在西方已有近百年曆史的學校心理健康教育，迄今在我國隻有30年左右的時間。我國學校心理健康教育雖然起步較晚，但發展速度很快。葉一舵教授認為我國學校心理健康教育的發展過程大致經曆了四個時期（階段），分別為：①調查、呼籲期；②嚐試、起步期；③探索、發展期；④推進、繁榮期。孟四清教授專門對我國中小學生心理健康教育的研究曆史進行了梳理，認為大致可分為四個研究階段，分別為：①調查呼籲階段；②嚐試起步階段；③發展推進階段；④總結提高階段。通過對照發現，雖然兩位專家在階段命名上略有不同，但在時間劃分上基本一致。此處沿用葉一舵教授的階段劃分，對學校心理健康教育的發展曆程進行介紹。
一、調查、呼籲期（20世紀80年代初、中期）
自20世紀80年代初期，我國的一些學者和研究機構開始進行中小學生心理健康狀況的調查研究，並發表了一係列的調研報告，對象涉及城鄉不同類型學校的中小學生，在教育界產生了廣泛的影響。例如，1981年北京市對473名小學生的調查發現，有心理衛生問題兒童的檢出率為17.3%；1982年上海市對487名小學生的調查表明，有心理衛生問題兒童的檢出率為21.1%；1983年江蘇、浙江兩省對1095名中小學生的調查發現，有心理健康問題學生的檢出率城市為18.77%、農村為14.22%。
這些調查使得人們，特別是教育工作者，開始意識到中小學生心理健康狀況的嚴重性，並首次有了比較明確的數量化的概念；也使教育行政部門開始認識到中小學生的心理健康教育的重要性，為以後中小學生心理健康教育的開展奠定了初步的思想基礎。
二、嚐試、起步期（20世紀80年代中後期至90年代初期）
隨著學生心理健康問題的日益突出，心理健康教育率先在高校開始試行。在1984年、1985年前後，上海、北京、浙江、湖北、陝西、四川等地的一些高校嚐試性地開展了大學生心理谘詢服務，一些院校還建立了心理谘詢機構，組織了各種形式的心理谘詢活動。到1986年底，全國已有三十餘所大學開展了大學生心理谘詢工作。
這種嚐試隨著素質教育觀念的深入發展逐步向中小學轉移和滲透。20世紀80年代中、後期，北京、上海、湖南、湖北、江蘇、河北、遼寧、天津、浙江等一些地區的少數中小學校開始率先進行具有心理輔導色彩的心理健康教育的實踐。例如，天津的實驗中學、上海的曲陽第四小學是開展心理健康教育較早的學校，一些熱心於此項工作的教師，通過心理健康教育講座為學生普及心理健康的常識，通過個別輔導等方式解決學生存在的心理困擾。由於這項工作缺乏理論指導和政策依據，當時具有自發、探索的特點，並未形成規模，但這一時期的嚐試對以後在中小學更大規模和更高層次上開展心理健康教育起到了積極而有效的推動作用。
三、探索、發展期（20世紀90年代初至90年代末）
學校心理健康教育逐漸得到政府的重視。1994年，中共中央和國務院頒發的《中共中央關於進一步加強和改進學校德育工作的若幹意見》，明確指出：“通過多種方式對不同年齡層次的學生進行心理健康教育和指導。”1999年《中共中央國務院關於深化教育改革全麵推進素質教育的決定》，再一次指出：“針對新形勢下青少年成長的特點，加強學生的心理健康教育。”同年8月，國家教育部第一次就學校心理健康教育問題專門頒發了《關於加強中小學心理健康教育的若幹意見》，對中小學心理健康教育作了非常具體的要求和規定。
教育行政部門加強了對學校心理健康教育的組織領導。由於黨和政府高度重視，中華人民共和國教育部成立了中小學心理健康教育谘詢委員會，加大對全國學校心理健康教育工作的宏觀指導。與此相應，大部分省、市、地區都成立了由領導、專家和富有實踐經驗的一線教師組成的學校心理健康教育研究與指導委員會，開展組織協調、政策製定、科研、培訓、評估檢查等工作，推進心理健康教育廣泛深入開展。例如，北京市由市教委德育處牽頭，成立了由市教科院基礎教育研究所、中國科學院心理學研究所、北京師範大學、清華大學等有關科研機構人員參加，實驗區和實驗校組成的三結合隊伍，並要求有條件的區縣都要成立心理健康教育研究中心，充分發揮心理健康教育機構在學校心理健康教育和研究工作的作用。
學校心理健康教育成為專家、學者和廣大教師研究的熱點領域。僅“九五”期間，向全國教育科學規劃領導小組申報的心理健康教育、學校心理輔導等方麵的課題就達七十多項，其中全國教育科學規劃重點課題中影響大、成果顯著的就有北京師範大學鄭日昌教授主持的《學生心理健康教育研究問題》、上海市教科院吳增強研究員主持的《中小學心理健康運行係統的研究》、北京師範大學沃建中博士主持的《中小學心理素質建構與培養研究》、湖北省武漢市教科所研究員徐學俊主持的《中小學心理健康教育與心理輔導體係研究》、湖南師範大學鄭和鈞教授主持的《中小學生協同教學與心理發展研究》、安徽師範大學張履祥教授主持的《優化學生心理素質結構，全麵提高基礎教育質量》，等等，這些研究課題內容涉及麵廣，參與研究人員多，持續時間長，整體效率高，對推進大、中、小學心理健康教育發揮了巨大的作用。
