拉美西斯二世在92歲時去世，屍體被精心修飾，其奢侈程度超乎任何人的想象。經過70天，他的遺體被製成木乃伊，以一個偉大法老所能享用的最隆重的儀式下葬。當時的王位繼承人，他的兒子莫尼普塔乘坐王舟，率領一支龐大的船隊沿尼羅河將父親的遺體送至底比斯。
一路上臣民百姓無不灑淚相送，向這位給他們帶來太平盛世的偉大法老致敬。船隊到達底比斯城後，送葬的隊伍又朝開鑿於帝王穀的陵墓進發，在王陵內安放的除了拉美西斯二世的棺槨之外，還有讓拉美西斯二世在冥界也能過上富貴生活的無數珍寶，最後陵墓的大門被封上，以便法老能平安長眠。
但事與願違，幾十年以後，陵墓內陪葬的寶物被洗劫一空，拉美西斯二世的木乃伊也從此不得安寧。負責看守的埃及神職人員不得不多次搬動法老的木乃伊以防那些盜墓人打開木乃伊身上的繃帶，偷取藏在內部的黃金飾物，大約在公元前1000年，拉美西斯二世和其他幾位法老的木乃伊被藏到了底比斯附近的小城代爾巴哈裏的哈特謝普蘇特神廟內。
幾千年過去，考古學家們一直找不到拉美西斯二世的木乃伊，最終，拉美西斯二世的木乃伊還是沒有逃過盜墓者的光顧。在18世紀晚期，市場上突然出現了一大批古埃及的藝術精品。一位文物保護調查員順藤摸瓜找到了一個盜墓家族。
1881年，拉美西斯二世的木乃伊被法國埃及學家加斯頓·馬斯佩羅發現，並最終將其安放在埃及國家博物館內。
長島大學波斯特分校的埃及古物學者鮑伯·伯瑞爾說：“很少有人進入這座墳墓，我是其中之一，這段經曆非常特別。這是曆史發生的地方。”“這是埃及曆史上最激動人心的發現。這裏有不同王朝的木乃伊。人們第一次目睹了拉美西斯大帝的容貌，他也許就是《出埃及記》中描寫的法老。”