企业制度是企业赖以存在的体制基础，是企业及其内部构成机构的行为准则，是包括经营管理层在内的企业所有员工的行为规范，是企业高效发展的活力源泉，是企业有序化运行的体制框架，是企业高效率从事经营活动的体制保障。因而企业自主创新能力的形成，往往首先来自于企业制度的创新。因此，企业改革的首要内容是企业制度的改革。在我国三十年的企业改革中，企业制度改革主要涉及下述内容。
第一，企业产权制度。企业产权制度包括五大要点，因而企业产权制度改革也主要集中在这五个要点上。一是产权清晰，产权清晰既包括产权在法律上的清晰，也包括产权在经营过程中的清晰，是两种清晰的统一。因此，对于产权在法律上清晰而经营过程中不清晰的国有企业来讲，产权改革的重点在于实现产权在经营过程中的清晰；而对于产权在经营过程中清晰而法律上不清晰的非公有经济企业来讲，产权改革的重点则在于实现法律上的清晰。二是产权结构多元化，即把出资者只有一个的一元化产权结构，转变成出资者有好多个的多元化产权结构，形成包括各类经济成分在内的企业形态的混合经济体制，从而消除国有企业的行政性干预和非公有经济企业的家族血缘关系干预，使产权制度成为能充分发挥各种出资者比较优势的开放性产权制度。三是产权顺畅流动，使产权制度能够适应企业的生产性经营和资本性经营的需要，实现快速的交易和重组，这就要求我们必须完善作为产权流动基础的资本市场，完善产权的定价机制，完善产权交易的法律界定，从而有效提高产权流动的交易效率。四是产权组织方式合理化，也就是使企业内部的各类产权能够以最有效的组织方式组合起来，并形成强大的合力。因为现代企业内部的各类产权的最有效组织方式是公司制，既包括有限责任公司，也包括股份公司，所以企业组织方式的合理化就是要彻底改革工厂制而形成公司制，实现公司化股份制改革，形成包括有限责任公司和股份公司在内的现代公司体制。五是产权权责明确，也就是要处理和界定好人权体系、产权体系、国家权力体系这三大类人类社会的权力体系的相互关系，防止人权体系和国家权力体系对产权体系形成不应有的干预和侵蚀，尤其是要防止国家权力体系对产权体系形成各种行政性干预，因而必须重点处理好企业与政府的相互关系，杜绝政府对企业的任何行政干预，确保产权的权责利的有效实现和相互统一。
第二，企业法人治理结构。企业自主创新能力来自于对企业的各种利益相关者之间关系的有效界定，这种界定所有利益相关者之间关系的制度设计，就是人们所讲的公司治理或公司治理结构。其中包括：界定股东之间的相互关系的股东治理结构；界定不同层次的委托代理者之间相互关系的委托代理结构；界定不同层次的经营者之间相互关系的经营者治理结构；界定经营管理者与普通员工之间相互关系的内部人治理结构；界定经营者与所有者之间相互关系的法人治理结构。由此可见，企业法人治理结构不同于人们通常讲的公司治理或公司治理结构，公司治理或公司治理结构是讨论所有的利益相关者的相互关系如何界定，而企业法人治理结构的重点则是只讨论企业所有者与经营者的相互关系如何界定。企业所有者与经营者的相互关系在过去相当长的历史时期内表现为三个特点：一是所有者属于资本，而经营者则属于劳动；二是所有者说了算，经营者必须听所有者的，这种情况通常被称为资本统治劳动；三是因为只有作为利益相关者的一方说了算，即资本说了算，所以这种治理制度属于单边治理。但是近三四十年以来，随着生产力的发展，经营者在企业经营中的地位和作用都发生了根本性变化，因而所有者与经营者之间的相互关系出现了新特点。一是所有者是资本，经营者也属于资本，只不过是所有者被称为货币资本，而经营者被称为人力资本。也就是说，所有者同经营者都作为资本而存在，只不过是分别属于不同种类的资本而已。二是在企业经营过程中，不仅仅作为货币资本的所有者说了算，而且作为人力资本的经营者也说了算，是两种资本的相互制衡，而不是一种资本统治另一种资本的问题。三是作为利益相关者的两个方面都说了算，所以法人治理结构不再是单边治理，而是表现为双边治理。这就是人们所说的企业法人治理结构革命，其核心是人力资本登上了历史舞台。由此可见，现代企业法人治理结构的内容主要是实现两种资本的相互制衡，其中包括：一是建立人力资本的激励机制，重点在于经济利益激励、权力和地位激励、价值理念激励；二是建立人力资本的约束机制，重点在于企业内部约束、社会机制约束、自我约束。在这里，讨论人力资本的激励机制和人力资本的约束机制，似乎都是在讨论人力资本问题，但是实际上这些机制能够起到两种资本相互制衡的功能。因为人力资本的激励机制是承认和尊重人力资本的地位、利益和作用，而人力资本的约束机制则是承认和尊重货币资本的地位、利益和作用，所以人力资本的激励机制和约束机制可以有效实现两种资本的相互制衡。