四、推進、繁榮期（20世紀90年代末至今）
學校心理健康教育受到政府的高度重視。2000年12月，中共中央、國務院頒布《關於適應新形勢進一步加強和改進中小學德育工作的意見》，進一步強調：“中小學校都要加強心理健康教育，培養學生良好的心理品質。”2001年3月，青少年心理健康教育被寫進九屆人大四次會議通過的《中華人民共和國國民經濟和社會發展第十個五年計劃綱要》。2001年3月，教育部頒發《關於加強普通高等學校大學生心理健康教育工作的意見》。2002年4月和2002年8月，教育部分別印發《普通高等學校大學生心理健康教育工作實施綱要（試行）》和《中小學心理健康教育指導綱要》。2004年7月，教育部又頒發《中等職業學校學生心理健康教育指導綱要》。十六屆四中全會通過的《中共中央關於加強黨的執政能力建設的決定》明確提出要“切實抓好青少年的思想品德和心理素質教育，健全學校、家庭、社會各負其責又密切配合的教育網絡”，把青少年的心理素質教育作為思想政治教育的重要組成部分。
在政府高度重視和社會普遍關注下，學校心理健康教育逐漸規範化，在各個方麵取得了較大的成績。
（一）研究與實踐更加深化，成果豐富
近十年來，學校心理健康教育的實踐活動蓬勃開展，課題研究形成熱潮。其中“全國中小學心理健康教育協作組”的研究與實踐成果尤為突出。該項目曆經10年（1997～2007），明確了臨床心理學和健康心理學是心理健康教育的理論基礎；搭建了由三種教育方式和兩條途徑構成的心理健康教育操作框架。三種教育模式包括：①建立學校心理谘詢室，對少數或個別學生的心理不適應和障礙問題進行谘詢輔導；②開設心理輔導課，麵向全體學生進行促進心理健康發展的心理輔導；③在學科教學和各種活動中滲透心理健康教育。這三種教育方式借助專門和非專門的兩條心理健康教育途徑進行，從而保證在學校中形成全方位、多層次的心理健康教育操作框架。專門途徑是，由專門的心理輔導教師在特定環境下開展心理健康教育，如心理谘詢室工作和心理輔導課；非專門途徑是，所有授課教師都要為學生創設良好的心理氛圍，在課堂教學中利用教育契機，采用適合每個學生發展特點、能充分激發學生潛能的教學方法，改變學生的認知方式，進行心理健康教育。
隨著研究、實踐的深入開展，心理健康教育的書籍大量出版。據不完全統計，到2004年底，內地已經出版的有關心理健康教育的讀物或教材約有300餘種，而在當當網上檢索到從2005年至今出版的有關心理健康教育的讀物和教材就已達到778種。
（二）心理健康教育師資隊伍建設得到加強
近年來，各地開始加強學校心理健康教育的師資隊伍建設，主要表現在以下幾個方麵。第一，部分高校積極申辦新專業或調整專業，如山西大學、山東大學、山東師範大學、天津師範大學、延邊大學等高校設立心理學本科專業，開始注重為學校心理健康教育培養人才，並認真強化專業化的技能訓練。第二，各地積極開展心理健康教育的師資培訓工作，如北京市2000年就對1500名專、兼職教師進行了培訓；上海市從1999年開始了為期一年的學校心理健康教育教師的上崗培訓，核發“資格證書”，並組織講師團巡回培訓；天津市規定每校必須有1～3名心理輔導教師持證上崗，2003年已經培訓12000名教師；其他如吉林、遼寧、四川、河北、江蘇、湖北、廣東、福建等地都製定了學校心理健康教育教師培訓計劃，有計劃地開展師資培訓和認證工作。第三，2002年至今，許多一線教師接受國家心理谘詢師職業資格培訓並獲得資格認證，中國心理學會、中國心理衛生協會等一些國家級學術團體及各地相關學術團體也開展了大量培訓工作。此外，華夏心理、尚德機構心理培訓中心等培訓機構也在心理谘詢師的培養中扮演了重要角色。這些對心理健康教育師資隊伍的專業成長起到了一定的積極作用。
（三）學校心理健康教育模式豐富多樣
目前，麵向全體學生的心理健康教育模式有開設心理健康教育課及相關講座，對全體學生進行心理健康普測並建立心理檔案；麵向個別學生的心理健康教育模式有個體心理谘詢、團體心理輔導、網絡指導、行為矯正等方式。此外，豐富的心理健康教育實踐活動進一步增強了心理健康教育的實效性。例如，2000年興起的“5.25”大學生心理健康節、在中小學開展的“心理健康教育月”“心理健康教育活動節”等心理健康教育活動。為了使大學生學會自助，並使心理健康教育得到大麵積推廣，許多高校成立了“大學生心理健康協會”“心友學社”等社團組織。學生社團發揮了朋輩之間代溝小、防禦性低、共性多、互動性大等優勢。有教師開始探索高中生心理社團的可行性，並通過實踐證明，學生心理社團是高中生實現心理互助、自我成長的有效模式。