企業製度是企業賴以存在的體製基礎，是企業及其內部構成機構的行為準則，是包括經營管理層在內的企業所有員工的行為規範，是企業高效發展的活力源泉，是企業有序化運行的體製框架，是企業高效率從事經營活動的體製保障。因而企業自主創新能力的形成，往往首先來自於企業製度的創新。因此，企業改革的首要內容是企業製度的改革。在我國三十年的企業改革中，企業製度改革主要涉及下述內容。
第一，企業產權製度。企業產權製度包括五大要點，因而企業產權製度改革也主要集中在這五個要點上。一是產權清晰，產權清晰既包括產權在法律上的清晰，也包括產權在經營過程中的清晰，是兩種清晰的統一。因此，對於產權在法律上清晰而經營過程中不清晰的國有企業來講，產權改革的重點在於實現產權在經營過程中的清晰；而對於產權在經營過程中清晰而法律上不清晰的非公有經濟企業來講，產權改革的重點則在於實現法律上的清晰。二是產權結構多元化，即把出資者隻有一個的一元化產權結構，轉變成出資者有好多個的多元化產權結構，形成包括各類經濟成分在內的企業形態的混合經濟體製，從而消除國有企業的行政性幹預和非公有經濟企業的家族血緣關係幹預，使產權製度成為能充分發揮各種出資者比較優勢的開放性產權製度。三是產權順暢流動，使產權製度能夠適應企業的生產性經營和資本性經營的需要，實現快速的交易和重組，這就要求我們必須完善作為產權流動基礎的資本市場，完善產權的定價機製，完善產權交易的法律界定，從而有效提高產權流動的交易效率。四是產權組織方式合理化，也就是使企業內部的各類產權能夠以最有效的組織方式組合起來，並形成強大的合力。因為現代企業內部的各類產權的最有效組織方式是公司製，既包括有限責任公司，也包括股份公司，所以企業組織方式的合理化就是要徹底改革工廠製而形成公司製，實現公司化股份製改革，形成包括有限責任公司和股份公司在內的現代公司體製。五是產權權責明確，也就是要處理和界定好人權體係、產權體係、國家權力體係這三大類人類社會的權力體係的相互關係，防止人權體係和國家權力體係對產權體係形成不應有的幹預和侵蝕，尤其是要防止國家權力體係對產權體係形成各種行政性幹預，因而必須重點處理好企業與政府的相互關係，杜絕政府對企業的任何行政幹預，確保產權的權責利的有效實現和相互統一。