第三，企业组织结构。所谓企业组织结构，主要是讨论企业内部应该设立什么样的机构，如何界定这些不同机构之间的相互关系。这主要涉及两个原则。一个是财产制度原则，也就是按照财产制度的要求设置各种机构。例如，按照财产制度原则，股份制企业应该设置的机构有股东大会、董事会、监事会、经营机构等，它们之间的相互关系表现为委托代理关系、授权关系、博弈关系、异化关系、影子关系、责权利关系等，这些关系的界定涉及董事会如何完善的问题以及母子公司关系如何协调的问题，等等。另一个是经营需要原则，也就是按照高效率经营企业的需求而设置相关机构，并按照高效经营的需要来界定他们之间的相互关系。例如，按照经营中的功能定位需要设置相关机构，按照经营中的职能分解需要设置相关机构，并使这些按照经营需要而设置的相关机构的关系的界定，真正贯彻纵向组合原则、横向组合原则、纵横组合原则，这些原则涉及纵向上的上下级机构的责权利关系，横向上各种机构的分工协作关系，以及上下级责权利关系与横向分工协作关系的相互协调等。
第四，企业管理制度。企业管理制度主要是讨论企业管理制度的创新，主要包括：一是管理模式创新，涉及亲情化管理模式、友情化管理模式、温情化管理模式、随机化管理模式、制度化管理模式等；二是管理轴心创新，包括以生产要素管理为管理轴心、以经营流程管理为管理轴心、以质量管理为管理轴心、以岗位管理为管理轴心、以资源管理为管理轴心等；三是管理目标创新，包括利润最大化目标与人性化管理目标的相互关系的组合、企业选择目标与市场认可目标的相互关系的组合、企业目标与非企业目标的相互关系的组合、企业规模目标与流动性目标的相互关系的组合、企业速度目标与企业稳定目标的相互关系的组合等；四是企业管理手段创新，涉及技术设备性管理手段、利益性管理手段、契约性管理手段、新技术性管理手段、社会科学性管理手段的有效配合，重点是将人类在自然科学和社会科学上的创新及时应用于企业管理中；五是企业管理组合创新，包括正常管理与防危机管理的有效组合、工作性管理与非工作性管理的有效组合、调动积极性与有效控制的有效组合、有形资产管理与无形资产管理的有效组合、管理者与被管理者的有效组合等。
第五，企业人格化制度。企业抛开物的因素，实际上就是一群人。这群人的相互关系如何界定，人与企业的关系如何界定，直接涉及企业自主创新能力的形成。因而确定人与人的相互关系以及人与企业的相互关系如何界定，是企业制度的重要内容，这些内容就是人们所讲的企业人格化制度。从我国三十年的企业改革实践来看，企业人格化制度的设置包括两大内容：一是企业经营中人与人相互关系的界定，界定人与人的相互关系要做到人际关系制度化、人际关系目标化、人际关系契约化、人际关系人本化、人际关系组合化、人际关系融合化；二是人与企业相互关系的界定，界定人与企业相互关系的制度设置原则，是企业不能危害人的利益，当然人也不能危害企业的利益。例如，企业应该成为既能够充分发挥每个人的聪明才智和积极性的“平台”，同时又能够成为提升人的聪明才智的学习型组织，从而实现企业与人的相互关系的有效协调。反过来，每个人也要尊重企业利益，例如，要从有利于企业发展的角度来对待企业，在薪酬要求与职业选择上不能脱离企业的现实，不能脱离企业利润增长状况而提出超越现实的薪酬要求，等等。总之，人格化制度要有效协调人与人的相互关系，有效协调人与企业的相互关系，从而推动企业自主创新能力的形成。
第六，企业契约制度。所谓企业契约制度，就是指企业的所有利益相关者之间有着深厚的共同认可与共同承诺，因而企业契约制度实际上是企业的所有制度赖以存在的基础。因为，如果没有利益相关者对包括产权制度在内的所有企业制度的认可和承诺，就不可能有企业制度的建立和有效发挥作用。因此，企业契约制度当然也是企业制度存在和运行的主要形式。因为企业制度的各个内容都要以当事者的共同认可为基础，并以契约形式加以确立，如果没有共同的认可和承诺，任何企业制度实际上都难以存在和发挥作用。当然，契约制度不仅是企业制度的存在基础和表现形式，而且是企业制度的重要组成部分，因为企业制度的各个组成部分都包含着各种契约制度，例如，产权制度中的股东之间的合约，法人治理结构中的所有者与经营者之间的合约，等等。因而企业契约制度是企业制度的重要内容。可以说，契约制度是企业中的各种生产要素的最基本组合方式，是企业中的各种组织机构的运行规则和机制，是企业内部分工协作原则发挥作用的体制基础，是企业制度设置的组织原则及企业制度所采取的最基本形式，是企业人格化制度的最基础性内在规则，是企业调节自己同外部关系的最基本方式，是企业有序化高效发展的最基本保障。从我国企业三十年的改革实践来看，企业契约制度具体表现为企业与人之间的契约制度、各种产权要素之间的契约制度、企业的各个组织机构之间的契约制度、企业的各个岗位之间的契约制度、企业同外部的各种利益相关者的契约制度等。所有这些契约制度的有效实现，有赖于契约制度在形式上具有完整性、在内容上具有清晰性、在参与主体上具有意愿性、在属性上具有严肃性、在执行上具有可操作性、在监督上具有惩罚性。因此，我们应该从上述这几个方面有效完善企业契约制度。