吏部把海瑞安排到中央，也是認為海瑞這樣的人雖然方正，卻少變通，更適合在條條上工作，而不適於塊塊。戶部雲南司主事主要職掌的是各地的財政稅收監管工作，實際上不過是簽簽公文，專業性較強，和其他部門發生關係較少，相對安靜。這一回，海瑞應該能夠安分工作了吧。
沒想到，在這個“相對安靜”的崗位上，海瑞卻闖了個塌天大禍。
嘉靖四十五年（1566年）二月，任戶部主事一年後，海瑞上了那道使他留名千載的“罵皇帝疏”，即《直言天下第一事疏》。
嘉靖皇帝可以算作一個典型的“昏君”。他個性很強，行事荒唐且固執己見，從不與大臣妥協。他酷愛方術，為了煉出長生不老藥，竟然摧殘宮女，以獲原料。宮女們走投無路，聯合起來趁他睡著之時，企圖用絲帶勒死他，然而慌張中絲帶被打成死結，嘉靖大難不死，是為明史上有名的“宮婢之變”。然而，他並沒有從此事中吸取教訓，反而變本加厲，從此幹脆搬出皇宮，不再上朝，專心修煉。大臣們起初也曾拚死相爭，然而爭不過這位“性剛”的皇帝。要知道，這位皇帝即位之初曾一怒之下廷杖一百八十人，其中十七人被當場活活打死。在多人被罷官免職，甚至被處以重刑之後，非議皇帝的聲音消失了，“無敢言時政者”[1]。更多的大臣投皇帝所好，向皇帝獻祥瑞，給皇帝寫作法用的青詞。朝廷上彌漫著一股請仙設壇的香煙味道。
然而，海瑞進京了，死氣沉沉的政治局麵注定要被打破。他做地方官時，天高皇帝遠，無緣關心朝廷之事。而現在，來到了國家的政治中心，關於皇帝無道、朝政日非的樁樁件件呈現在他麵前。他的道德觀、責任感使他無法保持沉默。海瑞隻承認天理，不承認形勢。皇帝“性剛”，他的“性”更剛。皇帝無道，臣子直言，這對海瑞來說，就像一加一等於二那樣簡單。