定。
教育行政部门加强了对学校心理健康教育的组织领导。由于党和政府高度重视，中华人民共和国教育部成立了中小学心理健康教育咨询委员会，加大对全国学校心理健康教育工作的宏观指导。与此相应，大部分省、市、地区都成立了由领导、专家和富有实践经验的一线教师组成的学校心理健康教育研究与指导委员会，开展组织协调、政策制定、科研、培训、评估检查等工作，推进心理健康教育广泛深入开展。例如，北京市由市教委德育处牵头，成立了由市教科院基础教育研究所、中国科学院心理学研究所、北京师范大学、清华大学等有关科研机构人员参加，实验区和实验校组成的三结合队伍，并要求有条件的区县都要成立心理健康教育研究中心，充分发挥心理健康教育机构在学校心理健康教育和研究工作的作用。
学校心理健康教育成为专家、学者和广大教师研究的热点领域。仅“九五”期间，向全国教育科学规划领导小组申报的心理健康教育、学校心理辅导等方面的课题就达七十多项，其中全国教育科学规划重点课题中影响大、成果显著的就有北京师范大学郑日昌教授主持的《学生心理健康教育研究问题》、上海市教科院吴增强研究员主持的《中小学心理健康运行系统的研究》、北京师范大学沃建中博士主持的《中小学心理素质建构与培养研究》、湖北省武汉市教科所研究员徐学俊主持的《中小学心理健康教育与心理辅导体系研究》、湖南师范大学郑和钧教授主持的《中小学生协同教学与心理发展研究》、安徽师范大学张履祥教授主持的《优化学生心理素质结构，全面提高基础教育质量》，等等，这些研究课题内容涉及面广，参与研究人员多，持续时间长，整体效率高，对推进大、中、小学心理健康教育发挥了巨大的作用。
四、推进、繁荣期（20世纪90年代末至今）
学校心理健康教育受到政府的高度重视。2000年12月，中共中央、国务院颁布《关于适应新形势进一步加强和改进中小学德育工作的意见》，进一步强调：“中小学校都要加强心理健康教育，培养学生良好的心理品质。”2001年3月，青少年心理健康教育被写进九届人大四次会议通过的《中华人民共和国国民经济和社会发展第十个五年计划纲要》。2001年3月，教育部颁发《关于加强普通高等学校大学生心理健康教育工作的意见》。2002年4月和2002年8月，教育部分别印发《普通高等学校大学生心理健康教育工作实施纲要（试行）》和《中小学心理健康教育指导纲要》。2004年7月，教育部又颁发《中等职业学校学生心理健康教育指导纲要》。十六届四中全会通过的《中共中央关于加强党的执政能力建设的决定》明确提出要“切实抓好青少年的思想品德和心理素质教育，健全学校、家庭、社会各负其责又密切配合的教育网络”，把青少年的心理素质教育作为思想政治教育的重要组成部分。
在政府高度重视和社会普遍关注下，学校心理健康教育逐渐规范化，在各个方面取得了较大的成绩。
（一）研究与实践更加深化，成果丰富
近十年来，学校心理健康教育的实践活动蓬勃开展，课题研究形成热潮。其中“全国中小学心理健康教育协作组”的研究与实践成果尤为突出。该项目历经10年（1997～2007），明确了临床心理学和健康心理学是心理健康教育的理论基础；搭建了由三种教育方式和两条途径构成的心理健康教育操作框架。三种教育模式包括：①建立学校心理咨询室，对少数或个别学生的心理不适应和障碍问题进行咨询辅导；②开设心理辅导课，面向全体学生进行促进心理健康发展的心理辅导；③在学科教学和各种活动中渗透心理健康教育。这三种教育方式借助专门和非专门的两条心理健康教育途径进行，从而保证在学校中形成全方位、多层次的心理健康教育操作框架。专门途径是，由专门的心理辅导教师在特定环境下开展心理健康教育，如心理咨询室工作和心理辅导课；非专门途径是，所有授课教师都要为学生创设良好的心理氛围，在课堂教学中利用教育契机，采用适合每个学生发展特点、能充分激发学生潜能的教学方法，改变学生的认知方式，进行心理健康教育。
随着研究、实践的深入开展，心理健康教育的书籍大量出版。据不完全统计，到2004年底，内地已经出版的有关心理健康教育的读物或教材约有300余种，而在当当网上检索到从2005年至今出版的有关心理健康教育的读物和教材就已达到778种。
（二）心理健康教育师资队伍建设得到加强
近年来，各地开始加强学校心理健康教育的师资队伍建设，主要表现在以下几个方面。第一，部分高校积极申办新专业或调整专业，如山西大学、山东大学、山东师范大学、天津师范大学、延边大学等高校设立心理学本科专业，开始注重为学校心理健康教育培养人才，并认真强化专业化的技能训练。第二，各地积极开展心理健康教育的师资培训工作，如北京市2000年就对1500名专、兼职教师进行了培训；上海市从1999年开始了为期一年的学校心理健康教育教师的上岗培训，核发“资格证书”，并组织讲师团巡回培训；天津市规定每校必须有1～3名心理辅导教师持证上岗，2003年已经培训12000名教师；其他如吉林、辽宁、四川、河北、江苏、湖北、广东、福建等地都制定了学校心理健康教育教师培训计划，有计划地开展师资培训和认证工作。第三，2002年至今，许多一线教师接受国家心理咨询师职业资格培训并获得资格认证，中国心理学会、中国心理卫生协会等一些国家级学术团体及各地相关学术团体也开展了大量培训工作。此外，华夏心理、尚德机构心理培训中心等培训机构也在心理咨询师的培养中扮演了重要角色。这些对心理健康教育师资队伍的专业成长起到了一定的积极作用。
（三）学校心理健康教育模式丰富多样
目前，面向全体学生的心理健康教育模式有开设心理健康教育课及相关讲座，对全体学生进行心理健康普测并建立心理档案；面向个别学生的心理健康教育模式有个体心理咨询、团体心理辅导、网络指导、行为矫正等方式。此外，丰富的心理健康教育实践活动进一步增强了心理健康教育的实效性。例如，2000年兴起的“5.25”大学生心理健康节、在中小学开展的“心理健康教育月”“心理健康教育活动节”等心理健康教育活动。为了使大学生学会自助，并使心理健康教育得到大面积推广，许多高校成立了“大学生心理健康协会”“心友学社”等社团组织。学生社团发挥了朋辈之间代沟小、防御性低、共性多、互动性大等优势。有教师开始探索高中生心理社团的可行性，并通过实践证明，学生心理社团是高中生实现心理互助、自我成长的有效模式。