張居正是曆史上最有權力的讀書人。他用強權推行改革，遭到守舊官僚忌恨，也無意間給皇帝朱翊鈞造成威脅。這情況與當年霍光類似，但遺憾的是，朱翊鈞遠遠沒漢宣帝劉詢的智慧，而是情緒化地對待張居正及其改革措施。
朱翊鈞為所欲為處置張居正時，張居正已死，秉筆太監馮保也死了，李太後還政給他，不再過問朝政。他大權獨攬，以為可以按照自己意誌治理天下，誰知從此跟朝臣杠上了。1586年，內閣首輔申時行請冊立皇長子朱常洛為太子。朱翊鈞不願意，大臣們也不讓步，形成長達30年的國本之爭，導致統治階層出現嚴重心理分裂。
太子自古以來被稱為國本。早立太子，能穩定政局，培養太子的執政能力，保障權力穩定過渡等。朱翊鈞對此事任性而固執。他自認為很年輕，冊立太子不著急。事實上，他想立寵妃生的朱常洵。但這違背祖製。朱元璋製定皇位繼承製：皇權繼承人有嫡子立嫡子，嫡子死，有嫡孫則立嫡孫，無嫡子立庶長子，長幼順位。朱元璋是這麽規定的，也是這麽做的。嫡長子朱標被立為太子。朱標死後，朱允炆以嫡長孫身份被立為皇儲。明朝人認同這種祖傳的皇位繼承製。王皇後沒生兒子，沒有嫡子，那麽就該立庶長子朱常洛。首輔申時行在政事上處處遷就朱翊鈞，唯獨在冊立朱常洛為太子這件事上堅持不讓。
國本穩，天下固，皇位繼承的祖製，這些朱翊鈞都知道，但他寵愛鄭氏，大權在握又叛逆任性，大臣們越阻止，他越想那麽做。這一次，朝臣們都沒遷就他，集體堅持遵守祖製，集體抵製他。士大夫們自詡以天下為己任，能否勸諫帝王遵守禮製，已經被視為他們是否為忠誠之士的重要判定標準。朱翊鈞此前有過大權旁落張居正的恐怖體驗，堅決不願意委屈自己遷就大臣們。他認為，那樣就意味著自己是大權旁落的傀儡。雙方都不讓步，明朝大臣們和皇帝朱翊鈞就冊立太子的事杠上了。